Exercice R : Tableau et Camembert

Bonjour à tous et joyeuses fètes,

Voila j'ai un petit exercice a rendre a la fac, je viens de terminer enfin les 95% mais j'ai un petit bug là ...

Le but de l'exo sur R étant de calculer le nombre d'apparitions de codons dans une séquence ( vive la biologie moléculaire ).

Pour info, un codon est une séquence de 3 bases. Comme il y a 4 bases possibles, cela donne 64 séquences de 3 bases. Le fichier codons.txt présente ces 64 codons :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64

U U U Phe U U C Phe U U A Leu U U G Leu C U U Leu C U C Leu C U A Leu C U G Leu A U U Ile A U C Ile A U A Ile A U G Met G U U Val G U C Val G U A Val G U G Val U C U Ser U C C Ser U C A Ser U C G Ser C C U Pro C C C Pro C C A Pro C C G Pro A C U Thr A C C Thr A C A Thr A C G Thr G C U Ala G C C Ala G C A Ala G C G Ala U A U Tyr U A C Tyr U A A Stop U A G Stop C A U His C A C His C A A Gln C A G Gln A A U Asn A A C Asn A A A Lys A A G Lys G A U Asp G A C Asp G A A Glu G A G Glu U G U Cys U G C Cys U G A Stop U G G Trp C G U Arg C G C Arg C G A Arg C G G Arg A G U Ser A G C Ser A G A Arg A G G Arg G G U Gly G G C Gly G G A Gly G G G Gly

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A partir du fichier codons.txt, il faut construire un tableau à 2 dimensions de 64 lignes et 4 colonnes où chaque ligne comporte aux trois premières colonnes les trois bases nucléiques qui composent ce codon et le nom de celui-ci dans la quatrième colonne. ( Gné ?!?):calim2:

Une fois le tableau créé, il faut écrire un programme qui compte le nombre d’apparitions de chaque codon dans le code et renverra un vecteur avec le nombre d’apparitions de chaque codon. ( Là je suis pommé )

La séquence étant :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

A C C U G U C A A A C A A A U C U G G U C A A C C U G U G U C C A A U U C A G G U C U G A A C C U C A A A C C G U G U A C A G U A G C A U C A C A U G G U G A A C C U U G U C A C A U G C A C A U C A A U A A C G G U A C U A G G U C U A A U G

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Merci de votre aide =)

Bonjour à tous et bonnes fêtes également !

Citation:

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Envoyé par StanKub

A partir du fichier codons.txt, il faut construire un tableau à 2 dimensions de 64 lignes et 4 colonnes où chaque ligne comporte aux trois premières colonnes les trois bases nucléiques qui composent ce codon et le nom de celui-ci dans la quatrième colonne. ( Gné ?!?):calim2:

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Regarde ton fichier : tu as bien 64 lignes et 4 colonnes ! Les trois premières correspondent à une base et la dernière à l'acide aminé !
Cherche donc à lire ton fichier afin d'obtenir un tableau à 2 dimensions. Pour cela, cherche une fonction différente de

Code:

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scan

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!

Oui je sais mais justement je trouve pas ... Au résultat j'arrive à un classement par ordre alphabétique des différents acides aminés ...

Code:

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1 2	A Ala Arg Asn Asp C Cys G Gln Glu Gly His Ile Leu Lys Met Phe Pro Ser Stop Thr Trp Tyr U Val 48 4 6 2 2 48 2 48 2 2 4 2 3 6 2 1 2 4 6 3 4 1 2 48 4

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Voila j'arrive a ça ... le problème c'est que j'ai des bases qui ne sont pas utilisées ... du coup la numération est fausse ...

Mets nous le code qui a conduit à ce résultat !

Code:

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1 2	codons<-scan("codons.txt",what="list") table(codons)

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Mais c'est archi faux ...

Comme tu l'as vu dans un post précédent,

Code:

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codons<-scan("codons.txt",what="list")

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va te permettre de récupérer un objet vecteur.
Or, on te demande un tableau à 2 dimensions. Ne connais-tu pas une autre fonction qui te permet de lire un fichier ?

Je sais pas ... peut etre "chaine"...

Bonjour,

Est-ce que "chaine" est une fonction qui existe dans R?
Pour le savoir, tu peux par exemple faire :

Code:

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1 2	?chaine ??chaine

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As-tu un cours sur R? Si oui, je te conseille d'y jeter un oeil afin de reprendre les bases (le chargement des données dans R en étant une ;) ). Sinon, tu peux avoir accès à des tutoriels ici : http://r.developpez.com/ .

Bon courage ! :)


Cordialement,

A.D.

