Lecture par fenêtre d'une chaîne de caractère
Bonjour
J'ai un petit problème : je dispose d'une séquence qui est une (grande) chaîne de caractère. Je veux parcourir toute ma chaîne afin d'en retirer des petites chaînes de caractères d'une taille définie. L'objet finale est d'avoir une liste chaînée de ces petits éléments.
Voici mon code :
Code:
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#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include "Sequence.h"
#include "Parameters.h"
struct siRNA{
char *sequence;
long start;
int size;
double Tm;
double GC;
struct siRNA *next;
};
int window;
struct siRNA *head;
/**
* TODO
*
* Apparemment, j'ai des problèmes avec cette fonction, la chaîne de caractères
* est aberrante.
*/
char *substr(char *seq, int start, int end){
char *tmp = malloc(end*sizeof(char));
int i;
if(tmp==NULL){
fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
exit(2);
}
for(i=start; i<start+(end); i++){
tmp[i] = Sequence[i];
}
return tmp;
}
double getGC(char *seq){
double percent = 0;
int cpt = 0;
int i;
for(i=0; i<strlen(seq); i++){
if(seq[i]=='G' || seq[i]=='C')
cpt++;
}
percent = (100*cpt)/strlen(seq);
return percent;
}
struct siRNA *newSI(int start){
struct siRNA *rna;
rna = malloc(sizeof(struct siRNA));
if(rna==NULL){
fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
exit(2);
}
rna->start = start;
printf("Start = %ld\n", rna->start);
rna->next=NULL;
rna->sequence = malloc(window*sizeof(char));
if(rna->sequence==NULL){
fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
exit(2);
}
rna->sequence = substr(Sequence, start, window);
printf("Sequence = %s\n", rna->sequence);
rna->GC = getGC(rna->sequence);
printf("GC = %lf\n", rna->GC);
return rna;
}
void makeList(void){
int i;
window = atoi(parameters[1]);
head = NULL;
for(i=0; i<strlen(Sequence); i++){
if((i+window)>strlen(Sequence))
break;
head = newSI(i);
}
} |
Et voici ma sortie :
Code:
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Start = 0
Sequence = CCGCGGCGCCGATCCCGGCTG
GC = 85.000000
Start = 1
Sequence = XCGCGGCGCCGATCCCGGCTGA
GC = 77.000000
Start = 2
Sequence = X\uffffGCGGCGCCGATCCCGGCTGAG
GC = 73.000000
Start = 3
Sequence = X\ufffftCGGCGCCGATCCCGGCTGAGG
GC = 70.000000
Start = 4
Sequence = X\ufffft
GC = 0.000000 |
Au premier tour, ça semble aller bien, mais pour la suite, aïe, aïe, qu'est-ce qui a bien pû se passer ???
Merci d'avance de vos réponses.
@++
