Problème : création de graphe

Bonjour,
première fois que je poste ici et je viens avec une banale "Erreur de segmentation" mais hélas impossible de la debugger.:(
Je vous explique, mon projet consiste à trouver la plus courte sur-séquence à partir de petites séquences. Par exemple : CTA, ACT, AGT, la plus courte sur-séquence : ACTAGT.
Pour cela je souhaite créer un graphe, avec les petites séquences en sommets et les valeurs de recouvrement en valeurs des arcs, pour pouvoir le parcourir par la suite après. (pas encore codée :mrgreen:)

graphe.c

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346

#include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <string.h> #include "graphe.h"   #include <sys/stat.h> #include <unistd.h>   #define CARFIN '#' #define STRSEP "#"   /* =============================================================== */ char ** text2tabseq(char *text, char fin, int *nbseq) /* =============================================================== */ /*   Parcourt "text" qui contient des fragments termines par le caractere fin.   Les fragments sont ranges (sans le caractere fin) dans un tableau   de chaines de caracteres (char **), qui est alloue et retourne   par text2tabseq.   En sortie, *nbseq contient le nombre de fragments trouves. */ { register int i, j, n, ts; char ** tabseq = NULL; char *p;   /* compte le nb de sequences - ie - de caracteres fin */ *nbseq = 0; ts = strlen(text); for (i = 0; i < ts; i++) { if (text[i] == fin) (*nbseq)++; }   /* alloue le tableau de pointeurs tabseq */ tabseq = (char **)malloc(*nbseq * sizeof(char *)); if (tabseq == NULL) { fprintf(stderr,"text2tabseq() : malloc failed for tabseq\n"); exit(0); }   /* transfere les chaines dans tabseq */ j = i = 0; for (n = 0; n < *nbseq; n++, i = j + 1, j = i) { while (text[j] != fin) j++; p = (char *)malloc((j - i + 1) * sizeof(char)); if (!p) { fprintf(stderr, "error : malloc failed\n"); exit(0); } strncpy(p, text+i, j-i); p[j-i] = '\0'; tabseq[n] = p; } return tabseq; } /* text2tabseq() */   /* =============================================================== */ void printtabseq(int nbseq, char **tabseq) /* =============================================================== */ { int i;   for (i = 0; i < nbseq; i++) printf("%s\n", tabseq[i]); } /* printtabseq() */   /* =============================================================== */ void freetabseq(int nbseq, char **tabseq) /* =============================================================== */ { int i;   for (i = 0; i < nbseq; i++) if (tabseq[i] != NULL) free(tabseq[i]); free(tabseq); } /* freetabseq() */   /* =============================================================== */ char * readtextfile(char * filename) /* =============================================================== */ /*   Lit le fichier texte de nom <filename> et retourne son contenu   sous forme de chaine de caracteres (char *). */ { struct stat monstat; int N; char * text = NULL; FILE *fd = NULL;   N = stat(filename, &monstat); if (N == -1) { fprintf(stderr, "error : bad file %s\n", filename); exit(0); } N = monstat.st_size; text = (char *)malloc(N+1); if (text == NULL) { fprintf(stderr,"readtextfile() : malloc failed for text\n"); exit(0); } fd = fopen(filename,"r"); if (!fd) { fprintf(stderr, "readtextfile: can't open file %s\n", filename); exit(0); }   fread(text, sizeof(char), N, fd); text[N] = '\0'; fclose(fd); return text; } /* readtextfile() */   /* =============================================================== */ void CreerGraphe (GRAPHE *g, int nb) /* =============================================================== */ { g->nbS=0; g->nbA=0; g->maxS=nb; g->premierSommet=NULL; g->dernierSommet=NULL; };/* CreerGraphe() */   /* =============================================================== */ int ajouterSommet(GRAPHE *g, int info) /* =============================================================== */ { SOMMET *pointeur; //g->maxS++; pointeur=(SOMMET *) malloc(sizeof(SOMMET)); if (pointeur == NULL) { printf("Erreur! Memoire insuffisante pour creer un sommet\n"); return -1; } else { pointeur->label=g->maxS; pointeur->info=info; pointeur->suivant=NULL; pointeur->adj=NULL; if (g->nbS == 0) { g->premierSommet=pointeur; g->dernierSommet=pointeur; } else { g->dernierSommet->suivant=pointeur; g->dernierSommet=pointeur; } g->nbS++; return pointeur->label; } }/* ajouterSommet() */   /* =============================================================== */ int ajouterArc(GRAPHE *g, int a, int b, int info) /* =============================================================== */ { SOMMET *psommet, *psommet2; LISTEADJ *padj, *precedent; psommet=g->premierSommet;   /* on parcourt les sommets jusqu'a trouver a */ while (psommet != NULL) { if (psommet->label == a) break; psommet=psommet->suivant; } if (psommet == NULL) { printf("Erreur! Creation d'un arc dont l'origine n'existe pas\n"); return -1; } else /* on a trouver a */ { padj=psommet->adj;   /* on parcourt les sommets pour trouver b */ psommet2=g->premierSommet; while (psommet2 != NULL) { if (psommet2->label == b) break; psommet2=psommet2->suivant; } if (psommet2 == NULL) { printf("Erreur! Creation d'un arc dont l'extremite n'existe pas\n"); return -2; } else /* on a trouver a et b */ { if (padj == NULL) /* la liste d'adjacence est vide */ { padj=(LISTEADJ *) malloc(sizeof(LISTEADJ)); if (padj == NULL) { printf("Erreur! Memoire insuffisante pour creer un sommet\n"); return -3; } else { psommet->adj=padj; /* premier element de la liste d'adjacence */ padj->suivant=NULL; } } else /* la liste d'adjacence est non vide, on la parcourt pour voir si b s'y trouve */ { if (padj->dest > b) { padj=(LISTEADJ *) malloc(sizeof(LISTEADJ)); if (padj == NULL) { printf("Erreur! Memoire insuffisante pour creer un sommet\n"); return -3; } else { padj->suivant=psommet->adj; psommet->adj=padj; } } else { while (padj != NULL) { if (padj->dest == b) {padj->info=info; break;} /* l'arc existe, update info */ if (padj->dest > b) {padj=NULL; break;} /* on depasse b sans le trouver */ precedent=padj; padj=padj->suivant; } if (padj == NULL) /* l'arc n'existe pas, il faut le creer */ { padj=(LISTEADJ *) malloc(sizeof(LISTEADJ)); if (padj == NULL) { printf("Erreur! Memoire insuffisante pour creer un sommet\n"); return -3; } else if (precedent->suivant==NULL) /* element ajouter a la fin */ { precedent->suivant=padj; padj->suivant=NULL; } else /* element ajouter "au milieu" pour garder ordre */ { padj->suivant=precedent->suivant; precedent->suivant=padj; } } } } padj->dest=b; padj->info=info; g->nbA++; } return 0; } }/* ajouterArc() */   /* =============================================================== */ void afficherGraphe(GRAPHE *g) /* =============================================================== */ { SOMMET *psommet; LISTEADJ *padj; if (g->premierSommet == NULL) printf("graphe vide\n"); else { printf("nbS=%d , nbA=%d, label max.=%d\n", g->nbS, g->nbA, g->maxS); psommet=g->premierSommet; do { printf("\n"); printf("Sommet de label: %d , info: %d\n", psommet->label, psommet->info); if (psommet->adj == NULL) printf(" -> ce sommet n'a aucun arc sortant\n "); else { padj=psommet->adj; do { printf(" -> arc de %d vers %d avec l'info. %d \n", psommet->label, padj->dest, padj->info); padj=padj->suivant; } while (padj != NULL); } printf("\n"); psommet=psommet->suivant; } while (psommet != NULL); } }/* afficherGraphe() */   /* =============================================================== */ void AlignSeq(GRAPHE *g, char **tabseq, int nbseq) /* =============================================================== */ { int n,m,rec, recouvrement;   for (n = 0; n < nbseq; n++) { /*ajouterSommet(g, n);*/ for (m = 0; m < nbseq; m++) { if(tabseq[n]!=tabseq[m]) { int i=0; int taille1=(strlen(tabseq[n]))-1; int taille2=(strlen(tabseq[m]))-1; int j=taille1; rec=0; recouvrement=0; while (i<taille2 && j<=taille1 && j>0) { if(tabseq[n][j]==tabseq[m][i]) { rec++; i++; j++; if(rec>recouvrement){ recouvrement=rec; } } else { rec=0; j=j-1; } } if(tabseq[n][taille1]!=tabseq[m][i] || tabseq[n][j]!=tabseq[m][taille2]) { /*ajouterArc(g, m, n, recouvrement); */ }   printf("%s - %s : %d\n",tabseq[n], tabseq[m], recouvrement); } } } } /*AlignSeq() */

