Python et ADN

Bonjour,

Je suis débutante. J'aimerais réaliser l'exercice ci-dessous. J'y suis presque... Mais je bloque depuis plus d'une demi heure, je ne sais pas ce qui coince. Il n'y a pas d'erreur dans le code mais je n'obtiens pas ce que je veux: il faut pour respecter l'énoncé que la paire TGCC s'affiche aussi dans la liste résultat, mais elle n'est pas retournée...

On considere des chaines de caracteres dans l'alphabet A,C,G,T representant des sequences ADN. Une telle chaine est dite complementaire d'une autre, si on obtient la deuxieme en remplacant chaque occurrence de la lettre A par T, T par A, G par C, et C par G dans la premiere. Par exemple, les sequences ACCGAT et TGGCTA sont complementaires.
Ecrire une fonction qui recoit en parametre une liste de telles chaines, et renvoie une nouvelle liste dans laquelle les paires complementaires sont eliminees. Pour chaque paire complementaire presente dans la liste de depart, seule la seconde cha^ne de la paire sera conservee dans la liste resultat. Par exemple, la liste suivante : ['ATCC', 'ACGG', 'TGCC', 'ACC', 'TAGG'] contient deux paires complementaires : 'ACGG' et 'TGCC' d'une part, et 'ATCC' et 'TAGG' d'autre part. On doit eliminer la premiere cha^ne (dans l'ordre de la liste) de chaque paire. La liste renvoyee par la fonction sera donc : ['TGCC', 'ACC', 'TAGG']. On supposera que toutes les cha^nes de la liste de depart sont distinctes.

Ma solution:


def fonction(L):
....T='A'
....A='T'
....G='C'
....C='G'
....for chaine in L:
........i=0
........n=0
........if L[n]== L[n+i]:
............del L[n]
............i=i+1
........elif L[n]!=L[n+i]:
............return L[n]

....return L


print fonction(['ATCC', 'ACGG', 'TGCC', 'ACC', 'TAGG'])


Merci d'avance!

Si j'ai compris, il y a une erreur dans ton résultat final ['TGCC', 'ACC', 'TAGG'], non?

Oui c'est ça, je devrais obtenir ['TGCC', 'ACC', 'TAGG'] mais je n'obtiens que ['ACC', 'TAGG'] avec mon code...

Ab eh bien j'ai pas compris, je pensais que le résultat final par rapport à ton énoncé devait être

['TGCC', 'ATCC', 'TAGG']

J'ai pas dû piger le truc :)

Bonjour,

Le code proposé initialement ne peut pas fonctionner pour plusieurs raisons, et en particulier à cause du del L[n]: on ne doit pas modifier une liste qui est utilisée comme référence dans une boucle. Par ailleurs, je ne comprends pas le 'n' qui est initialisé à 0 mais qui n'est pas modifié dans la fonction.

Voilà comment je ferais.

1- j'ai fait une petite fonction séparée pour calculer le complément:

Code:

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1 2 3 4

def complement(ch): d = 'TAGC' c = 'ATCG' return ''.join([c[d.find(car)] for car in ch])

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Ainsi, avec la liste fournie comme exemple, on a:

Citation:

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ATCC => TAGG
ACGG => TGCC
TGCC => ACGG
ACC => TGG
TAGG => ATCC

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2- et voilà la fonction qui fait le traitement voulu (si j'ai bien compris!):

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24

def fonction(L): # liste qui va recevoir le résultat R = [] # parcours de L, sauf son dernier élément for i, elem in enumerate(L[:-1]): # calcul du complément comp = complement(elem) try: # est-ce que le complément de elem existe dans la suite de la liste? k = L.index(comp, i+1) # oui: on ajoute le complément au résultat R.append(L[k]) except: # non: le complément n'est pas trouvé dans la suite if elem not in R: # comme elem n'a pas encore été traité, on l'ajoute R.append(elem) # traitement du dernier élément qui est: # - soit un complément déjà traité, # - soit un élément sans complément if L[-1] not in R: R.append(L[-1]) # on renvoie les éléments trouvés dans R dans l'ordre où ils sont dans L return [elem for elem in L if elem in R]

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Exemple d'utilisation:

Code:

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1 2 3 4 5

L = ['ATCC', 'ACGG', 'TGCC', 'ACC', 'TAGG']   print fonction(L)   ['TGCC', 'ACC', 'TAGG']

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NB: ce code suppose qu'il n'y a pas de doublon dans la liste donnée.

Ok?

Une autre version:

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

import string   complement_trans = string.maketrans('ACGT','TGCA') def complement(seq): return seq.translate(complement_trans)   def fonction(L): LL = L[:] # on recopie la liste L for seq in L: # pour chaque élément de la liste d'origine if complement(seq) in LL: # si son complément se trouve (encore) dans la liste résultat LL.remove(seq) # on supprime l'élément return LL

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