BioPerl et Primer3

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23/05/2012, 11h03
maniabrahim

BioPerl et Primer3

Bonjour,
Lorsque je lance Primer3 depuis le BioPerl en utilisant les deux namespaces:

use Bio::Tools::Run:: Primer3;
use Bio::Tools:: Primer3;

J'obtiens le message d'erreur suivant:

can't locate object method new via package "Bio::Tools::Run::Primer3"
(perhaps you forgot to load "Bio::Tools::Run::Primer3"? )

Avez vous une idée sur ce message d'erreur?
23/05/2012, 11h56
Quantactique

Le message d'erreur paraît assez clair, il ne trouve "new" dans ton package et t'informe que tu as peut être oublié de le charger.

C'est normal qu'il y ait des espaces avant "Primer3" dans ton use ?

Supprime les pour voir, je n'ai jamais vu d'espaces dans l'appel de package personnellement...
23/05/2012, 12h21
maniabrahim

Comme je suis nouveau dans ce forum, j'ai mis expret de l'espace pour éviter qu'un smileys n'apparaisse, je n'ai pas fait attention a l'option pour désactivé les smileys, en fait dans mon code les pakages sont bien écrits sauf ce que je pense que les deux pm dont je fait appel sont obsolètes maitenant ou bien mal formés. merci pour ton intervention

Citation:

Envoyé par Quantactique

Le message d'erreur paraît assez clair, il ne trouve "new" dans ton package et t'informe que tu as peut être oublié de le charger.

C'est normal qu'il y ait des espaces avant "Primer3" dans ton use ?

Supprime les pour voir, je n'ai jamais vu d'espaces dans l'appel de package personnellement...
23/05/2012, 14h19
djibril

Peux-t-on voir votre programme ?

Le voila,

Code:

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use strict;
use Getopt::Long;
use Bio::Tools::Run::Primer3;
use Bio::SeqIO;
use Bio::DB::GenBank;
 
my		$acc='DQ022571';
my		$gb = Bio::DB::GenBank->new();
my        $seq= $gb->get_Seq_by_acc($acc);
 
	my $primer3 = Bio::Tools::Run::Primer3->new(-seq => $seq);
	$primer3->program_name('primer3_core') unless $primer3->executable;
 
	$primer3->add_targets('PRIMER_MIN_TM' => 56, 'PRIMER_MAX_TM' => 90);
 
	my $results = $primer3->run;
 
	unless ($results->number_of_results) {
		print "No results for ",$seq->display_id;
		next;
	}
 
	my @out_keys_part = qw(START
								    LENGTH
								    TM
									 GC_PERCENT
									 SELF_ANY
									 SELF_END
									 SEQUENCE );
 
	print "\n", $seq->display_id, "\n";
 
	for (my $i = 0 ; $i < $results->number_of_results ; $i++){
		my $result = $results->primer_results($i);
 
		print "\n", $i + 1;	
		for my $key qw(PRIMER_LEFT PRIMER_RIGHT){	
			my ($start, $length) = split /,/, $result->{$key};
			$result->{$key . "_START"} = $start;
			$result->{$key . "_LENGTH"} = $length;
			foreach my $partkey (@out_keys_part) {
				print "\t", $result->{$key . "_" . $partkey};
			} 
			print "\n";
		}
		print "\tPRODUCT SIZE: ", $result->{'PRIMER_PRODUCT_SIZE'}, ", PAIR ANY COMPL: ",
		  $result->{'PRIMER_PAIR_COMPL_ANY'};
		print ", PAIR 3\' COMPL: ", $result->{'PRIMER_PAIR_COMPL_END'}, "\n";
	}
 
 
sub usage {
   exec('perldoc',$0);
   exit(0);
}
 
__END__

Citation:

Envoyé par djibril

Peux-t-on voir votre programme ?

Coucou,

Chez moi, ce code bug, mais je n'ai pas cette erreur de chargement. Ca vient peut-être du path?

As-tu installé Primer sur ton PC? Où lui signales-tu son emplacement (-path )? ... tu utilises -program_name à la place.

Une ligne de ce genre :
Code:

1 2 3 4 my $primer3 = Bio::Tools::Run::Primer3->new(-seq => $seq, -outfile => "temp.out", -path => "/usr/bin/primer3_core");
Autre question si tu enlèves tout le code et ne laisse que :
Code:

1 2 3 4 5 use strict; use Getopt::Long; use Bio::Tools::Run::Primer3; use Bio::SeqIO; use Bio::DB::GenBank;
as-tu encore la même erreur?