Extraire une partie des résultats de table()

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Bonjour,

J'utilise table() pour trouver le nombre d'éléments (mutations) qui se trouvent dans différentes catégories (des bandes cytogénétiques)

Pour cela, j'utilise :

Code:

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table(data_loh$cytoband)
 
 10p11.1 10p11.21 10p11.22  10p12.1  10p12.2 10p12.31    10p13    10p14 
       0        0        0        0        0        0        0        0 
 10p15.1  10p15.3 10q11.21 10q11.22 10q11.23  10q21.1  10q21.3  10q22.1 
       0        0        0        0        2        1        0        0 
 10q22.2  10q22.3  10q23.1  10q23.2 10q23.31 10q23.32 10q23.33  10q24.1 
       0        0        2        0        0        0        0        1 
 10q24.2 10q24.31  10q25.1 10q26.12 10q26.13  10q26.3 11p11.12  11p11.2 
       0        1        0        0        0        0        0        0 
   11p12  11p14.1  11p14.2  11p14.3  11p15.1  11p15.2  11p15.3  11p15.4 
       0        0        0        0        0        0        0        0 
 11p15.5    11q11  11q12.1  11q12.2  11q12.3  11q13.1  11q13.2  11q13.3 
       0        0        0        0        0        1        0        0 
 11q13.4  11q13.5  11q14.2  11q14.3  11q22.2  11q22.3  11q23.1  11q23.2 
       0        0        0        0        0        0        0        1 
 11q23.3  11q24.1  11q24.2  11q24.3  12p11.1  12p12.1  12p12.3  12p13.2 
       0        0        0        0        0        0        0        1 
12p13.31 12p13.32 12p13.33    12q12 12q13.11 12q13.12 12q13.13  12q13.2 
       0        0        0        0        0        0        0        0 
 12q13.3  12q14.2  12q23.2  12q23.3 12q24.11 12q24.12 12q24.13 12q24.23 
       0        0        0        1        0        0        0        0 
....

Les bandes où il y a 0 mutation ne m'intéressent pas. J'ai donc un résultat plus concis avec :

Code:

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table(as.character(data_loh$cytoband))
 
10q11.23  10q21.1  10q23.1  10q24.1 10q24.31  11q13.1  11q23.2  12p13.2 
       2        1        2        1        1        1        1        1 
 12q23.3  13q13.3 13q14.11 13q14.13  14q32.2 14q32.31  15q15.1  15q24.1 
       1        1        1        1        1        1        7        1 
 16p11.2  16p13.3  16q22.1  17p13.1  17p13.2  17q11.2    17q12 17q21.32 
       2        2        2        1        1        1        2        7 
18p11.32 19p13.11 19p13.12  19p13.3 19q13.12  19q13.2 19q13.31 19q13.32 
       1        2        2        1        1        2        1        1 
 1p36.13  1p36.31   1q23.1   1q25.2   1q32.1 20q13.33  21q22.3  22q12.1 
       2        1        1        1        1        1        1        1 
 22q13.1  22q13.2 22q13.31   2p11.1   2p13.1     2p21     2q35   2q37.1 
       2        1        1        1        1        1        2        1 
  3p12.3   3q27.3  4q21.21  4q21.22  4q21.23   4q21.3   4q22.1   4q22.2 
       2        1        4        2        6        1       14        1 
  4q22.3     4q23     4q24     4q25     4q26     4q27   4q28.1   4q28.2 
       5        9       23       20       22        5       11        6 
  4q31.1  4q31.21  4q31.22  4q31.23   4q31.3   4q32.1   4q32.2   4q32.3 
       3        9        4        1       18        4        5       24 
    4q33   4q34.1   4q34.2   4q34.3   4q35.1   4q35.2   5q14.3   5q23.2 
       1        3        6        6       32       10        1        1 
  5q33.1   5q35.3   6p12.1   6p21.1   6p22.1     6q21  7q11.21  7q11.23 
       1        1        1        1        1        1        1        1 
  8p23.1   8q12.1   8q13.3  8q24.11   9p11.2   9p21.2     9q13   9q31.3 
       3        1        1        1        1        1        1        2 
  9q34.2     Xq23 
       2        1

A présent, je ne souhaite conserver que les éléments avec plus de 1 mutation, et c'est là mon problème. J'essaie :

Code:

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table(data_loh$cytoband[which(table(data_loh$cytoband)>1)])
 
 10p11.1 10p11.21 10p11.22  10p12.1  10p12.2 10p12.31    10p13    10p14 
       0        0        0        0        0        0        0        0 
 10p15.1  10p15.3 10q11.21 10q11.22 10q11.23  10q21.1  10q21.3  10q22.1 
       0        0        0        0        0        0        0        0 
 10q22.2  10q22.3  10q23.1  10q23.2 10q23.31 10q23.32 10q23.33  10q24.1 
       0        0        0        0        0        0        0        0 
 10q24.2 10q24.31  10q25.1 10q26.12 10q26.13  10q26.3 11p11.12  11p11.2 
       0        0        0        0        0        0        0        0 
   11p12  11p14.1  11p14.2  11p14.3  11p15.1  11p15.2  11p15.3  11p15.4 
       0        0        0        0        0        0        0        0 
 
table(as.character(data_loh$cytoband[which(table(data_loh$cytoband)>1)]))

Ou :

Code:

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7
 
table(as.character(data_loh$cytoband[which(table(data_loh$cytoband)>1)]))
 
16p11.2  2p11.1  3p12.3 4q21.21    4q24    4q25    4q27  4q28.2  4q31.3  4q32.1 
      1       1       1       1       1       2       1       1       1       2 
 4q32.3  4q35.1 
      1       2

Et autres... Mais j'ai fini par m'embrouiller dans table() et which...
Est-il possible d'extraire des éléments de table(), en conservant le nombre d'éléments et la catégorie ? Ou faut-il le faire "à la main", dans une boucle ?

Merci d'avance,
Jane

24/05/2012, 14h49
A. D.

Bonjour,

Est-ce que ceci fonctionne ?

Code:

table(data_loh$cytoband)[ which( table(data_loh$cytoband) > 1 ) ]

Cordialement,

A.D.

Citation:

Envoyé par A. D.

Code:

table(data_loh$cytoband)[ which( table(data_loh$cytoband) > 1 ) ]

:ccool: ça marche bien, merci. Le seul petit bémol est que je "perds" la catégorie quand j'écris les résultats dans un fichier :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 instabilite_loh=table(data_loh_instab$cytoband)[ which(table(data_loh_instab$cytoband) > 1 ) ] ou instabilite_loh=table(as.character(data_loh_instab$cytoband))[ which( table(as.character(data_loh_instab$cytoband)) > 1 ) ] write.table(instabilite_loh,"~/Code/SNPCalling/patient1/traite/instabilite_gar",quote=FALSE,row.names=FALSE, col.names=TRUE,sep="\t") x 32 24 23 22 20 18 14 11 10 9 9 7 7 ...
Alors qu'avec :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 instabilite_loh=table(data_loh_instab$cytoband) write.table(instabilite_loh,"~/Code/SNPCalling/patient1/traite/instabilite_gar",quote=FALSE,row.names=FALSE, col.names=TRUE,sep="\t") Var1 Freq 4q35.1 32 4q32.3 24 4q24 23 4q26 22 4q25 20 4q31.3 18 4q22.1 14 4q28.1 11 4q35.2 10 4q23 9 4q31.21 9 15q15.1 7 ...
Sinon, il me reste à présent une dernière chose à faire, où je suis bloquée à cause de table().
Etant donné que plus une bande est grande, plus il est probable qu'il y ait une mutation, je souhaite diviser les fréquences par les longueurs des bandes. Je voudrais avoir un fichier résultat du type :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 Var1 Freq Freq_normalisée 4q35.1 32 32/taille 4q32.3 24 24/taille... 4q24 23 4q26 22 4q25 20 4q31.3 18 4q22.1 14 4q28.1 11 4q35.2 10 4q23 9 4q31.21 9 15q15.1 7
Je ne pense pas que table() me permette ceci. J'essaie d'intégrer les résultats de table() dans un data.frame afin de manipuler les données comme je le souhaite dans la suite, mais je ne parviens pas à séparer les 2 infos...

Citation:

temp=data.frame(instabilite_loh)
dim(temp)
[1] 42 1

Est-il possible de sauvegarder les catégories et les fréquences dans une variable à 2 dimensions ?

Merci,
Jane

Re-bonjour,

Pour les catégories qui "disparaissent" dans le fichier de sortie, il faut passer l'argument "row.names" à TRUE :
Code:

1 2 3 instabilite_loh<-table(data_loh$cytoband)[ which( table(data_loh$cytoband) > 1 ) ] write.table(instabilite_loh,"~/Code/SNPCalling/patient1/traite/instabilite_gar",quote=FALSE,row.names=TRUE, col.names=TRUE,sep="\t")
Ensuite, pour votre autre question, je ne suis pas sûre d'avoir bien compris : vous souhaitez diviser chacune des valeurs de votre tableau par l'effectif total du tableau?
Si oui, vous pouvez utiliser la fonction "prop.table" comme suit :

Code:

prop.table( table(data_loh$cytoband)[ which( table(data_loh$cytoband) > 1 ) ] )

Sinon pour sauver les infos (catégories et valeurs) dans deux variables différentes :
Code:

1 2 3 4 5 instabilite_loh<-table(data_loh$cytoband)[ which( table(data_loh$cytoband) > 1 ) ] valeurs_instabilite_loh<-as.numeric(instabilite_loh) categories_instabilite_loh<-row.names(instabilite_loh)
En espérant que ceci vous aide, sinon n'hésitez pas à donner plus de précisions.

Cordialement,

A.D.

Citation:

Envoyé par A. D.

Re-bonjour,

Ensuite, pour votre autre question, je ne suis pas sûre d'avoir bien compris : vous souhaitez diviser chacune des valeurs de votre tableau par l'effectif total du tableau?
Si oui, vous pouvez utiliser la fonction "prop.table" comme suit :

Code:

prop.table( table(data_loh$cytoband)[ which( table(data_loh$cytoband) > 1 ) ] )

Bonjour,

Je ne veux pas diviser mes fréquences par l'effectif total, je veux "normaliser" mon nombre de mutations.
Exemple : Une zone de 100 mutations dans une bande cytogénétique de 1000 nucléotides ne sera pas plus "grave" qu'une zone de 10 mutations dans une bande de 50 nucléotides.
Je veux connaître mon nombre de mutations, rapporté à la longueur de la zone considérée, pour comparer des zones de manière indépendante de leur longueur. J'espère que c'est clair ;)
Citation:
Sinon pour sauver les infos (catégories et valeurs) dans deux variables différentes :
Code:

1 2 3 4 5 instabilite_loh<-table(data_loh$cytoband)[ which( table(data_loh$cytoband) > 1 ) ] valeurs_instabilite_loh<-as.numeric(instabilite_loh) categories_instabilite_loh<-row.names(instabilite_loh)
C'est tout à fait ce qu'il me fallait, merci :ccool: