Alignement de séquence par méthode pairwise

Bonjour à tous,

Lorsque l'on effectue un alignement de séquence par méthode pairwise, on calcule la qualité Q de notre alignement grâce à la formule :
Q = Somme aa valeur M(a,a) + Somme ab valeur M(a,b) + ... + Somme zz valeur M(z,z) - pénalité pour la création d'un gap * nombre de gaps - pénalité pour l'extension d'un gap * longueur des gaps

Ma question est la suivante : comment détermine t-on la pénalité pour l'extension d'un gap?

Merci pour votre aide!