Problem Ckeditor et serveur virtuel apache

Bonjour à tous,

Je vous expose mon problème peut être allez vous pouvoir m'aider ;
J'utilise actuellement une Ubuntu server avec Apache , Mysql ... pour créer des petits sites intranet.
Jusqu'ici tout va bien, mes sites sont en hôtes virtuelle pour éviter d'afficher les noms de répertoire dans les url ex: http://mon_rep/monsite/ > http://monsite/
J'ai cependant un problème pour configurer Ckeditor avec ces hôtes virtuels, quand je passe par l'url http://mon_rep/monsite/ pas de problème mais quand je passe par http://monsite/ Ckeditor ne me lance pas les scripts .js.
J'ai bien essayé de configurer la variable $CKEditor->basePath = ''; avec tout les chemins possibles mais rien ne se passe !

Si quelqu'un a déjà rencontré le problème pourriez vous m'aiguiller svp.

Merci