Rbind et cbind sur un grand jeu de données

Bonjour à tous et à toutes,
En fait, comme je fais de la recherche, je me suis trouvé obligé de travailler avec le package Kappalab, et comme il est écrit en R, j'ai commencé avec des petits programmes pour tester la méthode que j'utilise et ça marche, mais après j'ai trouvé du mal à le faire tourner sur une base plus ou moins grande. Les fonctions que j'utilisais sont : rbind, cbind et overall
Je m'explique :
j'ai des données de cette forme (1400 lignes) :

Citation:

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0.2 0.3 0.5 0.4
0.1 0.4 0.7 0.6

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le traitement qui va se faire sur ces deux lignes est le suivant :

Code:

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1 2 3 4

a<-c(0.2, 0.3, 0.5) b<-c(0.1, 0.4, 0.7) C<-rbind(a,b) overall<-c(0.4,0.6)

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Imaginez le traitement qui doit se faire sur 1000 lignes :cry:
Le cbind va se répéter 1000 fois! Le rbind va contenir un vecteur de taille 1000, de même pour overall :?

Y a t-il quelqu'un qui peut aider svp?

Bonjour,

Code:

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1 2	?do.call ?Reduce

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En utilisant avec une liste où chaque élément est un de vos vecteurs :

Code:

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test <- do.call(rbind, liste)

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Même utilisation avec cbind.

HTH

Vincent

Merci pour ta réponse Vincent.
Mais je n'arrive pas à comprendre comment incruster cette fonction au lieu du code que j'ai mentionné.
C'est le premier code que j'écris en R, j'ai un peu cherché :
http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patch...l/do.call.html
Mais apparemment je vais un peu perdre du temps pour faire tourner cette version avec d.call().
Si tu peux transformer ce que j'ai écris en ta version, je serais vraiment reconnaissant.
ps: j'utilise cette méthode juste pour des fins expérimentales, je dois pas passer trop de temps là dessus :oops:

Ah, j'ai peut-être été un peu rapide, j'ai considéré que chaque ligne était un élément séparé...

Sous quelle forme se présentent les données initiales (fichier texte, base de donnée, ...)?
Quelle est la classe de l'objet qui contient ces données dans R (matrice, data.frame)?

Cela pourrait peut-être être résolu avec une indexation? Du style :

Code:

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1 2	test2 <- test[, 1:3] Overall <- test[, 4]

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HTH

Vincent

C'est un fichier texte (1000lignes) de la forme :
0.2 0.3 0.5 0.4
0.1 0.4 0.7 0.6

Je travaille sur la ligne de commande, au début j'allais faire un programme simple en c++, qui permet d'écrire toutes les instructions (rbind, cbind et overal) pour chaque ligne, ça m'évite de les coder manuellement, et après j'allais copier/coller la sortie en ligne de commande. C'est très nul, je sais, mais c'est urgent voilà.

Dans ce cas là, il faut importer le fichier dans R avec la fonction read.table (voir l'aide pour les différents réglages) puis indexer pour extraire d'abord les trois premières colonnes puis la dernière. Ensuite on peut sauvegarder en utilisant la fonction write.table :

Code:

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1 2 3 4

?read.table test <- read.table("/chemin/vers/fichier.txt") write.table(test[, 1:3], file="/chemin/vers/resultat_col_1_3.txt") write.table(test[, 4], file="/chemin/vers/resultat_col_4.txt")

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Si le nombre de colonnes est variable et que l'on veut extraire toutes les colonnes sauf la dernière puis la dernière :

Code:

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1 2	write.table(test[, 1:(ncol(test) - 1)], file="/chemin/vers/resultat_col_1_3.txt") write.table(test[, ncol(test)], file="/chemin/vers/resultat_col_4.txt")

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HTH

Vincent

Et après pour les affectations? :)

Grand merci Vincent!

Comment parcourir un fichier texte : "resultat_col_1_3.txt", affecter les 3 valeurs de chaque ligne à une variable différente (ai) avec une fonction (exp : "cbind", "c" du package kappalab), puis faire un rbind sur toutes les variables générées, pour enfin faire: overall<-c(toutes les valeurs du fichiers "resultat_col_4.txt" : une seule colonne) ?

Bonjour,

Pour aboutir au résultat final, il faut juste faire :

Code:

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1 2 3

test <- read.table("/chemin/vers/fichier.txt") resultat1 <- test[, 1:3] resultat2 <- test[, 4]

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À priori, pas besoin de passer par cbind() ni c().

HTH

Vincent

Merci Vincent! Vous êtes sûr qu'il n'y a pas besoin de passer par c et rbind?
Y a t-il quelqu'un qui peut me le confirmer?

[Edit] : Pour que ça marche avec le package que je devrais utiliser, il faut que resultat3 soit une matrice, et resultat2 soit un vecteur, apparemment, c'est pas le cas, parce que j'ai eu une erreur à l'exécution (wrong criteria matrix).

Bon, j'ai fait le traitement manuellement, c'est un truc de débutant, mais ça marche, j'ai pas le temps pour voir comment ça se fait autrement avec R.
Merci quand même Vincent :)