Probleme avec script - Concatenation et lecture de fichier
Bonjour à tous,
J'ai une question sur un script que je fais pour changer l'output de plusieurs gros fichiers
L'output est sensé ressembler à ça :
Citation:
>Tests HadI-sdds1:4134:AAABBBBB:1:1101:6635:2407_2:N:0:TTTTTT AAAABBBBBEEEECCCCERTTSFASFASFDSGFSDGGSFGFSGDFGDFGDFGDFGDFGDFGDFGDCCVBWAAAABBBBBEEEECCCCERTTSFASFASFDSGFSDGGSFGFSG
Mais apparait comme ça :
Citation:
>Tests HadI-sdds1:4134:AAABBBBB:1:1101:6635:2407_2:N:0:TTTTTT AAAABBBBBEEEECCCCERTTSFASFASFDSGFSDGGSFGFSGDFGDFGDFGDFGDFGDFGDFGDCCVBW AAAABBBBBEEEECCCCERTTSFASFASFDSGFSDGGSFGFSG
J'ai écrit le script ci-dessous pour réparer le problème. Cependant la ligne 15 me retourne une chaine vide, or lorsque je fais l'echo dans le terminal, la phrase apparait bien...
Code:
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| #!/bin/sh
FILENAME=$1
OUTPUT=$2
set LineToWrite=''
while read LINE
do
if [ `echo "$LINE" | awk '{print substr($0,1,1)}'` == ">" ]
then
echo "$LineToWrite" >> $OUTPUT
echo "$LINE" >> $OUTPUT
set LineToWrite=''
else
set currLine=`echo "$LINE" | awk '{print substr($0,1,70)}'`
set LineToWrite+=$currLine
fi
done <$FILENAME |
J'aimerais votre aide ....
Merci d'avance!!
