comparaison de chaînes de caractères

Bonjour,

Je souhaite conserver dans un data.frame que les lignes commençant par "EHI".
Mon data.frame a la forme suivante :

Code:

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1 2 3 4 5

NbOfReads2 NbOfReads3 NbOfReads4 NbOfReads6 NbOfReads7 NbOfReads8 EHI_012000 161 0 152 168 0 0 EHI_012010 740 0 899 713 0 0 EHI_012020 10653 0 21821 10571 0 0

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Les lignes ont 4 formes possibles :

Code:

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1 2 3 4 5

EHI_072740 EhLINE1_157_1 EhRC4_548_2 EhSINE1_386_3 EhERE2_474_4

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Ce qui me permet de conserver ce que je veux en sélectionnant les lignes qui commencent par "EHI". Les fonctions grep, substring ne font pas exactement ce que je veux. Je cherche une fonction qui serait l'équivalent de la fonction Matlab "strcmp"...

Est-ce que quelqu'un connaît une fonction pour faire ceci ?

Merci

En fait, la fonction grep résout mon problème ! Elle retourne bien la position de la chaîne de caractères cherchée :aie:

Bonjour,

Pourquoi la fonction grep ne ferait-elle pas l'affaire ?

J'ai un peu modifié ton exemple de données pour l'exemple et avec grep, tu peux obtenir les numéros de lignes commençant par "EHI" :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

> df NbOfReads2 NbOfReads3 NbOfReads4 NbOfReads6 NbOfReads7 NbOfReads8 EHI_012000 161 0 152 168 0 0 EhLINE1_157_1 740 0 899 713 0 0 EHI_012020 10653 0 21821 10571 0 0 EhSINE1_386_3 740 0 899 713 0 0 EHI_012021 10653 0 21821 10571 0 0   > grep(pattern="^EHI", row.names(df)) [1] 1 3 5

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Numéros que tu peux utiliser comme indices pour ne retenir que les lignes correspondantes :

Code:

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1 2 3 4 5

> df[grep(pattern="^EHI", row.names(df)), ] NbOfReads2 NbOfReads3 NbOfReads4 NbOfReads6 NbOfReads7 NbOfReads8 EHI_012000 161 0 152 168 0 0 EHI_012020 10653 0 21821 10571 0 0 EHI_012021 10653 0 21821 10571 0 0

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Edit: Oups, j'avais pas vu que tu avais répondu dans l'intervalle !

Merci quand même :ccool: