Il y a confusion entre htpasswd , le binaire apache servant a générer le fichier .htpasswd et le .htpasswd ( lui-meme (fichier contenant login/pass)
Pour ton projet le probleme vient juste du chemin, mets le en absolu
Il faudrait egalement passer par le binaire htpasswd pour hasher le mot de passe, mais de memoire il y a des outils en ligne qui hashe les mots de passe
Chez ovh http://www.ovh.com/fr/support/outils/crypt_password.pl
Si c est bon j expliquerais ce qu est le virtualhost ;)