écrire à la fin d'un fichier ou stocker des variables de dimensions différentes

Bonjour à tous,

Je cherche dans 2 fichiers des informations, que je recopie dans un fichier résultat et ce, plusieurs fois. Mais le nombre d'informations (lignes) à recopier n'est pas le même à chaque fois, ce qui fait -il me semble- que je ne peux stocker les informations nulle part et que je dois les écrire au fur et à mesure.
Je n'ai pas trouvé comment faire avec write... Existe-t-il une commande qui permette de faire cela ?

Voici le code que j'ai écris pour le moment :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

donnees_hm1_gene=donnees_hm1_gene[,c(1,6:10)] donnees_initiales=donnees_initiales[,c(1,8,9,10,13,14)]   for (i in 1:length(donnees_hm1_gene) ) { ind=grep(gsub(" ","",donnees_hm1_gene[i,1]),gsub(" ","",donnees_initiales[,1])) }   a_ecrire=rbind(donnees_hm1_gene[i,], donnees_initiales[ind,] )   write.table(a_ecrire,file="Code/analyse_diff_iso/resume_up.txt",sep="\t", quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=TRUE)

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Avec le résultat obtenu dans le fichier résultat pour 2 itérations :

Code:

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1 2 3 4

test_id value_1 value_2 ln.fold_change. q_value significant EHI_180390 0.285594 103.004 5.88795 0 yes EHI_180390.ref 0.28377 100.327 5.86803 0 yes

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Code:

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1 2 3 4 5

test_id value_1 value_2 ln.fold_change. q_value significant EHI_070680 0.576131 1192.2 7.63498 0 yes EHI_070680.alt1 0.253142 0.676848 0.983497 0.362647 no EHI_070680.ref 0.352009 1204.61 8.13801 0 yes

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Je souhaite écrire ces deux résultats à la suite, dans un seul fichier :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7

test_id value_1 value_2 ln.fold_change. q_value significant EHI_180390 0.285594 103.004 5.88795 0 yes EHI_180390.ref 0.28377 100.327 5.86803 0 yes EHI_070680 0.576131 1192.2 7.63498 0 yes EHI_070680.alt1 0.253142 0.676848 0.983497 0.362647 no EHI_070680.ref 0.352009 1204.61 8.13801 0 yes

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Voyez-vous une solution ?
Merci

Bonjour,

Je ne suis pas bien sûre de comprendre ce que vous souhaitez faire... Cependant, si les éléments que vous concaténez avec un "rbind" ont le même nombre de colonnes, normalement il n'y aura pas de problème pour les écrire ensuite dans un fichier à l'aide de la commande "write.table".

A première vue comme ça, il me semble que le problème viendrait plutôt de votre boucle. En effet, à chaque passage dans la boucle, j'ai l'impression que vous écrasez le contenu de "ind" et non que vous le concaténez, comme c'est ce qu'il me semble que vous souhaitez faire.
Est-ce que ceci fonctionne mieux :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

ind<-NULL   for (i in 1:length(donnees_hm1_gene) ) { ind<-c( ind , grep(gsub(" ","",donnees_hm1_gene[i,1]),gsub(" ","",donnees_initiales[,1])) ) }   a_ecrire=rbind(donnees_hm1_gene[i,], donnees_initiales[ind,] )   write.table(a_ecrire,file="Code/analyse_diff_iso/resume_up.txt",sep="\t", quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=TRUE)

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Bonne continuation :)


Cordialement,

A.D.

Merci pour votre réponse.
Ceci ne correspond pas tout à fait à ce que je veux faire. Je suis d'accord qu'ainsi je peux sauvegarder les indices des lignes que je veux conserver dans un seul (et non les 2) de mes fichiers.

Mais

Code:

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1 2	a_ecrire=rbind(donnees_hm1_gene[i,], donnees_initiales[ind,] )

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ne me permet pas de conserver l'information sur l'endroit où insérer les lignes du premier fichier...

