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Bonjour à tous,
Je suis en train d'essayer de faire une petite interface graphique avec Perl donc vous trouverez le code ci dessous(qui fonctionne mais qui ne fait rien !).
Les 2 fichiers (que je ne passe pas en argument) sont :
gene_trans_max_cx.txt

Code:

FBgn0002962 FBtr0083732

nanos.fasta

Code:

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>FBgn0002962;FBtr0083732;nos-RA;2349
TTAGTTGGCGCGTAGCTTTACCACAAAATTCCTGGAATTGCCGTACGCTT
CGCAGTTGTTTCAAGTTGTCTAAGGGACATACGATTTTTTTTGCCTCTGC
GTCACGATTTTAACCCAAAAGCGAGTTTAGTTACATGTACATTATTATTA
GATAAAGAAGTATCGCGAATACTTCAGTTGAATAAACTGTGCTTGGTTTT
TGGGTGAGGATTTGTGGAAAGTAGAGTGCGCGATAACCGTAACTTTCGAC
CCGGATTTTCGCCATGTTCCGCAGCAACTTGGAGGGCAGTGGCGCAGCAG
CAGTAGGTGTTGCAAATCCCCCCTCGTTGGCTCAGTCTGGAAAGATTTTC
CAATTGCAGGATAACTTTTCTGCTTTTCACGCCAGAGGAGGGCTCAACAT
TCTGGGCCTGCAGGACATGTATTTGGATACCAGTGGGGCCAACTCGTCGG
CCACTTTGAGTCCGCCCATTACGCCGGTGACCCCTGACCCGTCGACGTCT
GCGCAGTCGACGCACTTCCCTTTTCTGGCCGACAGCGCAGCCACCGCCAA
TTCGCTCCTTATGCAGCGACAGTACCACTACCACTTGCTGCTCCAGCAGC
AGCAGCAACTGGCCATGGCGCAGCACCAATTGGCGCTGGCTGCATCAGCG
GCAGCGGCTAGTGCGAGTCACCAGCAAACGGACGAGATTGCGCGATCCTT
GAAAATCTTTGCGCAGGTGACGACGGGCGCAGCAGAAAATGCGGCTGGCT
CGATGCAGGATGTGATGCAGGAGTTCGCGACCAATGGCTATGCCAGCGAT
GATCTCGGTCGCATGTCCTACGGGAGTGCTCCGCCACAGGTGCAAATGCC
ACCGCAGCAGCAGCATCAGCAACAGCAGGGGCTGCACCTGCCACTGGGCC
GCAATCCTGCCCAGCTGCAGACCAATGGCGGCAACTTAATGCCCATTCCA
CTCGCCACCCACTGGCTGAACAACTACCGGGAGCATCTGAACAACGTGTG
GCGAAACATGTCGTATATACCAGCCGCTCCCAATACAATGGGTTTGCAGG
CCCAAACAGCGGCCACTGTGTCCACCAATCTCGGCGTGGGAATGGGTCTG
GGATTGCCCGTGCAGGGCGAACAGCTGCGCGGAGCTTCCAATTCCAGTAA
CAATAATAACAACAACAACAAGGTGTACAAGCGTTACAACAGCAAGGCCA
AAGAGATCAGCCGCCACTGCGTCTTTTGTGAGAATAACAACGAACCAGAG
GCGGTTATCAATAGCCACTCAGTGCGAGATAACTTTAACCGAGTGCTGTG
CCCCAAACTACGCACCTACGTGTGCCCCATCTGCGGGGCATCTGGGGACT
CGGCGCACACGATTAAGTACTGCCCCAAGAAGCCGATCATCACCATGGAG
GATGCGATCAAGGCGGAATCGTTCCGCCTAGCCAAGAGCAGTTACTACAA
GCAACAGATGAAGGTTTAGAGAGGGCGAATCCAGCTCTGGAGCAGAGGCT
CTGGCAGCTTTTGCAGCGTTTATATAACATGAAATATATATACGCATTCC
GATCAAAGCTGGGTTAACCAGATAGATAGATAGTAACGTTTAAATAGCGC
CTGGCGCGTTCGATTTTAAAGAGATTTAGAGCGTTATCCCGTGCCTATAG
ATCTTATAGTATAGACAACGAACGATCACTCAAATCCAAGTCAATAATTC
AAGAATTTATGTCTGTTTCTGTGAAAGGGAAACTAATTTTGTTAAAGAAG

Je souhaite que quand l'utilisateur entre le nom du gène dans Entry (dans l'exemple FBgn0002962), cela m'affiche la séquence quand j'appuie sur "Sequence". Mais je ne vois pas comment faire .... quelqu'un pourrait m'aider ?

Code:

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#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Tk;
use Tk::EntryCheck;
use Bio::SeqIO;
 
# sequence des transcripts
my $fasta_file ='nanos.fasta';
my $value;
 
my $in = Bio::SeqIO->new( -file => $fasta_file, '-format' => 'Fasta' );
open(my $trans_cx, "<", "gene_trans_max_cx.txt") ;
my $FBgn_entry;
my(%hash_cx,%hash_sequence);
 
# creation d'un hash avec FBgn => FBtr associé de façon a trouver le transcript du gène en entrée
while(<$trans_cx>){
	chomp;
	my($FBgn_cx,$FBtr_cx)=split /\t/,$_;
	$hash_cx{$FBgn_cx}->{'transcript'}=$FBtr_cx;
}
# creation d'un hash avec id transcript > sequence
while ( my $seq = $in->next_seq()){
	my $id = $seq->primary_id ;
	my($FBgn,$FBtr,$name,$length)=split /;/,$id;
 
	my $sequence = $seq->seq ;
	$hash_sequence{$FBtr}->{'sequence'} =$sequence;
 
}
 
my $fenetre_principale = MainWindow->new( -title => 'Tk::EntryCheck' );
$fenetre_principale->Label( -text => 'Gene (FBgn) : ')->pack();
my $entry = $fenetre_principale->Entry( 
	-background => 'white',
	-textvariable => \$FBgn_entry,
)->pack(); 
 
# sequence du transcript
$fenetre_principale->Button( 
	-text => 'Sequence', 
	# que faire quand on appuie sur Afficher
	-command =>  sub { 
    print "$hash_cx{$FBgn_entry}->{'transcript'}\n";
},
)->pack();  
my $mycanvas = $fenetre_principale->Scrolled('Canvas',
	-scrollbars=>'oe',
)->pack();
 
my $widget_texte = $fenetre_principale->Scrolled('Text', 
	-scrollbars => 'oe',
	-setgrid=>'single',
)->pack();
 
$widget_texte->tagConfigure('ROUGE', 
  		-foreground => 'red',
  		-font       => 'arial',
);
$widget_texte->tagConfigure('YELLOW', 
  	-foreground => 'BLACK',
  	-font       => 'FontSequence',
	-underline => 1,
);
$widget_texte->tagConfigure('bold', 
	-font => "helvetica 10 bold"
);
 
 
MainLoop;

Bonjour,

À voir ton prog, il faut mettre FBtr0083732 dans le champ ;).
Ensuite, pour mettre la séquence dans le widget, c'est la méthode insert.
Essaye de lire la FAQ, j'y ai mis beaucoup d'exemples.

Exemple :

Code:

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#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Tk;
use Tk::EntryCheck;
use Bio::SeqIO;
 
# sequence des transcripts
my $fasta_file ='nanos.fasta';
my $value;
 
my $in = Bio::SeqIO->new( -file => $fasta_file, '-format' => 'Fasta' );
open(my $trans_cx, "<", "gene_trans_max_cx.txt") ;
my $FBgn_entry;
my(%hash_cx,%hash_sequence);
 
# creation d'un hash avec FBgn => FBtr associé de façon a trouver le transcript du gène en entrée
while(<$trans_cx>){
	chomp;
	my($FBgn_cx,$FBtr_cx)=split /\t/,$_;
	$hash_cx{$FBgn_cx}->{'transcript'}=$FBtr_cx;
}
# creation d'un hash avec id transcript > sequence
while ( my $seq = $in->next_seq()){
	my $id = $seq->primary_id ;
	my($FBgn,$FBtr,$name,$length)=split /;/,$id;
 
	my $sequence = $seq->seq ;
	$hash_sequence{$FBtr}->{'sequence'} =$sequence;
 
