Coverage, Blast, et BioPerl

Bonjour les développeurs !


Alors voilà, je suis actuellement stagiaire dans un laboratoire suite à mes deux années en IUT Génie Bio (opt Bioinfo). Je dois faire un programme capable d'utiliser un certain nombre d'informations depuis un tblastn en local. Je travaille donc beaucoup avec les modules BioPerl (Bio::SeqIO, Bio::Seq, Bio::SearchIO), mais n'ayant jamais étudié ces modules ou même le Perl d'un point de vue POO, il y a quelques points où j'ai du mal, notamment celui qui suit, sur lequel je m'arrache les cheveux depuis quelques jours :

Je veux récupérer le taux de couverture (coverage) entre ma séquence prot et ma séquence nucléique trouvée. J'ai bien trouvé quelques fonctions (frac_aligned_hit(), frac_aligned_query() ) mais il ne semble pas que ce soit ça, où alors je les utilise mal, car je n'obtiens jamais de résultats interessants (<10% en général). De plus, si c'est bien l'une de ces deux fonction, je n'ai absolument aucune idée de la bonne...


Pensez vous pouvoir m'aider? Je vous remercie d'ors et déjà pour l'attention que vous porterez à ma question.

Bon, alternative trouvée :

Code:

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1 2 3 4 5

$cov = ($hsp->end('sbjct')-$hsp->start('sbjct')+1)/3;   if ($cov < ($cover * $hit->logical_length('query'))/100) {return 0;} else {return 1;}

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Woilà.