bug étrange dans mon programme

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28/10/2011, 13h30
Jasmine80

bug étrange dans mon programme

J'ai un programme qui parfois fonctionne très bien mais parfois avec des erreurs quand je le relance sans y changer une seule ligne. Ce programme ouvre des fichiers, y récupère des informations qu'il traite. De là, il sort un rapport commun et une série de graphiques, un par fichier d'origine.

J'obtiens l'erreur :
'Warning: unable to close filehandle IMG properly' répètée de 0 à n fois qui varie d'un run à l'autre du même programme. Ce qui résulte en un fichier graphique vide.

Ce qui est étrange est que je ne travaille plus sur la partie traitant les graphiques qui a toujours fonctionné sans problème et qui est dans une sous-routine à part du core du programme.

J'utilise les modules :
use GD::Graph::mixed;
use GD::Graph::Data;

Avez-vous une idée de ce qui pourrait poser le problème?

Je ne sais pas si c'est lié, mais parfois le fichier rapport affiche des caractères erronés, comme si le programme bégayait ou n'avait pas le temps de tout écrire pour un seul hit alors que tous les autres hits sont traités correctement et que ce traitement se fait par des boucles.

Merci pour votre aide,
28/10/2011, 14h05
Jasmine80
Ça doit être un effet de bord

Si j'utilise les lignes :
Code:

1 2 print $out_rapport "\t\tJazz\t\tPyroseq\t\n"; print $out_rapport "Rep\tWell\tSeq\tOrga\tSeq\tOrga\tNum\tCompare\tvalid\n";
J'obtiens le message d'erreur de 0 à n fois (0 signifiant que le programme fonctionne parfaitement)

Avec
Code:

1 2 print $out_rapport "\t\tJazz\t\t\tPyroseq\t\n"; print $out_rapport "Rep\tWell\tSeq\tOrga_ref\tOrga\tSeq\tOrga\tNum\tCompare\tvalid\n";
... un \t et un \tOrga_ref en plus ... J'obtiens le message d'erreur de +-10 à n fois ... je n'y comprends rien

Quelle est la procédure de débogage dans ce genre de contexte?

Merci,

En écrivant ainsi, as-tu des soucis ?

Code:

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print {$out_rapport} "\t\tJazz\t\tPyroseq\t\n";
print {$out_rapport} "Rep\tWell\tSeq\tOrga\tSeq\tOrga\tNum\tCompare\tvalid\n";

28/10/2011, 14h32
Jasmine80
Citation:
Envoyé par djibril

En écrivant ainsi, as-tu des soucis ?

Code:

1 2 print {$out_rapport} "\t\tJazz\t\tPyroseq\t\n"; print {$out_rapport} "Rep\tWell\tSeq\tOrga\tSeq\tOrga\tNum\tCompare\tvalid\n";
Merci pour ta réponse Djibril ... oui, j'ai toujours des soucis. :cry:

Citation:

Envoyé par Jasmine80

Merci pour ta réponse Djibril ... oui, j'ai toujours des soucis. :cry:

Dans ce cas, je te suggère cette écriture :

Code:

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my $TAB = qq{\t};
my $DOUBLETAB = $TAB . $TAB;
print {$out_rapport} $DOUBLETAB . 'Jazz' . $DOUBLETAB . 'Pyroseq' . "$TAB\n";
print {$out_rapport} 'Rep' . $TAB . 'Well' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Num' . $TAB . 'Compare' . $TAB . 'valid' . "\n";

Citation:

Envoyé par djibril

Dans ce cas, je te suggère cette écriture :

Code:

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4
my $TAB = qq{\t};
my $DOUBLETAB = $TAB . $TAB;
print {$out_rapport} $DOUBLETAB . 'Jazz' . $DOUBLETAB . 'Pyroseq' . "$TAB\n";
print {$out_rapport} 'Rep' . $TAB . 'Well' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Num' . $TAB . 'Compare' . $TAB . 'valid' . "\n";

cela ne fonctionne pas non plus, ça semble même pire.

Voici en faite ce dont j'ai besoin :

Code:

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my $TAB = qq{\t};
my $DOUBLETAB = $TAB . $TAB;
my $TRIPLETAB = $TAB . $TAB . $TAB;
print {$out_rapport} $DOUBLETAB . 'Jazz' . $TRIPLETAB . 'Pyroseq' . "$TAB\n";
print {$out_rapport} 'Rep' . $TAB . 'Well' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga_Ref' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Num' . $TAB . 'Compare' . $TAB . 'valid' . "\n";

L'erreur doit venir d'autre part car même quand le programme fonctionne bien, aux cours des runs ultérieurs du même programme, il ne fonctionne plus.

Autre remarque : si j'utilise un seul fichier à analyser, cela fonctionne presque toujours. C'est dès que j'en prends plusieurs que dans la majorités des cas cela plante.

