Projet R Licence STS

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Bonjour, je suis actuellement en licence STS et on me demande de mettre en place un projet de R:calim2:. L’objectif de ce projet est d’analyser quelques propriétés du code génétique à partir d'une séquence de bases azotées. La séquence étant :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 A C C U G U C A A A C A A A U C U G G U C A A C C U G U G U C C A A U U C A G G U C U G A A C C U C A A A C C G U G U A C A G U A G C A U C A C A U G G U G A A C C U U G U C A C A U G C A C A U C A A U A A C G G U A C U A G G U C U A A U G
Le travail sur ça étant : Fréquence d’apparition des 4 bases azotées
Ecrire une fonction qui enregistre le code génétique contenu dans le fichier sequence.txt dans un vecteur. Chaque élément du vecteur contiendra une base azotée de la séquence. Une fois la séquence enregistrée, le programme devra calculer le taux de A, U, C et G dans ce code génétique et le présenter sous la forme d’un histogramme.
Et :
Recherche d’une séquence
Il peut être intéressant pour une personne de savoir si une séquence de bases azotées est présente dans le code génétique proposé.
Ecrire une fonction qui prend en paramètre une séquence de bases azotées, et qui retourne :
La position de cette séquence dans le code génétique si cette séquence est dans le code génétique. Dans le cas où cette séquence est présente à plusieurs endroits dans le code génétique, la fonction renverra un vecteur avec l’ensemble des positions de départ.
-1 si la séquence n’est pas présente dans le code.

Actuellement et pour être franc, je suis complément pommé:cry:, je ne comprends rien aux algorithmes, j'ai beau me creuser la cervelle, lire des bouquins, chercher sur le net, ça vient pas ...

Si vous avez un petit peu de temps à accorder à un étudiant vraiment nul en informatique, ça serait très sympa.

Merci de votre lecture.

15/12/2011, 13h16
stoyak

Bonjour,
Je vais essayer de t'aiguiller un peu ...
Prenons l'exemple du premier exercice :

Citation:

Envoyé par StanKub

Fréquence d’apparition des 4 bases azotées
Ecrire une fonction qui enregistre le code génétique contenu dans le fichier sequence.txt dans un vecteur. Chaque élément du vecteur contiendra une base azotée de la séquence. Une fois la séquence enregistrée, le programme devra calculer le taux de A, U, C et G dans ce code génétique et le présenter sous la forme d’un histogramme.

Déjà, je suppose que si l'on te donne un projet, tu as eu des cours sur R.
Donc commence déjà par fragmenter ce que l'on te demande en fonction de ce que tu as dû voir.
- Ecrire une fonction -> Comment écrit-on une fonction en R ?
- Enregistrer le code génétique contenu dans un fichier -> Comment lire un fichier ? Comment stocker son contenu dans un vecteur ? Quelle(s) fonction(s) utilisée(s) ? Sachant que la consigne est que chaque élément doit être une base.
- Calculer le taux de chaque base -> Comment effectuer un calcul de fréquence sur un vecteur ?
- Présenter sous la forme d'un histogramme -> Comment créer un histogramme, quelle fonction appeler ?

Voilà, c'est déjà une première piste. Identifie les différents points de ton cours et les fonctions connues !
15/12/2011, 13h23
StanKub

Oui j'ai eu des cours sur R, le problème c'est que la fac m'a mis dans cette option alors que j'en voulais pas, du coup je rame, je me suis déjà posé ces questions étant donné qu'il fallait faire un mémoire avant pour expliquer comment faire. Mais même avec ça, j'arrive pas, j'ai tout tout tout testé, selon le prof c'est rapide, on doit compter 30min par exo, j'en suis a plusieurs après midi pour un exo, et encore, qui aboutit à rien, je suis désespéré :/
15/12/2011, 13h32
stoyak

Ton exercice utilise des fonctions classiques de R.
Qu'as-tu écrit dans ton mémoire pour le premier point ? As-tu déjà écrit quelques lignes de code ?
Montre nous ce que tu as fait.
15/12/2011, 13h38
StanKub

Je mets ça en ligne ce soir, mon mémoire est sur ma clé usb que bien entendu j'ai oublié chez moi -_-'
15/12/2011, 13h43
stoyak

Ok !
En attendant, prends le temps de souffler ! Travailler en étant "désespéré" n'aide jamais à avancer !
16/12/2011, 10h58
StanKub
Code:

1 2 3 4 5 #1 v<-scanf(file="sequence.txt",what='character") #2 seq<-scan(what="character")
Voila le début mais je pense que c'est pas du tout ça ...
19/12/2011, 15h41
stoyak

Première question : as-tu testé ton code ? N'as-tu pas un problème dès la première ligne ?

Deuxième question : comment t'est fourni le fichier sequence.txt ? Sur plusieurs lignes, avec un espace entre chaque base, comme tu l'as copié dans ton premier post ? Le formatage de ton fichier va conditionner sa lecture ...
19/12/2011, 19h14
StanKub

Olala je suis perdu ...
19/12/2011, 19h17
stoyak

Reprenons depuis le début : peux-tu tester ton code ?
As-tu un PC sur lequel R est installé ?

Et peux-tu ajouter ton fichier en pièce jointe à ton post ?
19/12/2011, 19h58
StanKub

Oui oui j'ai R installé sur le pc, je teste le code mais rien ne fonctionne.
19/12/2011, 23h45
stoyak

Prends l'habitude sur le forum de détailler les erreurs. "Rien ne marche" n'est pas suffisant. De manière générale, indique toujours le code que tu as écrit et les messages d'erreur que tu obtiens.
20/12/2011, 01h59
stoyak
Voici quelques lignes de code pour te mettre en route. Vois si cela correspond à ce que tu attends et ce dont tu as besoin :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 sequence<-scan("sequence.txt",what="list") length(sequence) sequence factor<-factor(sequence) factor table(factor) plot(factor)
Teste ce code !

Petite remarque : je n'ai pas écrit une fonction et je renvoie le nombre de chaque base et non un taux.
20/12/2011, 09h04
StanKub

Merci, c'est adorable, je prends un cours d'algo cet aprem avec un prof de la fac, je vous poste la suite de mon projet d'ici peu !
Merci encore !