Diminuer le temps d'execution d'un script perl
Bonjour à tous,
J'ai écris un script perl, qui prend en entrée un fichier de cette forme :
ATGCGTAGC 12
GTCTAGCATGA 1
ATGCGTAGC 15
TGATGGGTAC 12
et qui me donne en fichier de sortie :
>dme_pi_1_9_27
ATGCGTAGC
>dme_pi_2_11_1
GTCTAGCATGA
>dme_pi_3_10_12
TGATGGGTAC
soit :
>dme_pi_nombrequelconque_nombredelettre_somme2écolonne
Voici le script :
Code:
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| #!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Carp qw(confess);
use Getopt::Long;
use List::Util qw(sum);
# supprime les pi en double,et leur assigne un identifiant unique
# format de sortie : .fasta
# command line : perl create_bank_pi.pl --file banque_embryon_02h.txt > .fasta
my $AF_class;
my %hash;
my $i=0;
GetOptions("file=s" => \$AF_class);
open(my $fh,'<',$AF_class) or die "$AF_class : $!\n\n";
while (<$fh>){
if (/^[ATGC]/){
chomp;
my ($seq,$count) = split /\s+/,$_;
my $length = length($seq);
#$hash{$seq}++;
push(@{$hash{$seq}->{'count'}},$count);
}
}
foreach my $ID (keys(%hash)) {
#print ("ID=$ID\tcount=\t".join("\t", @{$hash{$ID}->{'count'}})."\n");
my $length = length($ID);
my $somme = sum(@{$hash{$ID}->{'count'}});
print ">dme_pi_".$i."_".$length."_".$somme."\n".$ID."\n";
$i++;
}
close($fh); |
Seulement, il est très très long à me donner une sortie, je voudrais donc savoir comment "otpimiser mon script , de façon à ce que quand je lui fourni un fichier d'entrée avec beaucoup de ligne, il ne soit pas aussi long à me retourner un résultat ...
Merci d'avance.
