Mettre à jour la version de R sous linux

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14/04/2011, 10h58
A. D.

Mettre à jour la version de R sous linux

Bonjour à tous,

Actuellement je dispose d'une installation de la version 2.11.1 de R sous linux (Fedora 12), ainsi que de nombreux packages que j'ai installés.
Je souhaiterais mettre à jour ma version de R (passer à la version 2.13.0), mais sans avoir à réinstaller tous les packages déjà présents. Est-ce possible?

De plus, pourriez-vous m'indiquer de manière détaillée comment procéder car je suis assez débutante sur linux et n'ais pas envie de faire de bêtises :aie:

J'ai vu dans un livre la commande suivante :

Code:

sudo yum update R.i386

Malheureusement cela ne fonctionne pas chez moi...

Merci d'avance :)

Cordialement,

A.D.
14/04/2011, 20h59
dickoa

Salut
Je suis pas un expert de fedora (je suis sous ubuntu) mais tu peux t'inspirer de cet exemple :
http://freshmeat.net/articles/creati...phs-with-gnu-r

ou de cette discusion sur R-help :

http://r.789695.n4.nabble.com/Proble...-td895553.html

Perso je pense que pour commencer sous linux ubuntu est plutôt simple à prendre en main...
Tiens moi au courant si tu n'y arrives toujours pas.
15/04/2011, 10h35
A. D.

Bonjour et merci dickoa :)

J'ai consulté les liens que tu m'as fournis, j'ai essayé la commande :

Code:

sudo yum update R

mais elle m'a renvoyé le message d'erreur suivant :

Citation:

Setting up Update Process
No packages marked for Update

Quant au second lien que tu m'as fourni, je dois avouer ne pas avoir tout bien compris, mais les commandes linux (telles que "yum",etc...) me sont encore assez obsucres :oops: :oops:

Sinon, je ne suis pas sous Fedora 12 réellement par choix, je travaille sur un ordinateur professionnel.

En tout cas merci pour ton aide, je vais continuer mes recherches et reviendrai poster la solution quand je l'aurais trouvée :D

Cordialement,

A.D.
15/04/2011, 14h41
pitipoisson

Bonjour,

Les sources de la version 2.13.0 ont été publiées il y a tout juste deux jours (le 13/04/2011). Ce serait franchement étonnant que des distributions relativement grand publique la propose déjà en paquets... au moins dans les dépôts courants.
15/04/2011, 14h48
A. D.

Bonjour,

Citation:

Envoyé par pitipoisson

Les sources de la version 2.13.0 ont été publiées il y a tout juste deux jours (le 13/04/2011). Ce serait franchement étonnant que des distributions relativement grand publique la propose déjà en paquets... au moins dans les dépôts courants.

Désolée, je ne suis pas encore très familière avec tout ce vocabulaire :oops:
Donc si j'ai bien compris, comme la version 2.13.0 est toute récente, on ne peut pas la mettre à jour de manière "automatique" (via la commande "yum update R"), c'est bien cela?

Cependant, je dispose actuellement de la version 2.11.1, pourquoi la mise à jour ne se fait-elle pas sur la version antérieure (2.12)?

En conclusion, si je ne veux pas "m'embêter" à installer la dernière version (2.13.0) à la main, je dois attendre qu'elle soit proposée "en paquets", et je pourrais alors faire la mise à jour via la commance "yum update R"?
Y a-t-il d'autres éléments à paramétrer en rapport avec cette commande?

Merci pour votre réponse :)

Cordialement,

A.D.
15/04/2011, 19h47
dickoa

Bon je vais repondre en me basant sur mon experience sous ubuntu, ce que pitipoisson dit est vrai mais il a bien préciser les dépots officiels.
Par exemple dans mes dépots officiel je n'ai pas la version 2.13...donc j'ai rajouté une entrée ma sources de logiciel chez moi c'est un truc du genre

Code:

deb http://cran.univ-lyon1.fr/bin/linux/ubuntu maverick/

qui va dans le dossier /etc/apt/source.list/
mais dans le premier liens que je t'ai envoyé, l'auteur écrit :

Citation:

Add a file named CRAN.repo to the directory /etc/yum/repos.d/

(c'est exactement ce que je fais sous ubuntu pour avoir les derniers packets)
Et juste en bas de la phrase de l'auteur il donne un exemple avec le mirroir de Berkeley (moi j'utilise celui de Lyon).

Le conseil que je te donne c'est d'essayer de t'en inspirer et de voir dans les forums, pour ubuntu il ya le r.sig.debian, peut être que pour fedora ,centos et redhat tu as une liste specialisé.
18/04/2011, 10h15
A. D.

Bonjour,

Merci à tous les deux d'avoir essayé de m'aider.

Après recherches, je me suis rendue compte que sur le site du CRAN, dans la catégorie : linux/redhat/fedora11/i386/ , il ne semble pas y avoir de fichier correspondant à la version 2.12 de R, d'où peut-être le fait que la commande "yum update R" ne fonctionne pas...

En fait, je voulais mettre R à jour principalement parce que je voulais installer le package "Rcpp" et lorsque je tentais de le faire à l'aide de la commande "install.packages", il me renvoyait un message d'erreur me disant que la version 2.12 de R était requise au minimum.
J'ai finalement installé ce package "à la main" et dans une version antérieure fonctionnant sous R 2.11, en espérant que je retrouve malgré tout les fonctionnalités dont j'ai besoin.

Pour info, pour faire cette installation j'ai téléchargé le fichier source et tapé la commande suivante :

Code:

R CMD INSTALL Downloads/Rccp_0.9.3.tar.gz

Merci encore :)

Cordialement,

A.D.