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graphe.h

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41

#include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <string.h>   extern char ** text2tabseq(char *text, char fin, int *nbseq); extern void printtabseq(int nbseq, char **tabseq); extern void freetabseq(int nbseq, char **tabseq); extern char * readtextfile(char * filename);       struct listeadj { int dest; int info; struct listeadj *suivant; };   struct sommet { int label; int info; struct sommet *suivant; struct listeadj *adj; };   struct graphe { int nbS; int nbA; int maxS; struct sommet *premierSommet; struct sommet *dernierSommet; };   typedef struct graphe GRAPHE; typedef struct sommet SOMMET; typedef struct listeadj LISTEADJ;   extern void CreerGraphe(GRAPHE *, int); extern int ajouterSommet(GRAPHE *, int info); extern int ajouterArc(GRAPHE *, int a, int b, int info); extern void afficherGraphe(GRAPHE *); extern void AlignSeq(GRAPHE *, char**, int);

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main.c

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35

#include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <string.h> #include "graphe.h"   #include <sys/stat.h> #include <unistd.h>   #define CARFIN '#' #define STRSEP "#"   /* =============================================================== */ int main(int argc, char **argv) /* =============================================================== */ { char * text; int nbseq; char **tabseq; GRAPHE * toto;   if (argc != 2) { fprintf(stderr, "usage: %s textfile\n", argv[0]); exit(0); } text = readtextfile(argv[1]); tabseq = text2tabseq(text, CARFIN, &nbseq); free(text); printtabseq(nbseq, tabseq); printf("nombre de seq : %d\n", nbseq); /*CreerGraphe(toto, nbseq);*/ AlignSeq(toto,tabseq, nbseq); /*afficherGraphe(toto);*/ freetabseq(nbseq, tabseq); }

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test.txt

Code:

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cta#act#agt#

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Comme je vous ai dit je débute et je n'arrive pas à trouver mon erreur.
Le programme tourne ainsi : ./a.out test.txt.
Mon soucis est quand je de-commente dans le "main.c" la fonction "CreerGraphe"=> "Erreur de segmentation". Et bien sûr toutes les fonctions associées au graphe buggent aussi (afficherGraphe, ajouterArc, ajouterSommet dans AlignSeq).
Si vous trouvez je vous remercirais grandement. :D

Dans la fonction main(), la fonction CreerGraphe() reçoit un objet toto qui est un pointeur sur un structure de type GRAPHE. Ce pointeur n'est pas initialisé au moment du passage en argument de CreerGraphe(). L'adresse qu'il contient est par conséquent invalide est un déréférencement de ce pointeur entraînera une erreur de segmentation. Le problème, c'est que la fonction CreerGraphe() tente effectivement de déréférencer toto afin d'initialiser les différents champs de la structure sans allouer de mémoire pour cette dernière:

Code:

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void CreerGraphe (GRAPHE *g, int nb) { /* -tc- Erreur de segmentation immediate, tu dereferences un pointeur   contenant une adresse invalide. */ g->nbS=0; g->nbA=0; g->maxS=nb; g->premierSommet=NULL; g->dernierSommet=NULL; };/* CreerGraphe() */

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Il est nécessaire que ta fonction CreerGraphe alloue de la mémoire pour cette structure, comme par exemple:

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16

void CreerGraphe (GRAPHE **g, int nb) { GRAPHE *self = NULL;   self = malloc(sizeof *self); if (self != NULL) { self->nbS=0; self->nbA=0; self->maxS=nb; self->premierSommet=NULL; self->dernierSommet=NULL; }   *g = self; }

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Sinon, pourquoi lis-tu un fichier texte avec fread() plutôt qu'avec une fonction prévue pour cela comme fgets()?

Thierry

Bon j'ai essayé cela marche pas. :(
J'ai mis changer mon graphe.c avec ta partie citée, changé le .h ainsi que GRAPHE ** toto dans le main mais j'ai toujours l'erreur.

Pour la fonction fread, je l'avais mise car l'input était de type text,mais pas forcement logique.:oops: