Calcul d'une matrice des distances

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Bonjour,

Je possède un jeu de données contenant 1000 objets.
Mon but est d'avoir une matrice des distances entre chaque objet et les (n-1) objets restants.
Avec ce petit code :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 cala<-function(data) { source("C:\\Users\\Hamdi Baccouch\\Documents\\R1\\dist") for(i in 1:dim(data)[1]) { pp<-paste("obj",i,sep="") m=assign(pp,data[i,],pos=1) aa=paste("k",i,sep="") assign(aa,distcomb(m,data),pos=1) } }
Le code ci-dessus me permet d'avoir un tableau des distances entre un objet(x) et les (n-1) autres objets, et ça marche pour tous les objets (je peux savoir le tableau des distances entre cet objet et le reste des objets).

Maintenant je cherche comment organiser ceci dans une matrice, c'est-à-dire chaque ligne ou chaque colone contient les distances de cet objet par rapport aux (n-1) objets restants (ça va être une matrice symétrique bien sûr).

Veuillez me posez vos questions si c'est pas clair :)

Cordialement B.H

Bonjour,

Alors, tout d'abord plusieurs questions :

La fonction "distcomb" est une fonction que vous avez écrite? Sinon, à quel package appartient-elle?
Comment la fonction "distcomb" fonctionne-t-elle? Que renvoie distcomb(m,data) (comme écrit dans votre fonction)? Un vecteur?
Avez-vous besoin de stocker les éléments de lignes data[,i] dans des objets de la forme "obj1", "obj2", ... pour les réutiliser plus tard ou bien uniquement pour le calcul de distance? Si c'est la deuxième option alors je pense que vous pouvez vous en passer.

Une idée de départ (pas du tout optimisée et à adapter à votre cas particulier bien sûr !) :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 calcDist<-function(data) { N1<-dim(data)[1] DISTANCESmat<-matrix(rep(0,N1*N1),ncol=N1) for(i in 1:N1) { for(j in 1:N1) { DISTANCESmat[i,j]<-dist(data[i,],data[j,]) # ici dist renvoie un numeric, à adapter avec votre fonction de calcul de distance } } return(DISTANCESmat) }
Bonne continuation :)

Cordialement,

A.D.

merci de votre reponse
Concernant la fonction distcomb voici son code que je l'ai tapé :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 distcomb <- function(x, data) { data <- t(data) temp <- apply(x, 1, function(x) { sqrt(colSums((data - x)^2)) }) if (is.null(dim(temp))) matrix(temp, nrow(x), ncol(data)) else t(temp) }
Elle fonctionne comme suit
elle permet de calculer la distance entre un objet(x) par rapprt à tous le reste des objets. elle me renvoie un vect contenant les dist calculés.

J'ai pas besoin des objets "obj1" , obj2 en soient meme mais plutot d'une matrice dont le nbr de lignes et le nbr de colones = dim(data)[1] c-a-d just pour le calcul des distances

Cordialement B.H

Ok, merci pour ces précisions.

Est-ce que quelque chose comme ce qui suit ne fonctionnerait pas? (A adapter bien sûr en fonction de vos données, etc).
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 calcDist<-function(data) { N1<-dim(data)[1] DISTANCESmat<-matrix(rep(0,N1*N1),ncol=N1) for(i in 1:N1) { DISTANCESmat[i,]<-distcomb(data[i,],data) } return(DISTANCESmat) }
Cordialement,

A.D.

10/10/2012, 16h21
orland

Non ça marche pas :(
En fait le premier code que j'ai poster me permet d'avoir un vecteur conetnant les dist de cte obte par rapport aux reste.
j'ai juste besoin de mettre ce vect et les autres vects ds une matrice.
j'espere que vous me comprenez :)
10/10/2012, 16h30
A. D.

Pas sûr de bien comprendre (surtout que vous ne prenez même pas la peine de relire votre message : lettres inversées ou manquantes... merci de faire un effort !).
De la manière dont je vous comprends, mon code correspond à ce que vous souhaitez obtenir 8O

Cela dit, si vous arrivez à obtenir les vecteurs souhaités et que le seul élément qui vous pose problème est de les stocker dans une matrice, je vous conseille de voir du côté de la fonction "rbind" (ou "cbind" en fonction de ce que vous souhaitez faire).

Code:

?rbind

Bonne continuation :)

Cordialement,

A.D.

Ok désolé pour la faute de frappe dans le message précédent .
Voici ce que j'ai tapé

Code:

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cala1<-function(data)
{
          source("C:\\Users\\Hamdi Baccouch\\Documents\\R1\\dist")
   N1=dim(data)[1]          
   DISTANCESmat<-matrix(rep(0,N1*N1),ncol=N1,byrow=T)   
    for(i in 1:N1)
     {
          pp<-paste("obj",i,sep="")
          m=assign(pp,data[i,],pos=1)
 
          aa=paste("k",i,sep="")
 
a=rbind( assign(aa,distcomb(m,data),pos=1))
 
 
}
return(a)
}

il m'affiche just le dernier (voici une partie de l'affichage):

Code:

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> source("C:\\Users\\Hamdi Baccouch\\Documents\\R1\\cala1")
> cala1(t)
        [,1]     [,2]    [,3]     [,4]     [,5]     [,6]     [,7]     [,8]
1000 5.61751 5.376987 5.59208 5.012677 5.305198 4.858765 4.784949 5.682373
         [,9]    [,10]    [,11]    [,12]    [,13]    [,14]    [,15]    [,16]
1000 5.284333 4.851201 4.920217 5.532131 5.041857 5.045844 5.951036 4.967814
        [,17]    [,18]    [,19]    [,20]    [,21]    [,22]    [,23]    [,24]
1000 5.368567 5.611556 5.675649 5.161358 5.114884 5.149869 4.930728 5.235358
        [,25]    [,26]   [,27]    [,28]    [,29]    [,30]    [,31]   [,32]
1000 4.730006 5.948444 5.54125 5.567454 4.904392 5.395347 5.553414 4.94918
        [,33]    [,34]    [,35]    [,36]    [,37]    [,38]    [,39]    [,40]
1000 5.205779 5.540958 5.657041 4.930162 5.656151 5.893013 4.905108 5.535248
        [,41]    [,42]    [,43]    [,44]    [,45]    [,46]   [,47]    [,48]
1000 5.579102 5.028677 4.810858 5.359736 5.278535 4.887176 5.68918 5.101825
        [,49]    [,50]    [,51]    [,52]    [,53]    [,54]    [,55]    [,56]
1000 5.050056 5.592477 4.496105 5.012131 5.878718 5.307565 4.941601 5.902299
        [,57]    [,58]    [,59]    [,60]    [,61]   [,62]    [,63]    [,64]
1000 5.129713 4.914285 4.917932 4.897832 5.519875 5.46843 5.463109 5.415851
        [,65]    [,66]    [,67]    [,68]    [,69]    [,70]    [,71]    [,72]
1000 5.258294 5.256738 5.362313 6.169476 4.824758 4.815946 4.563711 5.401563
        [,73]    [,74]    [,75]    [,76]    [,77]    [,78]    [,79]   [,80]
1000 5.253849 5.415103 5.064542 4.828467 5.410084 5.303809 4.832949 5.47067
        [,81]    [,82]    [,83]    [,84]    [,85]    [,86]    [,87]    [,88]
1000 5.402223 5.038174 5.307726 4.757692 5.499167 4.466042 5.243961 5.417085
        [,89]    [,90]    [,91]   [,92]    [,93]    [,94]    [,95]    [,96]
1000 5.280544 5.412542 5.377981 5.14612 5.117337 5.617255 5.179404 4.773886
        [,97]    [,98]    [,99]   [,100]   [,101]  [,102]   [,103]   [,104]
1000 5.816072 4.851347 5.677417 5.496638 5.528405 5.42668 4.623304 5.262621

Mais j'ai besoin de toute la matrice :(

[Juste pour info au cas où, vous disposez d'un bouton "éditer" en bas à droite de vos messages qui vous permet de corriger ce genre de fautes.]

Sinon, ceci devrait fonctionner correctement (même si au final le passage par des "assign" and co complique les choses pour rien à mon avis...) :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 cala1<-function(data) { source("C:\\Users\\Hamdi Baccouch\\Documents\\R1\\dist") N1=dim(data)[1] a=NULL for(i in 1:N1) { pp<-paste("obj",i,sep="") m=assign(pp,data[i,],pos=1) aa=paste("k",i,sep="") a=rbind( a , assign(aa,distcomb(m,data),pos=1)) } return(a) }
Prenez bien le temps de lire l'aide des fonctions et de faire quelques tests, cela vous évitera ce genre d'erreur.

Bonne continuation :)

Cordialement,

A.D.

10/10/2012, 17h25
orland

Encore une fois merci :)
ça marche bien :)