Olala je suis perdu, les cours, le prof est un assez gros branl**** qui fait rien pendant ses td-cours du coup je suis un peu embêté pour ces exos ...

Pour avoir fait un certain nombres d'études, j'ai eu l'occasion oui de recontrer certains profs dont l'incompétence, du moins pédagogique, me défrisait sérieusement (pour rester polie :mrgreen:), mais cela dit, nous ne sommes pas là pour te donner les réponses toutes cuites.

Dans mon précédent message je t'ai fourni un lien vers des tutoriels. Tu devrais y trouver au moins la fonction que tu cherches afin de charger correctement ton jeu de données. Ensuite, tu pourras revenir poster ici pour les autres problèmes que tu rencontres.

Bon courage ! :)


Cordialement,

A.D.

C'est ce que je suis en train de faire =)

Alors voila ce que j'obiens ....

Code:

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> codons<-scan("codons.txt",what="list")

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Read 256 items

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67

> codons<-read.table("codons.txt") > codons V1 V2 V3 V4 1 U U U Phe 2 U U C Phe 3 U U A Leu 4 U U G Leu 5 C U U Leu 6 C U C Leu 7 C U A Leu 8 C U G Leu 9 A U U Ile 10 A U C Ile 11 A U A Ile 12 A U G Met 13 G U U Val 14 G U C Val 15 G U A Val 16 G U G Val 17 U C U Ser 18 U C C Ser 19 U C A Ser 20 U C G Ser 21 C C U Pro 22 C C C Pro 23 C C A Pro 24 C C G Pro 25 A C U Thr 26 A C C Thr 27 A C A Thr 28 A C G Thr 29 G C U Ala 30 G C C Ala 31 G C A Ala 32 G C G Ala 33 U A U Tyr 34 U A C Tyr 35 U A A Stop 36 U A G Stop 37 C A U His 38 C A C His 39 C A A Gln 40 C A G Gln 41 A A U Asn 42 A A C Asn 43 A A A Lys 44 A A G Lys 45 G A U Asp 46 G A C Asp 47 G A A Glu 48 G A G Glu 49 U G U Cys 50 U G C Cys 51 U G A Stop 52 U G G Trp 53 C G U Arg 54 C G C Arg 55 C G A Arg 56 C G G Arg 57 A G U Ser 58 A G C Ser 59 A G A Arg 60 A G G Arg 61 G G U Gly 62 G G C Gly 63 G G A Gly 64 G G G Gly

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C'est déjà ça non ? :lol:

Code:

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tab <- table(let = c("a", "b", "a", "a", "b"), dig = c("1", "0", "0", "1", "1"))

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Apparemment je dois utiliser ça pour avoir un tableau de 2 dimensions, mais la je suis out ...

Pourquoi lis-tu 2 fois ton fichier codon.txt ?

Je trouvais une certaine logique... apparemment c'est pas ça ...

Tu lis ton fichier 2 fois, avec les fonctions

Code:

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scan

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et

Code:

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read.table

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.
Dans les 2 cas, tu nommes l'objet résultat

Code:

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codons

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. Ne crois-tu pas que le second écrase le premier ?
Quel type d'objet renvoie la fonction

Code:

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read.table

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? Qu'est-ce qu'un data.frame ?

Alors je vois pas comment faire ...
Je pensai qu'il fallait utiliser à chaque fois le même nom pour le résultat... Je suis désespéré voila, je dois rendre le projet dans 3 jours, et il me manque la partie finale. Je pensai avoir compris un petit peu, ben en fait non rien du tout.

Pour data.frame, je crois que c'est l'équivalent d'une matrice sauf que chaque colonne peut avoir son type définis...

Bonjour,
je crois avoir trouvé quelqu'un de ma classe (StanKub)!
J'ai en fait à peu près les mêmes problèmes que lui. Je dois insérer un tableau et je ne sais pas si je dois utiliser data.frame, scan, ou autre chose, à vrai dire je ne sais même pas dans quels cas on doit les utiliser. Pouvez-vous m'éclairer s'il vous plaît?
merci.

Bonjour,

Si vous avez un problème spécifique, merci de le poster dans une nouvelle discussion.
Si ce problème concerne la manière de charger des données dans R, je ne peux que vous conseillez de relire votre cours ou bien des tutoriels qui sont en assez grand nombre sur le net, notamment ici : http://r.developpez.com/ .
Vous pourrez ensuite revenir poser vos questions sur le forum, en donnant, dans la mesure du possible, un extrait de votre jeu de données, le code utilisé et qui vous pose problème, ainsi que les messages d'erreur rencontrés.

Bonne continuation :)


Cordialement,

A.D.