analyse et parcours des puces à ADN (microarrays)
Bonsoir a vous ,
j'ai exactement 3 jours pour pouvoir coder sur matlab un algo pour extraire les pvalues , id des probe sets et PM et MM ( une mission impossible je sais mais quoi faire face à la tyrannie de certains professeurs). mon probleme est que je n'arrive pas a faire marcher la fonction basique " celintensityread" pour pouvoir recuperer les id et l'intensite du signal (ca commence bien :cry: ) donc j'ai fait autre chose . voila mon code :
Code:
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%charger le fichier dans le repertoire et lecture du fichier cdf
libDir= 'C:\Users\user\Desktop\Puces tp\';
'cdfStruct = affyread('HG-U133A.CDF',libDir);
%chargement et lecture du fichier cel
demoDataDir='C:\Users\user\Desktop\Puces tp\';
'nom_file=uigetfile;
celStruct = affyread(fullfile(demoDataDir,nom_file));
%normalisation et calcul de lexpression de ce fichier cel
Expression =affyrma(nom_file, 'HG-U133A.CDF');
%création d'une matrice contennat les informations relatives a ces fichiers
Data=Expression.(':')(':');
%matrice contenant tous les genes du fichier cell
Genes=Expression.RowNames; |
je n'arrive pas a parcourir la matrice gene pour recuperer les pvalues :? vous pourriez m'aider s'il vous plait ?
merci d'avance de votre aide ;)
