analyse factorielle et Fitting appliquée à des images d'IRM de Diffusion

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08/04/2011, 11h38
sam3102

analyse factorielle et Fitting appliquée à des images d'IRM de Diffusion

Bonjour je vais appliquer les méthodes d'Analyse factorielle et Fitting à des images d'IRM de Diffusion pour faire extraire un maximumes de compartiments en fait j'ai commencée mon algorithme mais j'ai un probleme sur le téléchargement des images qui sont en format Dicom sur mon PC :

Citation:

??? Cell contents reference from a non-cell array object.

Error in ==> dicomReader at 7
temp = dicominfo(fullfile(imagesPath,imagesList{1}));

Error in ==> Compex>openFilesButton_Callback at 53
[diffIm, infoIm, width, height] = dicomReader(imagesList,imagesPath);

Error in ==> gui_mainfcn at 96
feval(varargin{:});

Error in ==> Compex at 30
gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});

Error in ==> @(hObject,eventdata)Compex('openFilesButton_Callback',hObject,eventdata,guidata(hObject))

??? Error while evaluating uicontrol Callback

c'est les erreurs affichés
Merci
08/04/2011, 12h46
tobalito

As-tu essayé d'ouvrir ton image au format Dicom avec un logiciel exterieur à Matlab, XMedCon par exemple ? Si cela fonctionne, sauvegarde ton image en Nifti et utilise la librairie de fonction Nifti de File Exchange (http://www.mathworks.com/matlabcentr...eexchange/8797)
08/04/2011, 12h55
Invité

Bonjour,

Pour interpréter ce message d'erreur, tu dois te préocuper principalement des premières lignes:

Citation:

??? Cell contents reference from a non-cell array object.

Est la nature de l'erreur

Citation:

Error in ==> dicomReader at 7
temp = dicominfo(fullfile(imagesPath,imagesList{1}));

dicomReader est le fichier dans lequel a eu lieu l'erreur, et plus exactement à la ligne 7 qui est elle même affichée.

Ainsi, cette erreur signifie que ta variable imagesList n'est pas de type cell, et donc que imagesList{1} n'a pas de sens.
08/04/2011, 15h17
sam3102

Citation:

Envoyé par Winjerome

Bonjour,

Pour interpréter ce message d'erreur, tu dois te préocuper principalement des premières lignes:

Est la nature de l'erreur

dicomReader est le fichier dans lequel a eu lieu l'erreur, et plus exactement à la ligne 7 qui est elle même affichée.

Ainsi, cette erreur signifie que ta variable imagesList n'est pas de type cell, et donc que imagesList{1} n'a pas de sens.

Bonjour
C'est quoi le type cell?
08/04/2011, 17h46
Invité

Citation:

Envoyé par sam3102

C'est quoi le type cell?

>> FAQ

Bonjour
J'ai toujours un probleme avec le téléchargement des images comme ça je ne peux avoncer alors je vous donne le code que j'ai etuliser pour mon algorithme et merci de m'indiquer ou se trouve lerreur :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 function [diffIm, infoIm, width, height] = dicomReader(imagesList,imagesPath) % Variables declaration temp = dicominfo(fullfile(imagesPath,imagesList{1}));(ligne 7) height = temp.Height; width = temp.Width; diffImBuff = zeros(height,width,length(imagesList)); diffIm = zeros(height,width,length(imagesList)); % Reading images h = waitbar(0,'Reading images...'); for i=1:length(imagesList) dcmfile = fullfile(imagesPath,imagesList{i}); diffImBuff(:,:,i) = dicomread(dcmfile); infoImBuff(i) = dicominfo(dcmfile); %#ok<AGROW> waitbar(i/length(imagesList)) end
Mes images sont en format Dicom dans mon pc alors vous m'aviez dit que l'erreur se trouve a la ligne 7 (image list)
Merci

11/04/2011, 12h54
Invité

Je t'ai surtout dit que l'erreur venait de ta variable imageList, le code de la fonction que tu m'a donné est bon, mais il prend en paramètre une variable nommée imagesList de type cell et c'est la raison pour laquelle tu dois modifier la façon dont tu la déclares avant l'appel à cette fonction, et c'est là qu'intervient la ligne suivante d'erreur de ton premier post:

Citation:

Error in ==> Compex>openFilesButton_Callback at 53
[diffIm, infoIm, width, height] = dicomReader(imagesList,imagesPath);

Tu devras donc avoir imagesList de type cell contenant un nom de fichier dicom à chaque cellule avant d'appliquer cette ligne 53.
Je te conseille de regarder la fonction

Code:

doc cellstr
11/04/2011, 13h17
Jerome Briot
Le code est fait pour traiter une liste de fichiers (contenus dans un tableau de cellules). Si tu veux le faire fonctionner pour un seul fichier, il suffit d'ajouter une ligne au début du fichier :
Code:

1 2 3 4 5 6 function [diffIm, infoIm, width, height] = dicomReader(imagesList,imagesPath) imagesList = cellstr(imagesList); % Variables declaration ...
12/04/2011, 09h53
sam3102

1 pièce(s) jointe(s)

Bonjour
EST ce que je peux télécherger plusieurs images sur le Compex que je vous ai envoyé par le message précedent
Merci

sequentialize

Bonjour
Qu'est-ce qu'elle fait sequentialise dans les images parce que pour faire mon extraction compartimentale je dois faire sequentialize mais mon programme affiche des erreurs parce que le nombre de b (gradient du champ) ne sont pas identiques avec le nombre des images mais je connais pas comment télécharger plusieurs images et voici les erreurs affichées pour sequentialize:
??? Index exceeds matrix dimensions.

