[statnet/Network]Importer une matrice d'incidence valuée

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Bonjour,
j'arrive à importer une matrice d'incidence "normale" avec le code suivant :
Code:

1 2 3 4 5 # Chargement fichier ASCII dans un tableau (MyTable) MyTable<-read.delim(file="c:/FichierTexte.txt",sep="\t", header=FALSE); # Chargement d'un objet réseau (net.mat) avec le tableau net.mat<-as.network(as.matrix(MyTable),vertex.attr=NULL, vertex.attrnames=NULL, directed=TRUE,hyper=FALSE, loops=FALSE, multiple=FALSE, bipartite = FALSE,matrix.type="edgelist")
A partir d'un fichier de données brutes sans en-têtes, à autant de lignes que de sommets du graphe et à 2 colonnes, une qui contient la liste des sommets de départ, l'autre les sommets d'arrivée.

j'utilise enfin la fonction gplot pour afficher le graphe.
Tout fonctionne très bien.

Je souhaiterais maintenant pouvoir mettre les arêtes d'une certaine couleur (avec l'option edge.col) en fonction d'une valeur que je chargerais dans le graphe.

J'ai donc un fichier maintenant à 3 colonnes, les deux premières sont les mêmes que précédemment et la troisième indiquerait la couleur.

J'essaie de convertir la matrice en réseau avec la commande suivante :

Code:

net.mat<-as.network(as.matrix(MyTable),names.eval="V1 V2",vertex.attr=NULL, vertex.attrnames=NULL, directed=TRUE,hyper=FALSE, loops=FALSE, multiple=FALSE, bipartite = FALSE,matrix.type="edgelist")

mais j'obtiens l'erreur :

Citation:

Erreur dans round(n) : Argument non numérique pour une fonction mathématique

Je n'arrive pas à trouver comment indiquer que les premières colonnes sont les noms des sommets qui composent l'arête et la troisième colonne un attribut supplémentaire des arêtes.

Quelqu'un sait-il comment on pourrait faire ?

Merci.

;)

25/08/2011, 10h55
pitipoisson

Bonjour,

Si tu lances

Code:

traceback()

après ton erreur, ça retourne quoi ?

Citation:

Envoyé par pitipoisson

Bonjour,

Si tu lances

Code:

traceback()

après ton erreur, ça retourne quoi ?

Ca produit ce message :

Code:

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3: network.initialize(n, directed = directed, hyper = hyper, loops = loops, 
       multiple = multiple, bipartite = bipartite)
2: as.network.matrix(as.matrix(MyTable), names.eval = "V1 V2", vertex.attr = NULL, 
       vertex.attrnames = NULL, directed = TRUE, hyper = FALSE, 
       loops = FALSE, multiple = FALSE, bipartite = FALSE, matrix.type = "edgelist")
1: as.network(as.matrix(MyTable), names.eval = "V1 V2", vertex.attr = NULL, 
       vertex.attrnames = NULL, directed = TRUE, hyper = FALSE, 
       loops = FALSE, multiple = FALSE, bipartite = FALSE, matrix.type = "edgelist")

25/08/2011, 11h26
pitipoisson

OK, maintenant il faudrait savoir ce que as.network.matrix passe comme argument n à la fonction network.initialize...
Et donc afficher le code de la fonction en tapant dans la console R :

Code:

> as.network.matrix

(sans les parenthèses !)

Si ça ne marche pas, essaie :

Code:

getAnywhere("as.network.matrix")

A priori la fonction network.initialize est appelée de cette façon :

Code:

1
2
 network.initialize(n, directed = directed, hyper = hyper, 
        loops = loops, multiple = multiple, bipartite = bipartite)

Voici le code renvoyé par la console :

Code:

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function (x, matrix.type = NULL, directed = TRUE, hyper = FALSE, 
    loops = FALSE, multiple = FALSE, bipartite = FALSE, ignore.eval = TRUE, 
    names.eval = NULL, na.rm = FALSE, edge.check = FALSE, ...) 
{
    nattr <- attr(x, "n")
    battr <- attr(x, "bipartite")
    vattr <- attr(x, "vnames")
    if (is.logical(x)) {
        x <- 1 * x
    }
    if (is.null(matrix.type)) 
        matrix.type <- which.matrix.type(x)
    else matrix.type <- match.arg(matrix.type, c("adjacency", 
        "incidence", "edgelist", "bipartite"))
    if (is.logical(bipartite) && bipartite) 
        matrix.type <- "bipartite"
    if ((bipartite > 0) && (matrix.type == "adjacency") && (NROW(x) == 
        bipartite)) 
        matrix.type <- "bipartite"
    unames <- NULL
    if (matrix.type == "edgelist") {
        if (dim(x)[2] > 2) 
            vals <- x[, -(1:2)]
        else vals <- NULL
        if (is.character(x <- as.matrix(x[, 1:2, drop = FALSE]))) {
            unames <- sort(unique(as.vector(x)))
            x <- cbind(match(x[, 1], unames), match(x[, 2], unames))
        }
        if (!is.null(vals)) 
            x <- cbind(x, vals)
    }
    if (matrix.type == "adjacency" && !is.null(colnames(x))) {
        unames <- colnames(x)
    }
    if (matrix.type == "bipartite") {
        directed <- FALSE
        bipartite <- dim(x)[1]
        unames <- 1:sum(dim(x))
        if (!is.null(rownames(x))) {
            unames[1:(dim(x)[1])] <- rownames(x)
        }
        if (!is.null(colnames(x))) {
            unames[(dim(x)[1]) + (1:(dim(x)[2]))] <- colnames(x)
        }
    }
    if (!is.null(vattr)) 
        unames <- vattr
    n <- switch(matrix.type, adjacency = dim(x)[1], incidence = dim(x)[1], 
        bipartite = sum(dim(x)), edgelist = max(x[, 1:2]), )
    if (is.numeric(nattr)) 
        n <- nattr
    if (is.numeric(battr)) 
        bipartite <- battr
    g <- network.initialize(n, directed = directed, hyper = hyper, 
        loops = loops, multiple = multiple, bipartite = bipartite)
    g <- switch(matrix.type, adjacency = network.adjacency(x, 
        g, ignore.eval, names.eval, na.rm, edge.check), incidence = network.incidence(x, 
        g, ignore.eval, names.eval, na.rm, edge.check), bipartite = network.bipartite(x, 
        g, ignore.eval, names.eval, na.rm, edge.check), edgelist = network.edgelist(x, 
        g, ignore.eval, names.eval, na.rm, edge.check))
    if (!is.null(unames)) {
        g <- set.vertex.attribute(g, "vertex.names", unames)
    }
    g
}
<environment: namespace:network>

25/08/2011, 12h00
pitipoisson

Et que te renvoient

Code:

attr(as.matrix(MyTable), "n")

et

Code:

attr(as.matrix(MyTable), "vnames")

?

On avance :)
25/08/2011, 12h02
Filippo

Les deux commandes renvoient NULL

En fait, je pense que pour trouver d'où vient le problème, tu vas devoir exécuter le corps de la fonction (éventuellement pas à pas, en surveillant en particulier les changements dans les valeurs de matrix.type et n) :

Code:

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## Initialisation des variables (paramètres) :
x <- as.matrix(MyTable)
 
names.eval = "V1 V2"
vertex.attr = NULL
vertex.attrnames = NULL
directed <- TRUE
hyper <- FALSE
loops <- FALSE
multiple <- FALSE
bipartite <- FALSE
matrix.type <- "edgelist"
 
## Corps de la fonction :
    nattr <- attr(x, "n")
    battr <- attr(x, "bipartite")
    vattr <- attr(x, "vnames")
    if (is.logical(x)) {
        x <- 1 * x
    }
    if (is.null(matrix.type))
        matrix.type <- which.matrix.type(x)
    else matrix.type <- match.arg(matrix.type, c("adjacency",
        "incidence", "edgelist", "bipartite"))
    if (is.logical(bipartite) && bipartite)
        matrix.type <- "bipartite"
    if ((bipartite > 0) && (matrix.type == "adjacency") && (NROW(x) ==
        bipartite))
        matrix.type <- "bipartite"
    unames <- NULL
    if (matrix.type == "edgelist") {
        if (dim(x)[2] > 2)
            vals <- x[, -(1:2)]
        else vals <- NULL
        if (is.character(x <- as.matrix(x[, 1:2, drop = FALSE]))) {
            unames <- sort(unique(as.vector(x)))
            x <- cbind(match(x[, 1], unames), match(x[, 2], unames))
        }
        if (!is.null(vals))
            x <- cbind(x, vals)
    }
    if (matrix.type == "adjacency" && !is.null(colnames(x))) {
        unames <- colnames(x)
    }
    if (matrix.type == "bipartite") {
        directed <- FALSE
        bipartite <- dim(x)[1]
        unames <- 1:sum(dim(x))
        if (!is.null(rownames(x))) {
            unames[1:(dim(x)[1])] <- rownames(x)
        }
        if (!is.null(colnames(x))) {
            unames[(dim(x)[1]) + (1:(dim(x)[2]))] <- colnames(x)
        }
    }
    if (!is.null(vattr))
        unames <- vattr
    n <- switch(matrix.type, adjacency = dim(x)[1], incidence = dim(x)[1],
                bipartite = sum(dim(x)), edgelist = max(x[, 1:2]), )
    if (is.numeric(nattr))
        n <- nattr
    if (is.numeric(battr))
        bipartite <- battr
 
print(n)
 
## Pour vérif :
    g <- network.initialize(n, directed = directed, hyper = hyper,
                            loops = loops, multiple = multiple, bipartite = bipartite)

Peut-être qu'un de tes paramètre n'est pas cohérent avec le reste...

25/08/2011, 13h25
Filippo
Merci pitipoisson,
je débute en R, je vais essayer de trouver des exemples d’import de graphes valués sur le net. Je ne trouve pas les docs qu'on peut télécharger sur le site de R très compréhensibles par les débutants, il n'y a pas toujours la liste exhaustive des paramètres et peu d'exemples.

Je posterai quand je trouverai une solution.

;)

P.S.

Là j'ai trouvé un exemple sur ce site : http://stackoverflow.com/questions/1...work-data-in-r

J'arrive bien à construire le réseau à partir des 2 premières colonnes de la matrice :
Code:

1 2 3 4 MyTable<-read.delim(file="C:/FichiersTexte/Fichier.txt",sep="\t", header=FALSE); net = network(MyTable[,1:2])
Mais la commande qui ajoute l'attribut de pondération :

Code:

set.edge.attribute(net,"weight",MyTable[,3])

Me renvoie le message :

Citation:

Erreur dans set.edge.attribute(net, "weight", MyTable[, 3]) :
Not a graph object

J'ai aussi essayé en utilisant le code suivant pour construire le réseau :

Code:

net<-as.network(as.matrix(MyTable[,1:2]))

Là je dois bien avoir un objet réseau comme résultat. Cette ligne fonctionne bien mais j'ai toujours le même message au moment d'ajouter la propriété "weight".

Grâce au lien suivant : http://www.r-bloggers.com/namespaces...ame-conflicts/ j'ai pensé qu'il y avait certainement un conflit de noms.

J'ai fermé R, je l'ai réouvert, je n'ai pas chargé la bibliothèque igraph, uniquement statnet.

En tâtonnant un peu j'ai finalement trouvé le code suivant qui fonctionne bien.

Donc j'ai au départ une matrice d'incidence à 3 colonnes : 1 colonne pour le sommet de départ, une pour celui d'arrivée, une dernirèe colonne pour la valuation de l'arête.

Je crée un réseau à partir des 2 première colonnes de la matrice et je me sers de la troisième pour définir un attribut "weight".

Dans gplot, je récupère la valeur de cet attribut pour dimensionner l'épaisseur des arêtes en fonction de cet attribut weight.

Voilà le code qui fonctionne bien pour ceux que ça intéresse :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 # Chargement de la bibliothèque statnet library(statnet) # Effacement objets rm(list=ls(all=TRUE)) # Chargement fichier ASCII dans un tableau (MyTable) MyTable<-read.delim(file="C:/FichiersTexte/listeIncidences.txt",sep="\t", header=FALSE); # Chargement dans un objet network des 2 premières colonnes du tableau MyTable en tant que matrice d'adjacence net = network(MyTable[,1:2]) # Ajout d'un attribut "weight" à chaque arête du réseau # Les valeurs des poids sont à lire en 3ème colonne du tableau MyTable set.edge.attribute(net,"weight",MyTable[,3]) # Cartographie du réseau gplot(net, label=network.vertex.names(net), gmode="digraph", diag=TRUE, thresh=0, displayisolates=FALSE, boxed.labels=FALSE, label.col="blue", label.pos=0, label.cex=0.85, vertex.cex=1, edge.lwd=get.edge.value(net,"weight"), main="Cartographie - Algorithme de Fruchterman et Reingold", mode="fruchtermanreingold", interactive=TRUE )
;)