Generation d'ear: non compilation d'un projet sur deux

Bonjour!

Je travaille sur un projet constitué de deux sous projets: un projet EJB et un projet Web.
Je génère avec eclipse l'archive EAR du projet (constitué d'un .war du projet web et d'un .jar du projet ejb).
Depuis hier, un problème se pose (et je ne m'explique pas ce qui a pu arriver) le projet ejb est compilé, dans l'archive .jar toutes les classes sont devenues des .class.
Cependant, dans le .war (du projet web), aucune des classes n'est compilée, les fichiers existent mais sont vide des .class. En revanche toutes les JSP, .JS et images sont bien là.
Compilés séparément le même problème se pose.

je ne sais pas si j'ai malencontreusement modifié quelque chose dans la configuration Eclipse.
Auriez vous une idée, svp, de la cause du problème et de la manière d'y remédier?

Merci de votre aide!

Nouvelle précision sur l'erreur:
Je viens de tenter de resauvegarder sous eclipse une de classes qui n'est pas par la suite compilée. Et il s'avère qu'à la nouvelle sauvegarde cette classe se couvre de rouges sous eclipse (avec des tas de fausses erreurs). Elle ne reconnait pas certaines des classes (justement et seulement celles qui ne sont pas compilées par la suite) qu'elle importe (et tous les objets dans ces classes).

Ca semble être un bug d'eclipse finalement....
J'ai redémarré mon PC et Eclipse mais rien n'y fait...

Savez vous svp comment résoudre ce problème?
En fait... j'avais fait la tache clean d'un build and qui a en principe nettoyé les répertoires compilés de tous les projets. Je doute que ce soit la cause du problème (d'autant en plus qu'aucun pb ne se pose pour le projet ejb également nettoyé) mais pourquoi pas après tout?

(et tous les objets dans la page issus de ces classes)