Voici ce que contiennent mes fichiers :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9

> head(donnees_hm1_gene) test_id value_1 value_2 ln.fold_change. q_value significant 1 EHI_039600 0.0000000 13.9942 1.79769e+308 0.0367975 yes 2 EHI_067090 0.3198120 1095.5300 8.13901e+00 0.0000000 yes 3 EHI_039590 0.0602808 187.7370 8.04378e+00 0.0000000 yes 4 EHI_070680 0.5761310 1192.2000 7.63498e+00 0.0000000 yes 5 EHI_098200 1.3283900 480.0840 5.88999e+00 0.0000000 yes 6 EHI_180390 0.2855940 103.0040 5.88795e+00 0.0000000 yes

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Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9

> head(donnees_initiales) test_id value_1 value_2 ln.fold_change. q_value significant 1 EHI_000010.ref 17.59890 37.236400 0.7494500 0.276241 no 2 EHI_000130.alt1 3.66554 0.841157 -1.4719500 0.249410 no 3 EHI_000130.ref 2258.98000 951.299000 -0.8648400 0.174267 no 4 EHI_000240.ref 1126.15000 1170.940000 0.0390003 0.968965 no 5 EHI_000250.ref 281.51100 175.768000 -0.4710080 0.436076 no 6 EHI_000290.alt1 1.64985 2.792290 0.5261810 0.563960 no

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Je souhaite récupérer les lignes dans "donnees_initiales" qui correspondent à chaque ligne dans donnees_hm1_gene et les afficher à la suite pour regrouper les informations.

Le fichier sera donc de la sorte :
1 ligne de donnees_hm1_gene.
2lignes de donnees_initiales
1 ligne de donnees_hm1_gene.
1 ligne de donnees_initiales
1 ligne de donnees_hm1_gene.
3lignes de donnees_initiales
...
Sans savoir à l'avance combien il y aura de lignes dans donnees_hm1_gene

Comme dans cet exemple :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7

test_id value_1 value_2 ln.fold_change. q_value significant EHI_180390 0.285594 103.004 5.88795 0 yes (fichier donnees_hm1_gene) EHI_180390.ref 0.28377 100.327 5.86803 0 yes (fichier donnees_initiales) EHI_070680 0.576131 1192.2 7.63498 0 yes (fichier donnees_hm1_gene) EHI_070680.alt1 0.253142 0.676848 0.983497 0.362647 no (fichier donnees_initiales) EHI_070680.ref 0.352009 1204.61 8.13801 0 yes (fichier donnees_initiales)

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Bonjour,

Il faut alors que tu fasses les rbind dans la boucle... en stockant le résultat intermédiaire dans une data.frame, bien entendu.

Il doit également y avoir une option append à write.table.

Oui, merci, je n'avais pas vu que append permet d'écrire à la suite d'un fichier. J'ai obtenu ce que je voulais :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14

test_id value_1 value_2 ln.fold_change. q_value significant EHI_039600 0 13.9942 1.79769e+308 0.0367975 yes EHI_039600.ref 0 13.2368 1.79769e+308 0.0422989 yes test_id value_1 value_2 ln.fold_change. q_value significant EHI_039600 0 13.9942 1.79769e+308 0.0367975 yes EHI_039600.ref 0 13.2368 1.79769e+308 0.0422989 yes test_id value_1 value_2 ln.fold_change. q_value significant EHI_039590 0.0602808 187.737 8.04378 0 yes EHI_039590.ref 0.0690348 187.645 7.9077 0 yes test_id value_1 value_2 ln.fold_change. q_value significant EHI_070680 0.576131 1192.2 7.63498 0 yes EHI_070680.alt1 0.253142 0.676848 0.983497 0.362647 no EHI_070680.ref 0.352009 1204.61 8.13801 0 yes

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avec ce code :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8

for (i in 1:dim(donnees_hm1_gene)[1] ) { ind=grep(gsub(" ","",donnees_hm1_gene[i,1]),gsub(" ","",donnees_initiales[,1])) a_ecrire=rbind(donnees_hm1_gene[i,], donnees_initiales[ind,] )   write.table(a_ecrire,file="Code/analyse_diff_iso/resume_up.txt",append=TRUE,sep="\t", quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=TRUE) }

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Pour compléter, voici ce que ça peux donner en code :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

tmp <- data.frame()   for (i in 1:nrow(donnees_hm1_gene) ) { ind <- grep(paste("^", gsub(" ","",donnees_hm1_gene[i,1]), "\\.", sep=""), gsub(" ","",donnees_initiales[,1]))   tmp <- rbind(tmp, rbind(donnees_hm1_gene[i,], donnees_initiales[ind,])) }

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J'ai également ajouté davantage de contrôle sur l'expression régulière (dans le grep) :

• "^" pour forcer l'ancrage en début de ligne.
• "\\." pour que le motif soit obligatoirement suivi d'un point.

