Identifier les zones nettes et floues d'une image

Bonjour,

je viens d'acheter sur ebay une petite caméra microscope : compte tenu du prix je m'attendais à obtenir des images non exploitables. Et finalement ce n’est pas le cas. Bon l'optique n'est pas du Canon ou du Nikon, mais il n'y a rien de redire.

Avec cette caméra je voudrais observer la forme des cristaux des produits que l'on cristallise au laboratoire et l'état de surfaces des pièces que j'usine. Mais il y a un problème : la profondeur de champ :cry:.
Alors voici ce que je voudrais faire : placer l'échantillon sur un banc motorisé pour le faire avancer progressivement et obtenir une image disons tous les 10 µm. Je vais donc avoir un ensemble d'image qui globalement montrera unevue nette sur toute la profondeur de l'échantillon.

Mais je ne connais rien au traitement d'image... et j'ai trouvé sur le net des dizaines de possibilité pour déterminer si une image est nette, floue, ou plus ou moins nette. Mais pour mon cas : déterminer la zone de netteté d'une image pour la sélectionner, par où dois-je commencer ?

Merci pour vos réponses !
Jean-Marie