Problème de copier/coller les notes de bas de page

Ca fait depuis longtemps que j'utilise FCKEditor pour créer des articles sur un site, en utilisant le copier/coller depuis Word.
Une des choses qui m'a toujours impressioné, c'est le copier/coller convertissait parfaitement les notes de bas de page dans Word, en liens/ancres dans la page Web.
Ca m'a toujours impressionné.... jusqu'hier, où je modifie le contenu sur le site pour la première fois depuis un bout de temps, et ça ne marche plus!
J'ai essayé tout: Firefox, Chrome, Safari sur le Mac, puis Firefox et Chrome sous Windows. Rien à faire, le copier/coller se passe bien mais les notes restent obstinément absentes.
J'essaie de copier/coller à partir d'OpenOffice, même résultat. En désespoir de cause je me retourne vers IE - et là ça marche, plus ou moins, mais IE me fait tellement de misères par ailleurs que ce n'est pas vraiment une solution.
Est-ce qu'il y en a d'autres qui ont eu un problème similaire?