comprendre une ligne de code

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06/09/2011, 00h18
ouinih

comprendre une ligne de code
Bonjour,

Je suis bloqué sur une ligne de code. je ne comprends pas ce qu'elle fait !
Code:

1 2 3 4 5 6 res = sapply(n:length(x), function(i, ...) FUN(x[(i - n + 1):i], ...)) if (!trim) { res = c(rep(NA, (n - 1)), res) }
merci pour vos remarques
06/09/2011, 10h10
pitipoisson
Bonjour,

Il y a deux blocs d'instructions dans ton exemple.
Pour rendre les choses un peu plus lisibles :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 res <- sapply(n:length(x), function(i, ...) { FUN(x[(i - n + 1):i], ...) }) if (!trim) { res <- c(rep(NA, (n - 1)), res) }
Le problème, c'est que pour le premier, il est impossible de dire ce que ça fait, ne sachant pas ce que fait la fonction FUN (ni d'ailleurs ce qu'il y a dans x et n).

Pour le deuxième bloc également il faudrait savoir ce que représentent les variables.

voici toute la fonction :

Code:

1
2
3
4
5
6
7
 
#Def fonction de fenetre gilssante
rollFun = function(x, n = 9, FUN, trim = TRUE, na.rm = FALSE,...){x = as.vector(x)
if (na.rm) x = as.vector(na.omit(x))
res = sapply(n:length(x), function(i, ...) FUN(x[(i - n + 1):i], ...))
if (!trim) res = c(rep(NA, (n - 1)), res)
res}

07/09/2011, 10h40
A. D.
Bonjour ouinih,

Tout d'abord, la fonction "rollFun" est-elle une fonction d'un package R (si oui, lequel)?

Sinon, d'après ce que j'ai compris, c'est la fonction "sapply" qui vous pose problème, c'est bien cela?
Alors, pour le morceau de code suivant :
Code:

1 2 3 4 5 res <- sapply(n:length(x), function(i, ...) { FUN(x[(i - n + 1):i], ...) })
On prend le vecteur des éléments n à length(x) (= longueur du vecteur x), par exemple si n=9 et x a une longueur de 12, on va avoir le vecteur : 9 10 11 12 .
Et on applique à chacun des éléments de ce vecteur (9 10 11 et 12 dans mon exemple) la fonction définit comme suit :
Code:

1 2 3 4 f<-function(i, ...) { FUN(x[(i - n + 1):i], ...) }
Cette fonction est en fait la fonction "FUN" (en argument de ta fonction "rollFun") MAIS appliquée uniquement aux éléments de x compris entre le (i - n + 1)ème et le ième.

Par exemple, si on reprend le cas où n=9 et x a 12 éléments.
On va d'abord appliquer la fonction f pour i=9 ie. la fonction "FUN" va être appliquée pour x[ 9 - 9 + 1 ] = x[1] , x[2], ... , x[9], puis dans un second temps on va appliquer la fonction f pour i=10 ie. la fonction "FUN" va être appliquée pour x[ 10 - 9 + 1 ] = x[2] , x[3], ... , x[9], etc... jusqu'à i=12.

Bien sûr, sans connaître plus de détails sur la fonction "FUN", difficile de savoir de quelle forme seront les résultats en sortie dans l'élément "res" (cela dit, au vue de la suite du code, je suppose qu'il s'agit d'un vecteur).
Pour info, la fonction "sapply" retourne un vecteur ou une matrice.

Voilà, j'espère que ceci vous éclairera un peu (mais pas sûr que ça soit bien clair, désolée :/ ). Sinon, pour plus d'infos sur la fonction "sapply", il est possible de jeter un oeil à son aide via ?sapply , et le mieux c'est de faire quelques tests sur des exemples basiques afin d'en comprendre le fonctionnement.

Sinon, concernant l'autre morceau de code qui semblait vous poser problème :
Code:

1 2 3 4 if (!trim) { res <- c(rep(NA, (n - 1)), res) }
Ici on teste si l'élément "trim" est "FALSE" ( !trim = NON trim = [ trim == FALSE ] ), et si c'est le cas, on va ajouter un vecteur contenant (n-1) "NA" au début du vecteur "res" (obtenu précédemment).

Voilà, en espérant que ceci vous aide un peu à avancer, sinon n'hésitez pas à poser d'autres questions, et si éventuellement vous avez un exemple concret sur lequel appliquer la fonction "rollFun", cela nous facilitera peut-être la tâche pour vous aider.
Sur ce, bonne continuation :)

Cordialement,

A.D.
07/09/2011, 10h47
pitipoisson
OK, c'est plus clair comme ça !

Ce que fait cette fonction (comme le suggère d'ailleurs le commentaire), c'est d'appliquer une fonction (FUN) sur x, en appliquant une fenêtre glissante de largeur n.

Par exemple pour le calcul d'une moyenne mobile :
Code:

1 2 3 4 > x <- 1:5 > > rollFun(x, n=2, FUN=mean, trim=FALSE) [1] NA 1.5 2.5 3.5 4.5
Trim indique s'il faut ou non remplir les NAs au début (pas de moyenne mobile calculable sur les éléments 0 et 1 puisque le premier n'existe pas).
Ensuite, la moyenne est faite sur 1 et 2, puis 2 et 3, etc.

Le sapply revient en quelque sorte à faire une boucle for mais en nettement plus efficace.
07/09/2011, 11h00
pitipoisson
Bon pour l'explication du sapply, je me suis fait grillé :aie:

Citation:

Envoyé par A. D.

Par exemple, si on reprend le cas où n=9 et x a 12 éléments.
On va d'abord appliquer la fonction f pour i=9 ie. la fonction "FUN" va être appliquée pour x[ 9 - 9 + 1 ] = x[1] , x[2], ... , x[9], puis dans un second temps on va appliquer la fonction f pour i=10 ie. la fonction "FUN" va être appliquée pour x[ 10 - 9 + 1 ] = x[2] , x[3], ... , x[9], etc... jusqu'à i=12.

Mais juste pour reformuler rapidement et plus dans la logique de R, je dirais que si
- i == 9 : la fonction FUN s'applique sur
  
  Code:
  
  x[ (9 - 9 + 1):9 ] == x[1:9]
- i == 10 : FUN s'applique sur
  
  Code:
  
  x[ (10 - 9 + 1):10 ] == x[2:10]
- ...
- i == lenght(x) : FUN s'applique sur
  
  Code:
  
  x[ (lenght(x) - 9 + 1):lenght(x) ]
  
  c'est à dire jusqu'au dernier élément de x (x[4:12]).
Le sapply va donc appliquer cette recette pour chaque valeur de

Code:

n:length(x) == c(9, 10, 11, 12)
07/09/2011, 11h04
A. D.
Citation:
Envoyé par pitipoisson

Bon pour l'explication du sapply, je me suis fait grillé :aie:

Mais juste pour reformuler rapidement et plus dans la logique de R, je dirais que si

i == 9 : la fonction FUN s'applique sur

Code:

x[ (9 - 9 + 1):9 ] == x[1:9]

i == 10 : FUN s'applique sur

Code:

x[ (10 - 9 + 1):10 ] == x[2:10]

...
i == lenght(x) : FUN s'applique sur

Code:

x[ (lenght(x) - 9 + 1):lenght(x) ]

c'est à dire jusqu'au dernier élément de x (x[4:12]).

Le sapply va donc appliquer cette recette pour chaque valeur de

Code:

n:length(x) == c(9, 10, 11, 12)
C'est bien plus clair comme ça, j'avoue que c'était un peu dur de bon matin :aie:

Merci pitipoisson :)

Cordialement,

A.D.
07/09/2011, 17h20
ouinih

Merci bcp à vous deux...

bonne soirée