1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
| void fullTreeInit(Element * elt, int depthTreeCurrent, int randDepth, vector<Element*>& leaves, int nbSeqByST, int *tabSeq, string * aligt, int racine, Element *father){ //si le noeud est la racine, racine=0 sinon racine=1
//cout<<"nbSeqByST : "<<nbSeqByST<<endl;
//cout<<"randDepth : "<<randDepth<<endl;
if(depthTreeCurrent==randDepth){
elt->STl=NULL;
elt->STr=NULL;
elt->posGap=-1;
elt->lengthGap=-1;
//elt->tabSequenceInST=NULL;
elt->sizeTab = nbSeqByST;
if(nbSeqByST==1){
elt->indexSequence=tabSeq[0];
//elt->tabSequenceInST=(int*)malloc(elt->sizeTab*sizeof(int));
memcpy( elt->tabSequenceInST, tabSeq, sizeof(elt->tabSequenceInST) );
//elt->tabSequenceInST=tabSeq;
}
else{
elt->indexSequence=-1;
//elt->tabSequenceInST=NULL;
}
}
else{
//création des 2 sous arbres
//~ if(racine==1){
//~ elt->nodeFather=father;
//~ }
elt->STl = new Element();
elt->STr = new Element();
elt->STl->nodeFather=elt;
elt->STr->nodeFather=elt;
elt->sizeTab = nbSeqByST;
elt->indexSequence=-1;
// cout<<"test"<<endl;
// for(int i=0;i<elt->sizeTab;i++){
// cout<<"tabSeq : "<<tabSeq[i]<<endl;
// }
if(nbSeqByST!=0){
memcpy( elt->tabSequenceInST, tabSeq, sizeof(elt->tabSequenceInST));
}
//on n'ajoute pas de gap sur un noeud contenant toutes les séquences
if(nbSeqByST==nbSequence){
elt->posGap=-1;
elt->lengthGap=-1;
}
else{
int minLength=min(nbSeqByST, tabSeq);
if(tossCoin(1.0)){
elt->posGap=random(0, minLength+1);//choix au hasard d'un nombre pour la position des gaps
elt->lengthGap=rand() %10+1;//nombre au hasard pour le nombre de gaps ajoutés
for(int j=0;j<nbSeqByST;j++){
int idSeq = tabSeq[j];
string seqGap=aligt[idSeq];
string newSeqGap="";
//~ aligt[idSeq]=addGap(seqGap, seqGap.size(), elt->posGap, elt->lengthGap, newSeqGap);
}
}
else{
elt->posGap=-1;
elt->lengthGap=-1;
}
}
int sizeTabL=0;
int sizeTabR=0;
int nbLeavesCurrent = expo(2, randDepth-depthTreeCurrent);//nombre de feuilles à* la fin du sous arbre
sizeTabL=random(0, nbSeqByST+1);
sizeTabL=seqShareRandom(nbLeavesCurrent, nbSeqByST, sizeTabL);
sizeTabR=nbSeqByST-sizeTabL;
//tableau avec les séquences se trouvant dans le sous arbre
int tabSTr[sizeTabR];
int tabSTl[sizeTabR];
//ajout au hasard des séquences dans les tableaux contenant les séquences dans le sous arbre
int r=0;
int l=0;
for(int i=0; i<nbSeqByST; i++){
int a=random(0,2);
if(a==0 && l<sizeTabL){
tabSTl[l]=tabSeq[i];
l++;
}
else{
if(r<sizeTabR){
tabSTr[r]=tabSeq[i];
r++;
}
else{
tabSTl[l]=tabSeq[i];
l++;
}
}
}
//initialisation noeud père
fullTreeInit(elt->STl, depthTreeCurrent+1, randDepth, leaves, sizeTabL, tabSTl, aligt, 1, elt);
fullTreeInit(elt->STr, depthTreeCurrent+1, randDepth, leaves, sizeTabR, tabSTr, aligt, 1, elt);
}
} |