Error in ==> dicomSequential at 16
bufferIm(:,:,numIm) = diffIm(:,:,posIm);

Error in ==> Compex>sequentializeButton_Callback at 141
[imageViewer,infoViewer] = dicomSequential(imageViewer,infoViewer,b,length(imagesList),height,width);

Error in ==> gui_mainfcn at 96
feval(varargin{:});

Error in ==> Compex at 30
gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});

Error in ==> @(hObject,eventdata)Compex('sequentializeButton_Callback',hObject,eventdata,guidata(hObject))

??? Error while evaluating uicontrol Callback
Merci

18/04/2011, 15h46
Invité

http://matlab.developpez.com/faq/?pa...rix_dimensions

Maintenant, si tu ne nous fournis pas de code, on ne pourra pas t'en dire plus sur cette erreur...
03/05/2011, 10h43
sam3102

1 pièce(s) jointe(s)

sequentialise pour des images d'irm
Bonjour
En fait j'ai ouvert mon programe matlab (en pièce jointe) dans open file j'ai selectionné l'ensemble des fichiers Dicom de ma série d'images, ensuite j'ai rentré les valeurs de b (champ magnétique) dans la barre de texte en dessous de "open file" ensuite j'ai fait sequentialise et voici les erreurs affichées:
```
??? Index exceeds matrix dimensions.

Error in ==> Compex>sliderDown_Callback at 865
imagesc(imageViewer(:,:,posIm));

Error in ==> gui_mainfcn at 96
        feval(varargin{:});

error in ==> Compex at 30
    gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});

Error in ==> @(hObject,eventdata)Compex('sliderDown_Callback',hObject,eventdata,guidata(hObject))
```
Merci
03/05/2011, 11h49
Invité

Bonjour,

As-tu pris le temps de lire le contenu du lien de mon post précédent?
Car c'est la même erreur...
Vérifie ce que retourne
size(imageViewer) et posIm juste avant la ligne

Code:

imageViewer(:,:,posIm)

en mettant un breakpoint, et tu comprendras.

Analyse factorielle pour 4 compartiments

Bonjour
J'ai un fichier (compex)
sur ce fichier mon analyse factorielle génère 3 compartiments nommés comp1,2,3 et moi je veux generer plus que 3 compartiment par exemple 4,5 donc je dois creer un comp4 par exemple et je dois verifier que le code est adapté a mon travail qui fait tourner 4,5.. boucles et non pas 3.
Voici mon code de 3 compartiment

Code:

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
%%% FACTORIAL ANALYSIS %%%
% NUMBER OF FACTORS TEXT BOX %
function factorNb_Callback(hObject, eventdata, handles) %#ok<DEFNU>
guidata(hObject,handles);
function factorNb_CreateFcn(hObject, eventdata, handles) %#ok<DEFNU>
if ispc && isequal(get(hObject,'BackgroundColor'), get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'))
 set(hObject,'BackgroundColor','white');
end
% COMPUTE %
function factorialAnalysisComputeButton_Callback(hObject, eventdata, handles) %#ok<DEFNU>
% Declare variables
imagesList        = handles.imagesList;
b                 = str2num(get(handles.bValues,'String'));  % ok<ST2NM>
nbFact            = str2double(get(handles.factorNb,'String'));
nbSlice           = length(imagesList) / length(b);
baseIm            = handles.baseIm;
height            = handles.height;
width             = handles.width;
try
    ADC           = handles.ADC;
catch
end

Merci

Bonjour
je vous remercie monsieur pour votre réponse
sur mon interface utilisateur mon code il marche que sur 3 compartiments et si par exemple je tape 4 sur le nombre de compartiments sur cette interface voici les erreurs affichées et moi je veux plus de 3

1-The number of factors requested, M, is too large for the number of the observed variables.

et voici mon code associé:
Code:

1 2 3 4 5 6 d = size(X,2); df = .5*((d-m)^2 - (d+m)); if (m > d) || (df < 0) ('stats:factoran:NotEnoughData',... 'The number of factors requested, M, is too large for the number of the observed variables.'); end
2-[temp1,temp2,temp3,temp4,F_diff] = factoran(reshape(factDiffIm,[],length(b)),nbFact,...
voici le code associé:
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 [temp1,temp2,temp3,temp4,F_diff] = factoran(reshape(factDiffIm,[],length(b)),nbFact,... 'xtype','data',... 'scores','wls'); F_diff = reshape(F_diff,height,width*nbSlice,[]); waitbar(0.7) compIm = zeros(height,width,nbSlice,length(b)); for slice=1:nbSlice for bIm = 1:nbFact compIm(:,:,slice,bIm) = F_diff(:,(height*slice-(height-1)):(height*slice),bIm); end

23/06/2011, 16h45
Invité

Bonjour,

Je n'ai pas du tout compris ton problème, ni ce que tu cherches à faire :aie:
Est-ce que tu cherches à obtenir un nombre variable d'arguments de sortie?
Si toutefois c'est le cas, regarde doc varargout
27/06/2011, 11h59
sam3102

1 pièce(s) jointe(s)

creation des images

Bonjour
je vais créer des images théoriques en matlab(un mélange de carré et cercle et triangle) (exemple d'image joint) pour appliquer mon code de l'analyse factorielle et decomposer l'image et démontrer qu’il marche bien et par la suite je vais l'appliquer pour des images réelles de l’IRM de Diffusion alors on sait bien que la décroissance du signal des images d’IRM est sous forme exponentiel (décroissant) alors pour vérifier mon code il faut que les images que je vais créer ont la même forme exponentiel alors comment je peux créer ces images en matlab en forme exponentiel ?
Merci d'avance
Cdt