Récupérer un élément de taille variable dans des données de dimensions variables

Bonjour,

Je cherche à récupérer des éléments de longueur variable dans une table à dimension variable.

Voici une partie de mes données :

Code:

---

1 2 3 4

TET2:NM_001127208:exon3:c.3138_3138delins-AC,TET2:NM_017628:exon3:c.3138_3138delins-AC, CTTNBP2:NM_033427:exon18:c.G4105A:p.A1369T, ANKRD50:NM_001167882:exon3:c.A3417G:p.P1139P,ANKRD50:NM_020337:exon4:c.A3954G:p.P1318P,

---

Je souhaite récupérer les noms allant de la position 1 au caractère ":".
D'habitude, j'ai un même nombre de "champs" donc j'écris mes données dans un fichier, je les lis avec sep=":" et je récupère le champ voulu. Ici, je ne peux pas lire ma table car alors je n'ai pas la même dimension pour toutes mes lignes....

Je cherche donc un équivalent de substr(), où je commencerais à la position 1 et finirais au caractère ":". Est-ce qu'une telle fonction existe ?

Merci d'avance,
Jane

Bonjour,

Code:

---

1 2	?gsub ?strsplit

---

Au choix et

Code:

---

?regexp

---

Par exemple (si test est un vecteur qui contient les données que vous avez fournies) :

Code:

---

1 2	gsub( "(^[[:alnum:]]+):.+", "\\1", test) strsplit(test, ":")

---

HTH

Vincent

Edit: Ajout d'un exemple

Merci beaucoup !
Effectivement, avec

Citation:

---

gsub( "(^[[:alnum:]]+):.+", "\\1", mutations_exonics_VICJE[,3])

---

je récupère bien :

Citation:

---

[1] "C7"

---

de

Citation:

---

mutations_exonics_VICJE[1,3]
[1] C7:NM_000587:exon10:c.G1166C:p.S389T,

---

Mais je comprends mal les 2 premiers arguments

Citation:

---

"(^[[:alnum:]]+):.+", "\\1"

---

qui sont censés être un pattern et un objet à remplacer ?

Citation:

---

‘sub’ and ‘gsub’ perform replacement of the first and all matches respectively.
gsub(pattern, replacement, x, ignore.case = FALSE, perl = FALSE, fixed = FALSE, useBytes = FALSE)

---

Est-ce que "\\1" signifie premier champ de

Citation:

---

mutations_exonics_VICJE[1,3]
[1] C7:NM_000587:exon10:c.G1166C:p.S389T,

---

?

Pour plus de simplicité, j'essaie d'utiliser strsplit().

Citation:

---

strsplit(as.character(mutations_exonics_VICJE[1,3]),":")
[[1]]
[1] "C7" "NM_000587" "exon10" "c.G1166C" "p.S389T,"

---

A ce niveau, il me reste à récupérer le premier élément de cette liste, mais je n'y arrive pas. Le type est

Citation:

---

str(strsplit(as.character(mutations_exonics_VICJE[1,3]),":"))
List of 1
$ : chr [1:5] "C7" "NM_000587" "exon10" "c.G1166C" ...

---

Est-ce possible de récupérer cette info seulement ?

gsub et split utilisent des expressions rationnelles, d'où le

Code:

---

?regexp

---

car c'est un champ très vaste. Brièvement, le premier argument de gsub dit : cherche une chaîne de caractères qui commence par un ensembre de chiffres/lettres suivie d'un ":". Les parenthèses me permettent de délimiter une zone à extraire. Le "\\1" me permet d'extraire ce que j'ai défini entre parenthèses.

Pour strsplit, le résultat est une liste. Pour extraire le premier élément de chaque élément de la liste :

Code:

---

sapply(strsplit(test, ":"), function(x) x[1])

---

devrait faire l'affaire

HTH

Vincent

Ok. Merci beaucoup pour ces explications :ccool:

Bonjour,

je me permets de up ce post pour savoir quelle aurait été la démarche à suivre s'il fallait extraire la dernière partie du nom après le ":".

Merci,

Alban.

Bonjour,

Essayez :

Code:

---

sapply(strsplit(test, ":"), function(x) x[2])

---