[alloc] Lecture d'un fichier

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Bonjour

Voilà fort longtemps que je n'ai plus fait de C. Donc, veuillez d'ores et déjà excuser la naïveté sans doute de la question.
Voici mon problème, je veux lire un fichier et stocker une (grosse) partie de son contenu en mémoire. Je précise que c'est un fichier texte :

Code:

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#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
 
void setSequence(char *filename){
	int SIZE = 512;
	char ligne[SIZE];
	char *Sequence = (char *)malloc(SIZE*sizeof(char));
	if(Sequence==NULL){
		fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
		exit(2);
	}
	FILE *file = fopen(filename, "r");
	if(file==NULL){
		fprintf(stderr, "Can not access to %s\n", filename);
		exit(3);
	}
	while(fgets(ligne, sizeof ligne, file)){
      if(ligne[0] != '>')
      {
         strcat(Sequence, ligne);
         char *tmp = (char *)malloc(SIZE*sizeof(char));
         if(tmp==NULL){
		 	fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
		 	exit(2);
		 }
         SIZE*=2;
         tmp = Sequence;
         Sequence = (char *)realloc(Sequence, SIZE*sizeof(char));
         if(Sequence==NULL){
		 	fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
		 	exit(2);
		 }
         Sequence = tmp;
         free(tmp);
      }
   }
   	printf("%s\n", Sequence);
}

Or, à l'exécution de mon code, je reçois l'erreur suivante :

Code:

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*** glibc detected *** double free or corruption (!prev): 0x0804a008 ***
Abandon

Bon, apparemment, il y a un stress dans mes allocations mémoires. Quelle peut bien être mon erreur ?
Merci d'avance de vos réponses.

@++

Rebonjour

J'ai corrigé le corps de ma boucle while en introduisant quelques commentaires :

Code:

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while(fgets(ligne, sizeof ligne, file)){
      if(ligne[0] != '>')
      {
         strcat(Sequence, ligne);
         printf("%s\n", Sequence);
         SIZE*=2;
         Sequence = (char *)realloc(Sequence, SIZE*sizeof(char));
         /*char *tmp = (char *)malloc(SIZE*sizeof(char));
         if(tmp==NULL){
		 	fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
		 	exit(2);
		 }
         SIZE*=2;
         tmp = Sequence;
         Sequence = (char *)realloc(Sequence, SIZE*sizeof(char));
         if(Sequence==NULL){
		 	fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
		 	exit(2);
		 }
         Sequence = tmp;
         free(tmp);*/
      }
   }

De cette manière, au bout d'un certain temps, j'ai quand même un segfault. A mon avis, je dois peut être solliciter trop de mémoire lors du realloc ?

@++

13/04/2006, 15h31
GLDavid

Bon apparemment, je sollicite trop de mémoire, je vais procéder à une autre opération :mrgreen:

@++

:trouve:
C'était parce que je prenais une valeur trop importante de mémoire :

Code:

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#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
 
#define VALUE 512
 
void setSequence(char *filename){
	long SIZE = VALUE;
	char ligne[VALUE];
	char *Sequence = (char *)malloc(SIZE*sizeof(char));
	if(Sequence==NULL){
		fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
		exit(2);
	}
	FILE *file = fopen(filename, "r");
	if(file==NULL){
		fprintf(stderr, "Can not access to %s\n", filename);
		exit(3);
	}
	while(fgets(ligne, sizeof ligne, file)){
      if(ligne[0] != '>')
      {
         strcat(Sequence, ligne);
         SIZE=SIZE+VALUE;
         Sequence = (char *)realloc(Sequence, SIZE*sizeof(char));
         if(Sequence==NULL){
		 	fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
		 	exit(2);
		 }
      }
   }
   printf("%s\n", Sequence);
}

C'est mieux ainsi.
Merci à vous !

@++

GLDavid, autorésolveur

Re: [alloc] Lecture d'un fichier

Ok je vais venir descendre un peu ton premier code mais c'est pour ton bien, ne m'en veux pas trop :wink:

Donc ton erreur venait d'une mauvaise gestion de tes pointeurs...

