Défis sur le thème de la bioinformatique

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26/04/2013, 21h04
grim7reaper

Défis sur le thème de la bioinformatique

Bonjour à tous !

Ça va déjà faire un petit moment que le site est en ligne, mais comme je n'ai pas vu de fil à ce sujet ici je me permets d’en faire un au cas où certains ne le connaîtraient pas encore (j’espère que je poste au bon endroit :?).
Ça pourrait peut-être intéresser quelques bioinformaticiens ;)

Le site Rosalind, en hommage à Rosalind Franklin, est un site qui regroupe toute une série de petits défis centrés sur le thème de la bioinformatique.
Le site recommande Python (5 petit challenges sont là pour introduire Python), mais les problèmes sont totalement langage-agnostique (d’ailleurs, le N°3 Français utilise Perl 6 et Perl 5).

Je trouve ce site assez sympa, ça permet de pratiquer et d’apprendre pas mal de trucs aussi bien côtés bio’ que info’ (car chaque problème vient avec une petit explication contextuelle ou technique)
Une article en parle un peu plus en détail ici.
15/05/2013, 10h59
trex7g2

Salut!

Ton site est assez sympas, il faudra que je m'y fasse les dents un de ces jours. Par contre certaines questions sont de vrais problèmes de bio-informatiques sur lesquels les algorithmes sont très complexes et demandent pas mal de temps de reflexion (sauf si tu veux avoir un script qui tourne pendant 1 mois sur un supercalculateur...)
15/05/2013, 17h39
grim7reaper

Ha, enfin une réponse !
Je commençais à croire que tout le monde s’en fichait, ou alors que je n’avais pas posté au bon endroit ^^

Oui, la difficulté va crescendo et on arrive à de vrais problèmes (c’est aussi ça qui est intéressant).
Comme tu le dis, certains pourrait même nécessiter un temps de calcul monstre (par exemple, celui-ci est NP-complet si tu veux une solution exacte), mais les datasets sont taillés pour que ça passe en 5 min, même avec un langage de script (par contre oui, il faut réfléchir à l’algo).
16/05/2013, 12h32
trex7g2

Pour m'amuser sur les premiers défis, je suis de plus en plus positif sur ce site. Certains des premiers scripts permettent d'aider à la construction des suivants, et il est donc possible de réutiliser des bouts de code. J'imagine qu'un professeur pourrais conseiller ce site a ses élèves par exemple.

Au fait bravo pour la 4ème place française :ccool:
16/05/2013, 18h15
grim7reaper

Citation:

Envoyé par trex7g2

Pour m'amuser sur les premiers défis, je suis de plus en plus positif sur ce site.

Au moins mon post n’aura pas été inutile :)

Citation:

Envoyé par trex7g2

Certains des premiers scripts permettent d'aider à la construction des suivants, et il est donc possible de réutiliser des bouts de code.

Oui, c’est vraiment un point appréciable.

Citation:

Envoyé par trex7g2

J'imagine qu'un professeur pourrais conseiller ce site a ses élèves par exemple.

Tu ne crois pas si bien dire. C’est prévu.

Citation:

Envoyé par trex7g2

Au fait bravo pour la 4ème place française :ccool:

Merci, j’aimerais arriver sur le podium un de ces quatres.
Et revenir dans le top 50 international aussi (j’y étais à un moment, mais il y avait beaucoup moins d’utilisateurs donc j’avais pas trop de mérite ^^)