hash de array

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18/08/2011, 12h51
Jasmine80

hash de array
Bonjour,

%liste_acc est un hash de array.
Code:

1 2 3 4 5 foreach my $name ( keys %liste_acc ){ if ($#{$liste_acc{$name}} > 0){ }
pourquoi ce code renvoie-t-il une erreur?

Citation:

Global symbol "@liste_acc" requires explicit package name at GB_AccFile_to_FastaFile_boucle.pl line 77.

Merci,
18/08/2011, 13h13
arm3366

est ce que c'est pas plutôt un problème de visibilité de variable, c'est à dire que tu chercher à utiliser une variable qui n'est pas globale dans une fonction où elle n'est pas definei???8O

Merci, mais non, ce n'est pas ça. Mon tableau est déclaré en début de script avant toute entrée dans un bloc.

Voici le script qui fonctionne

Code:

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#!/usr/bin/perl
 
 
use strict;
use warnings;
 
use Bio::DB::GenBank;
use FileHandle;
 
 
#----------------------------- Programme GB_AccFile_to_FastaFile_boucle.pl:
 
 
 
 
 
my $rep = 'P:/Theorie/Driss/GB_consensus';
 
my $data_file = FileHandle->new ('>'.$rep.'/GB_data2.txt');
my $all_seq_file = FileHandle->new ('>'.$rep.'/all_seq2.txt');
 
my $gb = new Bio::DB::GenBank;
 
 
open my $in_file_fh, '<', $rep.'/sequences2/data.txt' or die;
 
 
my (%liste_acc, %liste_seq );
 
 
 
=h
 
structure des 2 hashes
-----------------------
 
my %liste_acc = ( 
			'39S_ribosomal_protein_L52' => ['NM_178336', 'NM_180982', 'NM_181304', 'NM_181305', 'NM_181306', 'NM_181307'],
			'ADP-ribosylation_factor-like_protein_1' => ['NM_001177'],
			'fibronectin_isoform_3_preproprotein' => ['NM_002026', 'NM_054034', 'NM_212474', 'NM_212475', 'NM_212476', 'NM_212478', 'NM_212482'],
			'EIF2A' => ['NM_032025'],
);
 
 
my %liste_seq = ( 
			'39S_ribosomal_protein_L52' => 'agtggcgactacagcagggactg..caataaa',
			'ADP-ribosylation_factor-like_protein_1' => 'ctttccaaagattagactcagtatgagagtaggtgaggaacatagtttgtgtaa..tactat',
			'fibronectin_isoform_3_preproprotein' => 'gaacgacacattccacaagcgtcatgaag..accac',
);
=cut
 
 
 
while (my $line = <$in_file_fh> ){
 
	my ($name, $target_seq, $acc) = split (/\s*\t\s*/, $line);
 
	$name =~ s/^\s//;
	$name =~ s/\s/_/g;
	$name =~ s/[^-\w]/_/g;
 
	push (@{$liste_acc{$name}}, $acc);
	$liste_seq{$name} = $target_seq;
 
}
 
close $in_file_fh;
 
 
 
 
 
foreach my $name ( keys %liste_acc ){
 
	my $seq_file = FileHandle->new ('>'.$rep.'/'.$name.'.txt');
 
	print $seq_file ">${name}_RefSeq\n$liste_seq{$name}\n";
 
	foreach my $acc ( @{$liste_acc{$name}} ){
 
		eval { $gb->get_Seq_by_acc($acc) };
 
		if ($@) {
			print "ERREUR $acc ($name)\n";
		}
 
		else{
 
			my $info = $gb->get_Seq_by_acc($acc);    
			my $description = $info->desc();  
			my $seq = $info->seq();  
 
			print $data_file "$name\t$acc\t$description\n";
			print $seq_file ">$acc\n$seq\n";
			print $all_seq_file ">${name}_$acc\n$seq\n";
		}
 
	}
 
}

Je voudrais que la ligne 77 ne s’exécute que si @{$liste_acc{$name}} contienne plus d'un élément

19/08/2011, 14h19
Dimitry.e

Ce devrait pourtant fonctionner.
As-tu d'autres erreurs ?

Pourrais-tu donner le code exact que tu as tenté de compiler ?

Ah oui, c'est étrange, aujourd'hui ça fonctionne : voici le code qui me posait l'erreur :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 foreach my $name ( keys %liste_acc ){ my $seq_file = FileHandle->new ('>'.$rep.'/'.$name.'.txt'); if ($#{$liste_acc{$name}} > 0){ print $seq_file ">${name}_RefSeq\n$liste_seq{$name}\n"; } =h foreach my $acc ( @{$liste_acc{$name}} ){ eval { $gb->get_Seq_by_acc($acc) }; if ($@) { print "ERREUR $acc ($name)\n"; } else{ my $info = $gb->get_Seq_by_acc($acc); my $description = $info->desc(); my $seq = $info->seq(); print $data_file "$name\t$acc\t$description\n"; print $seq_file ">$acc\n$seq\n"; print $all_seq_file ">${name}_$acc\n$seq\n"; } } =cut }
... peut-être avais-je une parenthèse ouvrante ou fermante ou un point-virgule trainant dans le bas du script car j'avais utiliser (=h/=cut) provisoirement dans le but de vérifier le bloc if ($#{$liste_acc{$name}} > 0){...} sans que la suite (qui prend du temps) ne s'exécute. Je pensais que l'erreur venait du if vu le message de l'éditeur (Global symbol "@liste_acc" requires explicit package name at GB_AccFile_to_FastaFile_boucle.pl line 77. )

Bref, merci à ceux qui ont essayé de m'aider.