Incorporer du code R dans un programme C++

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07/09/2011, 12h09
Quentin15

Incorporer du code R dans un programme C++

Bonjour,

En lisant sur un peu partout sur le net, je me suis rendu compte qu'il était possible d'incorporer un code en C/C++ dans R (langage de programmation statistique).
Je voulais savoir si l'inverse était possible, c'est-à-dire intégrer un code R dans un programme de C/C++.
Si c'est le cas, qu'elles seraient les procédures à suivre.

Bien cordialement,
07/09/2011, 13h36
pitipoisson

Bonjour,

Je m'apprêtais à te répondre que "non, pas à ma connaissance" mais j'ai fais quelques recherches par acquis de conscience et je suis tombé sur Swig (voir pour R)... mais je n'arrive pas à comprendre si c'est "bi-directionnel" ou non.

Mais en regardant dans "Writing R extensions" pour vérifier s'ils en faisaient mention, j'ai trouvé tout autre chose qui semble prometteur : Parsing R code from C.

Je reste intéressé par d'éventuels retours sur la question.
07/09/2011, 13h55
pitipoisson

Ah et également la section précédente : Evaluating R expressions from C.

Note tout de même que tout cela concerne des fonctions C qui, à la base, sont appelées depuis R. Mais ça montre bien que la communication peut être bi-directionnelle.
08/09/2011, 11h05
Quentin15

Salut,

J'ai trouvé deux liens assez intéressants sur la question.
Qu'en penses tu?
http://ciam.inra.fr/r4ciam/appelRinC.html
http://ciam.inra.fr/r4ciam/intR.html#api
08/09/2011, 11h37
pitipoisson

Que pour ce qui est du cas général (premier lien), j'avais pas trop mal compris

Citation:

Dans tous les cas, le programme C est lui-même appelé depuis R.

;)

Plus sérieusement, belle trouvaille, ça a l'air bien fait.

En ce qui concerne le second lien, ça me paraît très intéressant, mais je serais curieux de voir quelle utilisation on peut en faire (à quelles fonctionnalités de R on a accès).

Perso, j'utilise RInside et Rcpp pour appeler du code R dans un programme C++. C'est relativement simple (plus que d'appeler directement l'api R ; le code de R est relativement complexe, mal documenté et plein de macros).

Quelques codes d'exemple d'utilisation :

Code:

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struct MyData
{
    int un_int;
    float un_float;
    std::string un_string;
};
 
int main(int argc, char *argv[])
{
    RInside R(argc, argv);
 
    // executer une fonction
    R.parseEvalQ("print('hello world!')");
 
    std::cout << std::endl;
    // lecture et ecriture d'une variable
    R["x"] = 10;
    R["y"] = 20;
 
    R.parseEvalQ("z <- x + y");
 
    int z = R["z"];
    std::cout << "z:" << z << std::cout;
 
    std::cout << std::endl;
    // lecture et écriture d'un vecteur numérique
    const double dvec[6] = { 0.1 , 0.1 , 0.1 , 0.1 , 0.3 , 0.3 };
    const std::vector<double> v(dvec , dvec+6);
    R.assign(v, "v");
 
    SEXP ans;
    ans = R.parseEval("v*2");
 
    Rcpp::NumericVector v2(ans);
    for (int i=0; i<6; ++i) std::cout << "v2." << i << ":" << v2[i] << std::endl;
 
    std::cout << std::endl;
    // lecture/écriture d'un vecteur string
    std::vector<std::string> vs;
    vs.push_back("string 1");
    vs.push_back("string 2");
    R.assign(vs, "vs") ;
 
    ans = R.parseEval("size <- length(vs); paste(vs, ' toto'); ");
    int size = R["size"];
    std::cout << "size:" << size << std::endl;
 
    Rcpp::CharacterVector vs2(ans);
    for (int i=0; i<size; ++i) std::cout << "vs2." << i << ":" << vs2[i] << std::endl;
 
    std::cout << std::endl;
    // lecture/écriture d'un type complexe
    MyData d;
    d.un_float = 12.3456;
    d.un_int = 12345;
    d.un_string = "un test";
 
    R.assign(d.un_float, "d$un_float");
    R.assign(d.un_int, "d$un_int");
    R.assign(d.un_string, "d$un_string");
 
    R.parseEvalQ("print(d)");
 
    // ouverture d'une library et appel de fonction
    R.parseEvalQ(
            "library(MassSpecWavelet);"
            "ms <- read.table('data.txt', dec='.', sep=' ');"
            "mz <- ms[17000:17500,3];"
            "size <- length(mz);");
 
    size = R["size"];
    std::cout << "size:" << size << std::endl;
 
    Rcpp::NumericVector mz = R["mz"];
    std::cout << "mz size:" << mz.size() << std::endl;
 
    for (int i=0; i<mz.size(); ++i) mz[i] += 100.0 * cos(i/10.0);
 
    // enregistrement de l'image vers un png
    R.assign(mz, "mz_out");
    R.parseEvalQ(
            "png('toto.png');"
            "plot(mz, type='l', col='red');"
            "lines(mz_out, type='l', col='blue');");
 
    //exec complex script
    R.parseEvalQ(
            "mz_inf = which(ms[,2] > 2080)[1];"
            "mz_sup = which(ms[,2] > 2110)[1];"
            "exampleMS <- ms[mz_inf:mz_sup, 3];"
 
            "scales <- seq(1, 10, 0.2);"
            "wavelet <- 'mexh'; print('A');"
            "wCoefs <- cwt(exampleMS, scales = scales, wavelet = wavelet);print('B');"
 
            "wCoefs <- cbind(as.vector(exampleMS), wCoefs);print('C');"
            "colnames(wCoefs) <- c(0, scales);print('D');"
            "png('toto2.png'); image(wCoefs); print('E');"
                   );
 
    return 0;
}

Citation:

mais je serais curieux de voir quelle utilisation on peut en faire (à quelles fonctionnalités de R on a accès)

Tout ! On accès à une vraie session R : code saisie par l'utilisateur, accès aux libs (j'utilise beaucoup bioconductor), graphique (mais ça peut planter si on utilise déjà des contextes graphiques dans l'application, je préfère enregistrer les graphiques dans un fichier image puis l'afficher)

1 pièce(s) jointe(s)

Effectivement le RInside et le Rccp ont l'air pas mal. D'ailleurs je l'utilise actuellement dans un code.
J'essaye de compiler le code suivant:
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 #include <iostream> #include <RInside> using namespace std; int main(int argc, char *argv[]) { RInside R(argc, argv); R["txt"]= "Hello, world!\n"; R.parseEvalQ("cat(txt)"); cout << "Hello world!" << endl; return 0; }
Veuillez trouver ci-joint les erreurs qui ont été compilées.

13/09/2011, 11h10
gbdivers

C'est plus un problème C++ : tu n'as pas inclus correctement les en-têtes de Rinside. Je n'ai pas utilisé code::block depuis longtemps donc ça va être difficile de t'aider mais une recherche rapide sur le forum C++ devrait t'aider (c'est un problème courant)
13/09/2011, 11h15
Quentin15

Ok, merci pour la réponse.