Variables d'environnement / Installation

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28/02/2013, 10h30
Breathe

Variables d'environnement / Installation

Bonjour à tous,

je dois installer un programme sur un serveur linux or je suis assez gauche avec ce système.
Le programme est livré avec un manuel d'installation qui est sûrement très simple de compréhension pour des personnes qui ont l'habitude d'utiliser Linux c'est pour cela que je viens vous demander votre aide.

Voici le manuel :

Citation:

To install DIALIGN 2 on your system:

Uncompress and tar the file dialign2_*.tar.Z
( uncompress dialign2_*.tar.Z
tar xvf dialign2_*.tar )

depending on your operating system.

Set the environment variable DIALIGN2_DIR to the directory

your_path/dialign2_dir

where `your_path' is the directory where you have just installed DIALIGN 2

( setenv DIALIGN2_DIR /your_path/dialign2_dir/ )

This is important for the online user-guide, for the similarity
matrix BLOSUM62, and for two other files employed by the program.

Add the DIALIGN 2 directory (/your_path/dialign2_dir/) to the
environment variable PATH, so that the program can be called from every
other directory.

( setenv PATH $PATH":/your_path/dialign2_dir" )

To keep these environment variables for your next sessions also, put the
commands into your .cshrc file.

Le souci c'est que la commande "setenv" ne fonctionne pas dans ma console ça me retourne l'erreur : "-bash: setenv : commande introuvable".
Je ne comprends pas ce que le manuel d'installation veut que je fasse concrètement c'est ce qui me rend la tâche de recherche sur internet difficile.

Si vous pouviez m'aider ça serait très apprécié.
Merci par avance.
28/02/2013, 10h40
N_BaH

Bonjour,

comme il est suggéré dans la notice d'installation, setenv est une commande csh.
l'équivalent en bash est export :

Code:

export PATH=$PATH:/yourPath/2dialign

de même, l'équivalent de ~/.cshrc, est ~/.bashrc
28/02/2013, 10h50
Breathe

Quand je tape dans ma console :

Code:

export DIALIGN2_DIR /home/toto/public_html/prog/dialign2_dir/

Une erreur survient : "/home/toto/public_html/prog/dialign2_dir/ " : identifiant non valable
28/02/2013, 10h58
al1_24

Code:

export DIALIGN2_DIR=/home/toto/public_html/prog/dialign2_dir/
28/02/2013, 11h05
Breathe

Merci les deux commande ont marché ! :)

Que pensez-vous des dernière lignes du manuel :

To keep these environment variables for your next sessions also, put the
commands into your .cshrc file.

J'ai bien compris que pour moi c'était .bashrc, d'ailleurs quand je fait un ls -a je le voit dans /home/username ce fameux .bashrc

Mais qu'est ce que je dois faire exactement, qu'entendent-ils par "put the
commands into your .bashrc file."
J'ai peur de faire une bêtise si je touche à ce fichier caché

Salut,

Citation:

To keep these environment variables for your next sessions also, put the
commands into your .cshrc file.

Dans une autre session, tes valeurs stockées dans tes variables seront perdues.
Il te faudra les redéfinir en retapant ces commandes.
Si t'as pas que ça à faire, ben tu les mets dans ton .bashrc.
Elles seront lancées automatiquement à chaque nouvelle session.

Code:

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man bash 1
FICHIERS
       /bin/bash
              L'exécutable bash
       /etc/profile
              Le fichier d'initialisation commun à tout  le  système,  exécuté
              pour les interpréteurs de commandes de connexion
       /etc/bash.bashrc
              Le fichier de démarrage commun à tout le système pour chacun des
              interpréteurs interactifs
       /etc/bash.bash.logout
              Le fichier de nettoyage des interpréteurs de connexion commun  à
              tout  le  système,  exécuté  lorsqu'un interpréteur de connexion
              termine
       ~/.bash_profile
              Le  fichier  d'initialisation   personnel   exécuté   pour   les
              interpréteurs de commandes de connexion
       ~/.bashrc
              Le fichier de démarrage personnel, pour chacun des interpréteurs
              interactifs
       ~/.bash_logout
              Le fichier de nettoyage personnel des interpréteurs de commandes
              de  connexion,  exécuté  lorsqu'un  interpréteur de commandes de
              connexion termine
       ~/.inputrc
              Le fichier d'initialisation personnalisée de readline

28/02/2013, 12h20
Breathe

D'accord en effet il vaudrait mieux ne pas avoir à refaire toutes ces manipulations ...:roll:

Comment dois-je m'y prendre pour rajouter ces commandes au .bashrc ?

PS : Je suis désolé si je vous exaspère mais je ne suis vraiment pas familier avec toutes ces manipulations:?
28/02/2013, 13h46
SmallFitz

Citation:

Je ne comprends pas ce que le manuel d'installation veut que je fasse concrètement c'est ce qui me rend la tâche de recherche sur internet difficile.

Citation:

Comment dois-je m'y prendre pour rajouter ces commandes au .bashrc ?
PS : Je suis désolé si je vous exaspère mais je ne suis vraiment pas familier avec toutes ces manipulations

Maintenant que tu sais de quoi il retourne, tu n'a plus qu'à faire une petite recherche sur la création de fichiers qui contiennent des commandes bash.
28/02/2013, 14h12
Breathe

Merci quand même ... Merci à N_BaH et al1_24, et à SmallFitz

Bonne continuation
04/03/2013, 15h55
jack-ft

Citation:

Envoyé par Breathe

D'accord en effet il vaudrait mieux ne pas avoir à refaire toutes ces manipulations ...:roll:

Comment dois-je m'y prendre pour rajouter ces commandes au .bashrc ?

PS : Je suis désolé si je vous exaspère mais je ne suis vraiment pas familier avec toutes ces manipulations:?

Après cat .bashrc pour voir le contenu, tu fais, une seule et unique fois:

Code:

cp -p .bashrc .bashrc_bkup # pour avoir un backup (en cas de fausse manip)

puis, une seule et unique fois

Code:

echo export DIALIGN2_DIR=/home/toto/public_html/prog/dialign2_dir/ >> .bashrc

(avec un double >>)
puis de nouveau cat .bashrc pour voir le contenu.

Sinon, tu apprends 'vi' ou 'emacs' (voire 'ed') :mrgreen:
04/03/2013, 17h04
Breathe

Super merci !
J'ai essayer avec la commande "vi" mais j'avoue ne rien avoir compris à ce qu'il se passait, j'ai même du fermer le terminal pour "sortir de la commande" mais avec ta commande :

Code:

echo export DIALIGN2_DIR=/home/toto/public_html/prog/dialign2_dir/ >> .bashrc

ça marche parfaitement ! Encore merci :ccool: