Problème de vitesse

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Problème de vitesse

Bonjour à tous,

je m'appelle Romain, je suis nouveau dans ce forum dans lequel je fonde beaucoup d'espoir.:mrgreen:

J'ai un problème de vitesse sur un programme que je n'arrive pas à résoudre.

Je vous explique :

Je dois, à partir d'un fichier .htr, reconstituer des matrices. Je pense que le plus simple reste de vous présenter le programme et de vous joindre le fichier avec, malheureusement le fichier .htr fait 6Mo, je n'y suis donc pas arrivé. Le programme fonctionne mais s'exécute en une dizaine de sec...

Je voudrais faire ça en un claquement de doigt...:calim2:

Voici un exemple que j'ai trouvé sur le net :
http://www.cs.wisc.edu/graphics/Cour...f/Example1.htr
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 clear all; close all; clc; filename = 'blg2yzx.htr'; NumSegments = dlmread(filename,'','B7..B7'); NumFrames = dlmread(filename,'','B8..B8'); k=0; Data_Base_position = dlmread(filename,'',strcat('B',int2str(NumSegments + 20),'..H',int2str(NumSegments*2-1 + 20))); m=0; j=0; t=1; data = zeros(6*NumSegments,7); for j=0:1:2 % Normalement le 2 devrait être NumFrames for b = 0:3002:3002*NumSegments-1 data(t,:) = dlmread(filename,'',strcat('B',int2str(NumSegments*2 + 20+4+b+j),'..H',int2str(NumSegments*2 + 20+4+b+j))); t=t+1; end end data = vertcat(Data_Base_position , data) fclose('all');
Si vous avez besoin de plus d'explication (car je n'ai en fait rien dit... mais je pense que c'est parlant) n'hésiter pas à me demander !

Merci à tous par avance :)
Romain

06/05/2011, 15h18
duf42

Bonjour,

Je pense que tu aurais intérêt à jeter un oeil à la fonction TEXTSCAN.

Duf
06/05/2011, 15h26
rhum187

Merci de ta réponse rapide,

Si je comprends bien tu es en train de me dire que c'est la fonction en elle même qui lente ? Et tu pense que textscan est plus rapide ? car je l'ai déjà utilisé et je n'en suis pas sûr.

pour être plus claire je vais détailler un peu :

je cherche à reconstituer l'image (par des simples traits) d'un squelette. Pour cela je dispose d'un fichier .htr, issu d'un logiciel de Motion Capture. Ce fichier est composé d'un préambule et d'un corps. Pour reconstituer mon image, je cherche dans un premier temps à retourner des matrices correspondantes à la position des os ( x y z alpha beta gamma lenght) pour une frame. Pour animer mon image j'ai besoin que cette matrice soit rafraichie avec les nouvelles données pour la frame suivante.

Seulement comme vous avez pu le voir dans l'exemple, seul la position de base est organisé correctement, pour les frames suivantes, je dois reconstituer la matrice ce qui veut dire aller chercher les informations pour chaque os !

J'espère avoir été plus claire...
06/05/2011, 18h26
duf42

En fait il faudrait tester.

Je ne suis pas sur que TEXTSCAN soit plus rapide que DLMREAD mais elle doit permettre d'optimiser le code, peut-être même de supprimer une boucle ce qui devrait améliorer les performances du code.

P.S. Ton code ne fonctionne pas tel quel avec l'exemple que tu as donné, mais je suppose que c'est du au fait que l'exemple est légèrement différent de ton fichier.

Une première idée pour automatiser la lecture :

Code:

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fname = 'Example1.htr';
 
fid = fopen(fname,'rt');
 
str = fgetl(fid);
str = fgetl(fid);
while ~strncmp(str,'[SegmentNames&Hierarchy]',24)
 
    [name,value] = strread(str,'%s%s%*s','commentstyle','shell');
    if all(isstrprop(value{1},'digit'))
        H.(name{1}) = str2double(value{1});
    else
        H.(name{1}) = value{1};
    end
    str = fgetl(fid);
end
 
str = fgetl(fid);
str = fgetl(fid);
 
n = 1;
while ~strncmp(str,'[BasePosition]',14)
 
    [child(n),parent(n)] = strread(str,'%s%s');
    n = n+1;
    str = fgetl(fid);
 
end
 
str = fgetl(fid);
str = fgetl(fid);
 
while ~strncmp(str,'[',1)
    [segmentname, Tx, Ty, Tz, Rx, Ry, Rz, BoneLength] = strread(str,'%s%f%f%f%f%f%f%f');
    Segment.(segmentname{1}) = [Tx, Ty, Tz, Rx, Ry, Rz, BoneLength];
    str = fgetl(fid);
end
 
fclose(fid);
 
X = textread(fname,'%s','delimiter','\n','commentstyle','shell');
 
f = fieldnames(Segment);
idx = find(strcmp(X,sprintf('[%s]',f{1})),1,'first')-1;
 
for n = 1:numel(f)
 
    M{n} = str2num(char(X(((n-1)*(H.NumFrames+1)+2:n*(H.NumFrames+1))+idx)));
 
end

Ce qui donne :

Code:

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>> H
 
H = 
 
               FileType: 'htr'
               DataType: 'HTRS'
            FileVersion: 1
            NumSegments: 18
              NumFrames: 2
          DataFrameRate: 30
     EulerRotationOrder: 'ZYX'
       CalibrationUnits: 'mm'
          RotationUnits: 'Degrees'
    GlobalAxisofGravity: 'Y'
         BoneLengthAxis: 'Y'

Code:

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>> Segment
 
Segment = 
 
    LOWERTORSO: [0 0 0 0 0 0 200]
    UPPERTORSO: [0 200 0 -1.3800 0 0.3500 286.9500]
          NECK: [0 286.9500 0 2.9000 -0.0800 3.2000 101.6600]
          HEAD: [0 101.6600 0 -1.5300 -0.0900 -3.5500 174]
     RSHOULDER: [-10.2100 252.0200 -0.8400 1.8500 -1.3600 98.7600 137.5000]
     RUPPERARM: [0 137.5000 0 3.2200 0.4800 13.4200 279.0700]
       RLOWARM: [0 279.0700 0 -2.4200 -1.4000 -15.4800 222.6400]
         RHAND: [0 222.6400 0 -2.5900 -0.3200 -6.9800 90]
     LSHOULDER: [9.7900 251.9000 -0.8400 -5.3000 1.3600 -98.6300 132.7900]
     LUPPERARM: [0 132.7900 0 13.4600 1.2100 -13.6700 295.1700]
       LLOWARM: [0 295.1700 0 -6.6000 2.6500 18.0400 222.8100]
         LHAND: [0 222.8100 0 -1.4900 0.1000 3.7800 90]
        RTHIGH: [-96.4900 -31.4100 26.8900 -6.1500 0 176.1700 379.1700]
       RLOWLEG: [0 379.1700 0 4.8600 -0.1400 1.3400 394.6000]
         RFOOT: [0 394.6000 0 71.4000 -0.0600 2.4800 160]
        LTHIGH: [107.9000 -45.3600 2.8400 -4.8100 0 -178.6900 362.8500]
       LLOWLEG: [0 362.8500 0 5.0600 -0.0300 0.3000 398.3600]
         LFOOT: [0 398.3600 0 69.8700 -0.0100 -1.6100 160]

Code:

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>> M{1}
 
ans =
 
   1.0e+03 *
 
    0.0010    0.2637    0.8162   -2.8748    0.0180   -0.0077   -0.0103    0.0010
    0.0020    0.2644    0.8124   -2.7403    0.0198   -0.0135   -0.0119    0.0010

Pour le moment, je n'ai pas cherché à optimiser le temps de lecture.

Qu'en est-il avec ton fichier ?

10/05/2011, 14h37
rhum187
merci à tous pour votre contribution,

j'ai réussi à trouver une solution répondant à mon problème qui, je le rappel, était la vitesse.

Pour ceux que ca intéresse, j'ai choisis de loader le fichier en entier dans Matlab avec :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 fid = fopen(filename,'rt'); % format = '%s %s %s %s %s %s %s %s' ; rus = textscan(fid,format); rus1 = [rus{:}] % fclose(fid);
Et donc d'effectuer le traitement des données à postériori...

En passant, mon fichier fait au alentour de 6 Mo, et occupe après chargement dans Matlab un tableau de 8128 lignes * 8 colonnes. Connaissez-vous la limite de l'overload memory ?
13/05/2011, 03h36
Pierre845

hardware limit sous WX 64bits / Unix ..
2 ou 3 Go avec XP 32 bits, vista et 7 je sais plus
13/05/2011, 10h06
rhum187

Je remercie beaucoup tous les participants de cette conversation. Les réponses que vous m'avez fournis m'ont permis de terminé ce que j'avais entrepris.

Un grand merci !