}
 
my $fenetre_principale = MainWindow->new( -title => 'Tk::EntryCheck' );
$fenetre_principale->Label( -text => 'Gene (FBgn) : ')->pack();
my $entry = $fenetre_principale->Entry( 
	-background => 'white',
	-textvariable => \$FBgn_entry,
); 
 
my $mycanvas = $fenetre_principale->Scrolled('Canvas',
	-scrollbars=>'oe',
);
 
my $widget_texte = $fenetre_principale->Scrolled('Text', 
	-scrollbars => 'oe',
	-setgrid=>'single',
);
 
# sequence du transcript
my $bouton = $fenetre_principale->Button( 
	-text => 'Sequence', 
	# que faire quand on appuie sur Afficher
	-command =>  sub { 
    print "$hash_cx{$FBgn_entry}->{'transcript'}\n";
    $widget_texte->insert('end', $hash_sequence{$FBgn_entry}->{'sequence'});
	},
);
 
$entry->pack();  
$bouton->pack();  
$mycanvas->pack();  
$widget_texte->pack();  
 
 
$widget_texte->tagConfigure('ROUGE', 
  		-foreground => 'red',
  		-font       => 'arial',
);
$widget_texte->tagConfigure('YELLOW', 
  	-foreground => 'BLACK',
  	-font       => 'FontSequence',
	-underline => 1,
);
$widget_texte->tagConfigure('bold', 
	-font => "helvetica 10 bold"
);
 
 
MainLoop;

Oui en fait j'ai mis print "FBtr0083732", juste pour essayer ! Ce que je veux c'est mettre la séquence , j'avais essayé de cette façon, car en fait,en entrée je prends le FBgn, et il faut que je cherche le FBtr associé alors j'avais fait comme ceci :

Code:

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#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Tk;
use Tk::EntryCheck;
use Bio::SeqIO;
 
# sequence des transcripts
my $fasta_file ='nanos.fasta';
my $value;
 
my $in = Bio::SeqIO->new( -file => $fasta_file, '-format' => 'Fasta' );
open(my $trans_cx, "<", "gene_trans_max_cx.txt") ;
my $FBgn_entry;
my(%hash_cx,%hash_sequence);
 
# creation d'un hash avec FBgn => FBtr associé de façon a trouver le transcript du gène en entrée
while(<$trans_cx>){
	chomp;
	my($FBgn_cx,$FBtr_cx)=split /\t/,$_;
	$hash_cx{$FBgn_cx}->{'transcript'}=$FBtr_cx;
}
# creation d'un hash avec id transcript > sequence
while ( my $seq = $in->next_seq()){
	my $id = $seq->primary_id ;
	my($FBgn,$FBtr,$name,$length)=split /;/,$id;
 
	my $sequence = $seq->seq ;
	$hash_sequence{$FBtr}->{'sequence'} =$sequence;
 
}
 
my $fenetre_principale = MainWindow->new( -title => 'Tk::EntryCheck' );
$fenetre_principale->Label( -text => 'Gene (FBgn) : ')->pack();
my $entry = $fenetre_principale->Entry( 
	-background => 'white',
	-textvariable => \$FBgn_entry,
); 
 
my $current_FBtr= $hash_cx{$FBgn_entry}->{'transcript'};
 
my $mycanvas = $fenetre_principale->Scrolled('Canvas',
	-scrollbars=>'oe',
);
 
my $widget_texte = $fenetre_principale->Scrolled('Text', 
	-scrollbars => 'oe',
	-setgrid=>'single',
);
 
# sequence du transcript
my $bouton = $fenetre_principale->Button( 
	-text => 'Sequence', 
	# que faire quand on appuie sur Afficher
	-command =>  sub { 
    print "$hash_cx{$FBgn_entry}->{'transcript'}\n";
    $widget_texte->insert('end', $hash_sequence{$current_FBtr}->{'sequence'});
	},
);
 
$entry->pack();  
$bouton->pack();  
$mycanvas->pack();  
$widget_texte->pack();  
 
 
$widget_texte->tagConfigure('ROUGE', 
  		-foreground => 'red',
  		-font       => 'arial',
);
$widget_texte->tagConfigure('YELLOW', 
  	-foreground => 'BLACK',
  	-font       => 'FontSequence',
	-underline => 1,
);
$widget_texte->tagConfigure('bold', 
	-font => "helvetica 10 bold"
);
 
 
MainLoop;

Mais j'ai l'erreur :

Code:

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Use of uninitialized value $FBgn_entry in hash element at test_entry.pl line 40, <GEN0> line 1.
FBtr0083732
Use of uninitialized value $current_FBtr in hash element at test_entry.pl line 57, <GEN0> line 1.

En fait j'ai trouvé, je ne définissais pas $current_FBtr au bon endroit :

Code:

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#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Tk;
use Tk::EntryCheck;
use Bio::SeqIO;
 
# sequence des transcripts
my $fasta_file ='nanos.fasta';
my $value;
 
my $in = Bio::SeqIO->new( -file => $fasta_file, '-format' => 'Fasta' );
open(my $trans_cx, "<", "gene_trans_max_cx.txt") ;
my $FBgn_entry;
my(%hash_cx,%hash_sequence);
 
# creation d'un hash avec FBgn => FBtr associé de façon a trouver le transcript du gène en entrée
while(<$trans_cx>){
	chomp;
	my($FBgn_cx,$FBtr_cx)=split /\t/,$_;
	$hash_cx{$FBgn_cx}->{'transcript'}=$FBtr_cx;
}
# creation d'un hash avec id transcript > sequence
while ( my $seq = $in->next_seq()){
	my $id = $seq->primary_id ;
	my($FBgn,$FBtr,$name,$length)=split /;/,$id;
 
	my $sequence = $seq->seq ;
	$hash_sequence{$FBtr}->{'sequence'} =$sequence;
 
}
 
my $fenetre_principale = MainWindow->new( -title => 'Tk::EntryCheck' );
$fenetre_principale->Label( -text => 'Gene (FBgn) : ')->pack();
my $entry = $fenetre_principale->Entry( 
	-background => 'white',
	-textvariable => \$FBgn_entry,
); 
 
my $mycanvas = $fenetre_principale->Scrolled('Canvas',
	-scrollbars=>'oe',
);
 
my $widget_texte = $fenetre_principale->Scrolled('Text', 
	-scrollbars => 'oe',
	-setgrid=>'single',
);
 
# sequence du transcript
my $bouton = $fenetre_principale->Button( 
	-text => 'Sequence', 
	# que faire quand on appuie sur Afficher
	-command =>  sub { 
	my $current_FBtr=$hash_cx{$FBgn_entry}->{'transcript'};
	#print "$hash_cx{$FBgn_entry}->{'transcript'}\n";
	$widget_texte->insert('end', $hash_sequence{$current_FBtr}->{'sequence'});
	# Mutation à mettre en rouge dans la séquence
	my @PositionsMutation = (10,25,30); 
	my @PositionPi =(55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,1001,1002,1003,1004,1005,1006,1007);
	foreach my $position ( @PositionsMutation ) {
  		$widget_texte->tagAdd('ROUGE',"1.$position"); 
	}
 
	foreach my $value(@PositionPi){
		$widget_texte->tagAdd('bold',"1.$value");
 
	}
 
 
 
 
	},
);
 
$entry->pack();  
$bouton->pack();  
$mycanvas->pack();  
$widget_texte->pack();  
 
 
$widget_texte->tagConfigure('ROUGE', 
  		-foreground => 'red',
  		-font       => 'arial',
);
$widget_texte->tagConfigure('YELLOW', 
  	-foreground => 'BLACK',
  	-font       => 'FontSequence',
	-underline => 1,
);
$widget_texte->tagConfigure('bold', 
	-font => "helvetica 10 bold"
);
 
 
MainLoop;