tests statistiques sur des données biologiques

Bonjour,

J'ai plusieurs fichiers de données de coverage d'une séquence d'ADN.
La séquence d'ADN est divisée en sous-segments de 100 bases.
Chaque fichier est donc composé d'une matrice du type :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7

segment1 segment2 segment3 segment4 .... .... coverage base1 XXX XXX XXX XXX b2 XXX XXX XXX XXX b3 XXX XXX XXX XXX b4 XXX XXX XXX XXX ...

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J'aimerais comparer les échantillons 2 à 2, segment par segment.
C'est-à-dire : echantillon1-segment1/echantillon2-segment1 , echantillon1-segment2/echantillon2-segment2 , ...

La comparaison se fait en comparant les écarts entre la moyenne et la médiane des deux échantillons.
Je voudrais savoir si l'on pouvait utiliser un test du chi-deux et si oui comment avec de telles valeurs.

Merci.