Selection ligne data.frame

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Bonjour à tous,

J'ai un data.frame ( que j'appel essai ) de ce type :
Code:

1 2 3 4 ratio_1dpe ratio_1dpe.1 ratio_2dpe ratio_2dpe.1 ratio_4dpe ratio_4dpe.1 ratio_7dpe ratio_7dpe.1 A_52_P616356 -2.8524861 0.8921355 0.01995202 -0.372966285 -0.3493990 -0.14714019 -0.63053582 -0.038961386 A_52_P580582 -0.6421028 -0.5970537 0.37516182 3.581678510 -2.7336489 -2.75909738 -3.94470256 -3.197878500 A_52_P403405 0.1499361 0.1173973 0.18468079 -0.131158345 -0.5415471 -0.02313133 -0.01896383 0.093523755
les 2 colonnes ratio_1dpe sont liées, ratio_2dpe egalement et idem pour les autres. Ce sont en quelque sorte des "conditions" . Je souhaiterai en fait selectionner les lignes pour lesquelles la valeur que prend abs(ratio_1dpe) ou abs(ratio_2dpe) etc soit >2 dans au moins une condition. J'ai donc fait comme ceci :

Code:

sel.essai <- essai[apply(essai[,c(grep("ratio",colnames(essai)))],1,function(x){any(abs(x)>2)}),]

Cela fonctionne.

Mais, j'aimerai en fait, que pour une meme ligne, les deux valeurs de abs(ratio_1dpe) ou abs(ratio_2dpe) etc soit >2 ... comment puis je faire ? Est ce possible de la faire simplement ?

Merci d'avance pour l'attention que vous porterez à mes questions.

Isa

22/06/2011, 12h37
A. D.

Bonjour,

Citation:

Envoyé par Isabella83

Je souhaiterai en fait selectionner les lignes pour lesquelles la valeur que prend abs(ratio_1dpe) ou abs(ratio_2dpe) etc soit >2 dans au moins une condition.

(...)

Mais, j'aimerai en fait, que pour une meme ligne, les deux valeurs de abs(ratio_1dpe) ou abs(ratio_2dpe) etc soit >2 ...

Votre problème n'est pas très clair. En effet, si votre objectif est la création de conditions logiques avec R, attention à ne pas vous mélanger les pinceaux dans les termes utilisés ("et" et "ou" ne sont pas la même chose !!!).

En effet, en faisant tourner la ligne de code que vous nous fournissez, on obtient en sortie toutes les lignes pour lesquelles au moins une des valeurs est supérieure à 2 en valeur absolue.
Or si j'ai bien compris, votre objectif est finalement de sélectionner uniquement les lignes pour lesquelles TOUTES les valeurs sont supérieures à 2 (en valeur absolue), c'est bien cela?

Cordialement,

A.D.
22/06/2011, 13h02
Isabella83

Bonjour A.D,

Désolée si je n'ai pas été très claire.

C'est bien cela, la ligne de code que j'ai écrite permet de sélectionner les lignes où au moins une des valeur est >2 en valeur absolue.
Or, j'aimerai sélectionner les lignes pour lesquelles les valeurs absolue de ratio_1dpe>2 et ratio_1dpe > 2 et/ou ratio_2dpe>2 et ratio_2dpe >2 et/ou ratio_4dpe>2 et ratio_4dpe >2 et/ou ratio_7dpe>2 et ratio_7dpe >2

Bonjour,

L'explication n'est effectivement pas très claire, et c'est toujours mieux de poster un exemple qu'on puisse faire tourner directement.
Je crois cependant avoir compris quel est le problème...

Il faut procéder en deux étape, avec all() pour tes conditions "et" et any() pour tes conditions "ou" :

Code:

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df <- as.data.frame(matrix(rnorm(32, 0, 2),
                           ncol=8,
                           dimnames=list(NULL,
                                         paste("ratio_", rep(1:4, each=2),
                                               "dpe", c("", ".1"), sep=""))))

idx <- apply(sapply(unique(sub(".1$", "", colnames(df))),
                    function(gp)               # Pour chaque groupe ("ratio_1dpe", "ratio_2dpe", etc.)
                {
                    apply(df[ , grep(gp, colnames(df))],
                          1,
                          function(x){all(abs(x)>2)}) # Toutes les valeurs abs > 2 pour le groupe ?
                }),
             1,
             any)                              # lignes pour lesquelles la condition est vrai pour au moins un groupe.


df[idx, ]

pitipoisson,

Merci pour votre réponse qui m'aide beaucoup, c'est tout à fait ce que je cherchais à faire.

Cependant, il me reste encore un petit problème. Je cherche également à supprimer les cas pour lesquels pour une meme condition, j'ai une valeur positive et une valeur négative.
J'ai donc rajouté la condition (en gras ci dessous) :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 idx <- apply(sapply(unique(sub(".1$", "", colnames(essai))), function(gp) # Pour chaque groupe ("ratio_1dpe", "ratio_2dpe", etc.) { apply(df[ , grep(gp, colnames(essai))], 1, function(x){all(abs(x)>2) && (all(x>0) || all(x<0))}) # Toutes les valeurs abs > 2. }), 1, any)
Mais cela ne fonctionne pas et je ne comprends pas d'où provient mon erreur.

Merci d'avance,

Isa

22/06/2011, 15h45
pitipoisson
Ça fonctionne pourtant très bien chez moi (exécute uniquement le sapply, c'est plus parlant).

Si c'est un problème particulier, il faut que tu nous le décrives plus précisément pour qu'on puisse t'aider.

Ceci dit, tu peux également utiliser :
Code:

1 2 3 ... function(x){all(abs(x)>2) && prod(x) > 0} ...
(plus condensé mais peut-être un peu moins lisible.)
22/06/2011, 15h58
Isabella83

Au temps pour moi, j'avais fait une erreur dans le code !
Merci pour tout