Déjà quelques remarques sur ta programmation C:
Code:

1 2 char *Sequence = (char *)malloc(SIZE*sizeof(char));
On ne fait plus de cast après un malloc en C...
Ensuite puisque c'est des char que tu veux, ceci suffit:
Code:

1 2 char *Sequence =malloc(SIZE);
Ensuite, puisque c'est une taille fixe, effectivement, une déclaration statique est plus intelligente...

Mais le vrai problème vient d'ici (j'ai viré les tests après les malloc/realloc):
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 strcat(Sequence, ligne); char *tmp = (char *)malloc(SIZE*sizeof(char)); SIZE*=2; tmp = Sequence; Sequence = (char *)realloc(Sequence, SIZE*sizeof(char)); Sequence = tmp; free(tmp);
Tu viens d'allouer une zone mémoire pour tmp, tu perds cette adresse parce que tu copies la valeur du pointeur Sequence. Après le realloc, tu remets la valeur du pointeur tmp qui est maintenant sûrement invalide, du coup tu perds également la nouvelle zone mémoire de Sequence et ensuite tu fais un free sur tmp.

En gros, en l'espace de 4 instructions, tu viens de rendre 2 variables inutilisables, de perdre 2 zones mémoires allouées dynamiquement et tu viens de faire un free sur un pointeur qui n'est plus valide... :cfou:

Il faudra réviser un peu ta gestion de pointeurs... :wink:

Jc

13/04/2006, 15h59
GLDavid

En effet, j'ai grand besoin de revoir un peu les pointeurs.
Faut dire, comme vu en préambule, que ça fait peut être.......2 ans que je n'ai plus fait de C. Trop habitué au Java, Perl et C++ :mrgreen:
Mais bon, C doit être comme le vélo, ça s'oublie pas !

@++

Citation:

Envoyé par GLDavid

:trouve:
C'était parce que je prenais une valeur trop importante de mémoire :

La mémoire n'est pas libérée.
Le fichier n'est pas fermé.
Dépassement du tableau 'Sequence'

Malgré mes corrections de base, ce code est buggé (débordement mémoire). Je l'ai instrumenté (LIM_PTR(), CHK_PTR) pour que tu puisses le constater et le corriger. Je recommande un mécanisme 'souple' comme mon module FSTR.

Code manquant et FSTR ici :

http://emmanuel-delahaye.developpez.com/clib.htm

Code:

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#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include <assert.h>
 
#include "ed/inc/sys.h"
 
#define VALUE 512
 
static int setSequence(char const *filename)
{
   int ret = EXIT_SUCCESS;
 
   long SIZE = VALUE;
   char ligne[VALUE];
   char *Sequence = malloc(SIZE * sizeof * Sequence);
   if (Sequence != NULL)
   {
      FILE *file = fopen(filename, "r");
 
      LIM_PTR (Sequence, SIZE);
      CHK_PTR (Sequence, SIZE);
 
      if (file != NULL)
      {
         while (fgets(ligne, sizeof ligne, file) != NULL && ret == EXIT_SUCCESS)
         {
            if (ligne[0] != '>')
            {
               strcat(Sequence, ligne);
               CHK_PTR (Sequence, SIZE);
 
               SIZE = SIZE + VALUE;
               {
                  void *tmp = realloc(Sequence, SIZE * sizeof * Sequence);
                  if (Sequence != NULL)
                  {
                     Sequence = tmp;
                  }
                  else
                  {
                     fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
                     ret = EXIT_FAILURE;
                  }
               }
            }
         }
         printf("%s\n", Sequence);
         fclose (file), file = NULL;
      }
      else
      {
         perror(filename);
         ret = EXIT_FAILURE;
      }
      free(Sequence), Sequence = NULL;
      assert (file == NULL);
   }
   else
   {
      fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
      ret = EXIT_FAILURE;
   }
 
   assert(Sequence == NULL);
   return ret;
}
 
int main (void)
{
   char const *filename = "data.txt";
   setSequence(filename);
   return 0;
}

13/04/2006, 17h28
GLDavid

Ok

Merci Emmanuel pour ton aide.

@++