Intégrer ffmpeg dans un binaire final

Bonjour,

Je cherche à créer un unique fichier binaire (un .exe par exemple), étant capable d'encoder une suite d'image en une vidéo h.264.
Si je prends un cas assez simple, je créé mon script encoder.c qui génère une image de 640x360, et j'essay de générer mon fichier.
A priori, j'ai besoin des librairies ffmpeg suivante: libavcodec et libavutil

Quel est la marche à suivre pour pouvoir compiler ces sources avec les miennes pour faire un binaire final et utilisable?

Que dois-je inclure dans mon Makefile? Suis-je obligé de passer par les étapes
./configure && make && make install de ffmpeg. Je suis sous windows, et ça n'a pas l'air de faciliter la tache :)

Merci pour votre aide.