Ceci afin d'éviter des problèmes lorsqu'un identifiant de

Code:

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donnees_hm1_gene[,1]

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est un sous-motif d'un autre identifiant (à toi de voir si c'est nécessaire).

Il est probablement possible de faire plus efficace (je pense à un do.call() sur le résultat d'un sapply notamment). Mais ça demande un peu plus de réflexion.

Si tu t'orientes vers la solution que tu as postée, je te conseille

Citation:

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Envoyé par jane40

Code:

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1 2 3 4 5

... write.table(a_ecrire, file="Code/analyse_diff_iso/resume_up.txt", append=ifelse(i==1, FALSE, TRUE), sep="\t", quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=TRUE) ...

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Pour éviter de te retrouver avec plusieurs fois la même chose dans ton fichier si tu relances le script.

Citation:

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Envoyé par pitipoisson

Il est probablement possible de faire plus efficace (je pense à un do.call() sur le résultat d'un sapply notamment). Mais ça demande un peu plus de réflexion.

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...mais c'est moins évident à comprendre.

Aller, je le donne pour info :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

do.call(rbind, lapply(1:nrow(donnees_hm1_gene), function(i, init, hm1) { return(rbind(hm1[i,], init[grep(paste("^", gsub(" ","",hm1[i, 1]), "\\.", sep=""), gsub(" ","",init[ , 1])), ])) }, init=donnees_initiales, hm1=donnees_hm1_gene))

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Je te laisses la joie de décomposer le bousin, mais n'hésite pas si tu as des questions.

Citation:

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Envoyé par pitipoisson

Si tu t'orientes vers la solution que tu as postée, je te conseille

Pour éviter de te retrouver avec plusieurs fois la même chose dans ton fichier si tu relances le script.

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Effectivement, j'ai eu ce problème ! Merci pour la solution !

Citation:

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Envoyé par pitipoisson

...mais c'est moins évident à comprendre.

Aller, je le donne pour info :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

do.call(rbind, lapply(1:nrow(donnees_hm1_gene), function(i, init, hm1) { return(rbind(hm1[i,], init[grep(paste("^", gsub(" ","",hm1[i, 1]), "\\.", sep=""), gsub(" ","",init[ , 1])), ])) }, init=donnees_initiales, hm1=donnees_hm1_gene))

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Je te laisses la joie de décomposer le bousin, mais n'hésite pas si tu as des questions.

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J'ai décomposé le bousin ;) :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

test=function(i, init, hm1) { return(rbind(hm1[i,],init[grep(gsub(" ","",hm1[i, 1]),gsub(" ","",init[ , 1])),])) }   res_test=do.call(rbind, lapply(1:nrow(donnees_hm1_gene), function(i) {test(i,init=d_initiales,hm1=d_hm1_gene)} ) )   write.table(res_test,file="Code/analyse_diff_iso/test_up.txt",sep="\t", quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=TRUE)

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Et j'ai à peu près compris :ccool:
J'obtiens bien ce que je veux, de manière un peu plus rapide. Merci !

Citation:

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Envoyé par jane40

Code:

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1 2 3 4 5 6

... res_test=do.call(rbind, lapply(1:nrow(donnees_hm1_gene), function(i) {test(i,init=d_initiales,hm1=d_hm1_gene)} ) ) ...

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Histoire de prendre de bonnes habitudes avec la famille des apply, tu peux également l'écrire

Code:

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1 2 3 4

res_test <- do.call(rbind, lapply(1:nrow(donnees_hm1_gene), FUN=test, ## Fonction à appliquer. init=d_initiales, hm1=d_hm1_gene)) ## Arguments supplémentaires à passer à FUN.

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