Premiers lignes du programme après le chargement des modules :

Fonctionne pour la majorité des fichiers

Code:

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my @files_array = grep { !/\$/ } glob("P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/septembre_2011/sequences/Run_59.txt");
 
 
my $out_rep = 'P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/septembre_2011/graphiques_predits/';
 
my $out_rapport = FileHandle->new('>'.$out_rep.'rapport.txt');
 
# 59	A1	TTCTACTTTTGGCCTGCT	no orga	TTCTACTTTT GGCCTGGCCC TT 	Failed (quality window: 20 ) 
 
 
 
my $TAB = qq{\t};
my $DOUBLETAB = $TAB . $TAB;
my $TRIPLETAB = $TAB . $TAB . $TAB;
print {$out_rapport} $DOUBLETAB . 'Jazz' . $TRIPLETAB . 'Pyroseq' . "$TAB\n";
print {$out_rapport} 'Rep' . $TAB . 'Well' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga_Ref' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Num' . $TAB . 'Compare' . $TAB . 'valid' . "\n";

Plante dans la majorité des cas (changement : étoile dans le glob)

Code:

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my @files_array = grep { !/\$/ } glob("P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/septembre_2011/sequences/*.txt");
 
 
my $out_rep = 'P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/septembre_2011/graphiques_predits/';
 
my $out_rapport = FileHandle->new('>'.$out_rep.'rapport.txt');
 
# 59	A1	TTCTACTTTTGGCCTGCT	no orga	TTCTACTTTT GGCCTGGCCC TT 	Failed (quality window: 20 ) 
 
 
 
my $TAB = qq{\t};
my $DOUBLETAB = $TAB . $TAB;
my $TRIPLETAB = $TAB . $TAB . $TAB;
print {$out_rapport} $DOUBLETAB . 'Jazz' . $TRIPLETAB . 'Pyroseq' . "$TAB\n";
print {$out_rapport} 'Rep' . $TAB . 'Well' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga_Ref' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Num' . $TAB . 'Compare' . $TAB . 'valid' . "\n";

Je vais tester les fichiers un à un pour voir ceux qui posent problème ... ce que je ne comprends pas est que parfois, ça fonctionne sur l'ensemble des fichiers, je vous tiens au courant.
Merci

Utilise la procédure que j'ai mise dans la FAQ pour lister les fichiers :

Code:

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my @files_array     = grep { /\.txt$/i } lister_fichiers('P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/septembre_2011/sequences');
my $out_rep         = 'P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/septembre_2011/graphiques_predits/';
my $fichier_rapport = $out_rep.'rapport.txt';
open my $out_rapport, '>', $fichier_rapport or die "Impossible d'écrire dans le fichier $fichier_rapport\n";
 
# 59	A1	TTCTACTTTTGGCCTGCT	no orga	TTCTACTTTT GGCCTGGCCC TT 	Failed (quality window: 20 ) 
my $TAB = qq{\t};
my $DOUBLETAB = $TAB . $TAB;
my $TRIPLETAB = $TAB . $TAB . $TAB;
print {$out_rapport} $DOUBLETAB . 'Jazz' . $TRIPLETAB . 'Pyroseq' . "$TAB\n";
print {$out_rapport} 'Rep' . $TAB . 'Well' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga_Ref' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Seq' . $TAB . 'Orga' . $TAB . 'Num' . $TAB . 'Compare' . $TAB . 'valid' . "\n";
close $out_rapport;
 
#======================================================
# Nombre d'arguments : 1 ou 2
# Argument(s)        : un répertoire et valeur 0 ou 1
# Retourne           : Tableau de fichier (@fichiers)
#======================================================
sub lister_fichiers {
  my ( $repertoire, $recursivite ) = @_;
  require File::Spec;
 
  # Recherche dans les sous répertoire ou non
  if ( ( not defined $recursivite ) || ( $recursivite != 1 ) ) { $recursivite = 0; }
 
  # Verification répertoire
  if ( not defined $repertoire ) { die "Aucun repertoire de specifie\n"; }
 
  # Ouverture d'un répertoire
  opendir my $fh_rep, $repertoire or die "impossible d'ouvrir le répertoire $repertoire\n";
 
  # Liste fichiers et répertoire sauf (. et ..)
  my @fic_rep = grep { !/^\.\.?$/ } readdir $fh_rep;
 
  # Fermeture du répertoire
  closedir $fh_rep or die "Impossible de fermer le répertoire $repertoire\n";
 
  # On récupère tous les fichiers
  my @fichiers;
  foreach my $nom (@fic_rep) {
    my $notre_ficrephier = File::Spec->catdir( $repertoire, $nom );
 
    if ( -f $notre_ficrephier ) {
      push( @fichiers, $notre_ficrephier );
    }
    elsif ( -d $notre_ficrephier and $recursivite == 1 ) {
      push( @fichiers, lister_fichiers($notre_ficrephier, $recursivite) );    # recursivité
    }
  }
  return @fichiers;
}

28/10/2011, 14h57
Jasmine80

Après avoir tester les fichiers un à un, j'en conclu que le problème est le même que quand je les prends en masse. Ils fonctionnent avec 0 à n messages d'erreurs.
28/10/2011, 15h00
Jasmine80

Citation:

Envoyé par djibril

Utilise la procédure que j'ai mise dans la FAQ pour lister les fichiers :

Merci, j'obtiens l'erreur : Quantifier follows nothing in regex; marked by <-- HERE in m/* <-- HERE \.txt/ at test.pl line 34.

... et là, je sature de programmation, j'arrête pour aujourd'hui car je vais finir par faire pire que mieux. Je reprendrai cela après le weekend, merci pour ton aide, j'y verrai peut-être plus clair avec un peu de repos. Biz et bon WE à toi aussi. :ccool:
28/10/2011, 15h02
djibril

C'est juste une erreur de ma part, que j'ai corrigé.

Code:

my @files_array = grep { /\.txt$/i } lister_fichiers('P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/septembre_2011/sequences');
04/11/2011, 09h19
Jasmine80

Jour faste, ce programme fonctionne aussi, comme par magie, alors que je n'y ai pas touché.

Cf : http://www.developpez.net/forums/d11...l-devient-fou/