equivalent en windows ?

Salut,

Code:

% render_blast1.pl data1.txt | display -

ceci permet d'exécuter le script render_blast1.pl en prenant le fichier data1.txt comme input et en affichant directement le résultat du run (noter que l'output du script est un fichier .png)

Je voudrais connaitre ce qu'il faut faire à partir d'une invite de commandes windows pour obtenir le même résultat sachant que j'ai essayé :

Code:

C:\perl>perl render_blast1.pl data1.txt | display -

qui renvoie :

Code:

1
2
'display' n'est pas reconnu en tant que commande interne
ou externe, un programme exécutable ou un fichier de commandes.

et j'ai essayé :

Code:

C:\perl>perl render_blast1.pl data1.txt

qui renvoie :

Code:

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ëPNG
→
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♥   \³♥j╔♣3╗§&T    IEND«B`é

ce que je soupçonne être le code de l'image mais pas dans le bon endroit !!! va savoir...

Pour plus de détails, voici le script render_blast1.pl :

Code:

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#!C:/perl/bin/perl.exe
 
# This is code example 1 in the Graphics-HOWTO
use strict;
use Bio::Graphics;
use Bio::SeqFeature::Generic;
 
my $panel = Bio::Graphics::Panel->new(-length => 1000,-width  => 800);
my $track = $panel->add_track(-glyph => 'generic',-label  => 1);
while (<>) { # read blast file
  chomp;
  next if /^\#/;  # ignore comments
  my($name,$score,$start,$end) = split /\t+/;
  my $feature = Bio::SeqFeature::Generic->new(-display_name=>$name,-score=>$score,-start=>$start,-end=>$end);
  $track->add_feature($feature);
}
 
binmode(STDOUT);
print $panel->png;
 
exit;

Merci beaucoup.

voilà un autre bioinformaticien faisant du bioperl :lol: :lol:

display est un programme disponible sous Linux et qui affiche les images qu'on lui transmet comme paramètres, ou l'image qu'on lui injecte comme entrée standard si le paramètre est simplement "-". Ce programme fait partie de l'excellente suite d'outils graphiques "Image Magick".

Je ne sais pas s'ils sont portés sous windows :?

Pour ce qui est de l'exploitation de la sortie, sous Windows, il reste la possibilité de l'enregistrer pour l'ouvrir manuellement à la suite : il faut remplacer le "| display -" par un "> nom_fichier.png".

Ensuite, avec l'explorateur de fichiers, il sera possible d'ouvrir ce PNG avec l'application "habituelle" d'affichage d'image.

Salut,

Merci beaucoup pour votre aide, ça marche à merveille :wink: