Clustalw.pm line 85

Version imprimable

Appel du sous-programme

Code:

&ClustalW2 ($out_file, \($seq->seq, $sequences_ref{$gene}) );

Code:

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sub ClustalW2 {
 
	my $fich_fsa = $_[0];
	my $seq_array_ref = $_[1];
 
 
	(my $fich_msf) = $fich_fsa =~ s/\.fsa/\.msf/;
 
 
	# my $fich_msf_fh = FileHandle->new (">".$fich_msf);
	# close $fich_msf_fh;
 
	my @params = (	
 
		'gapopen' => 15,
		'PAIRGAP' => 0,
		'ktuple' => 4, 
		'type' => 'dna', 
		'outfile' => $fich_msf, 
		'format' => 'Fasta',
		'outorder' => 'aligned',
	);
 
	# and pass the factory a reference to that array
	my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
	$factory->executable("C:/ClustalW2/clustalw2.exe");
	# $factory->executable("C:/ClustalW/clustalw.exe");
 
	my $aln = $factory->align($seq_array_ref);
 
	# création du fichier fasta
	my $in_msf  = Bio::AlignIO->new(-file => $fich_msf , -format => 'msf');
	my $out_fsa = Bio::AlignIO->new(-file => ">".$fich_fsa , -format => 'fasta');
 
	while ( my $aln = $in_msf->next_aln() ) {
	    $out_fsa->write_aln($aln);
	}
}

ERREUR

Citation:

Can't call method "isa" on unblessed reference at C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm line 854, <GEN0> line 1.

Merci pour votre aide

08/04/2011, 10h00
Dimitry.e

Où est la ligne 854 ?
08/04/2011, 10h04
Jasmine80

Citation:

Envoyé par Dimitry.e

Où est la ligne 854 ?

Il n'y en a pas ... ça doit-être dans le module
08/04/2011, 10h16
Philou67430

Il y a de fortes chance que lors de la création de ton objet $factory, les paramètres fournis n'ont pas permis la création et qu'une méthode interne a échouée.
Pour connaitre la fonction de ton programme qui a engendré l'erreur tu peux lancer ton script ainsi :

Code:

perl -MCarp=verbose script.pl ...

(ou bien ajoute

Code:

$Carp::verbose = 1;

au début de ton script).

Si cela ne donne pas plus d'indication, tente alors d'ajouter ceci :

Code:

$SIG{__DIE__} = sub { require Carp; Carp::confess };
08/04/2011, 10h22
Jasmine80

Merci Philou

J'obtiens :

Citation:

Name "Carp::verbose" used only once: possible typo at Bio_SeqIO_ref_compare.pl line 6.
Can't call method "isa" on unblessed reference at C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm line 854, <GEN0> line 1.

Citation:

at Bio_SeqIO_ref_compare.pl line 6
main::__ANON__('Can\'t call method "isa" on unblessed reference at C:/Perl/si...') called at C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm line 854
Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw::_setinput('Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw=HASH(0x22745fc)', 'SCALAR(0x213ba68)') called at C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm line 508
Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw::align('Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw=HASH(0x22745fc)', 'SCALAR(0x213ba68)') called at Bio_SeqIO_ref_compare.pl line 110
main::ClustalW2('FileHandle=GLOB(0x1f74a84)', 'SCALAR(0x213ba68)', 'SCALAR(0x236c04)') called at Bio_SeqIO_ref_compare.pl line 73

Si j'utilise les paramètres de la doc :

Code:

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	my @params = ('ktuple' => 2, 'matrix' => 'BLOSUM');
	my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
 
	$factory->executable("C:/ClustalW2/clustalw2.exe");

J'obtiens la même erreur

08/04/2011, 11h57
Philou67430

Il semble que ce soit la ligne 73 de ton script Bio_SeqIO_ref_compare.pl qui soit à l'origine de l'exception dans le module qui reporte l'erreur.
Difficile d'en dire plus, il faudrait sans doute pouvoir prendre la main sous le debugger.

Citation:

Envoyé par Philou67430

Il semble que ce soit la ligne 73 de ton script Bio_SeqIO_ref_compare.pl qui soit à l'origine de l'exception dans le module qui reporte l'erreur.
Difficile d'en dire plus, il faudrait sans doute pouvoir prendre la main sous le debugger.
Code:

1 2 3 4 5 6 else { my $out_file = FileHandle->new ('>P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$seq->primary_id.'_ref.txt'); &ClustalW2 ($out_file, \($seq->seq, $sequences_ref{$gene}) ); } print $sequences_ref{$gene}."\n";
La ligne 73, c'est un espace mais la 71 &ClustalW2 ($out_file, \($seq->seq, $sequences_ref{$gene}) );

Merci beaucoup pour ton aide, je vais continuer de chercher, je finirai bien par trouver.

08/04/2011, 12h05
Philou67430

Le deuxième paramètre de l'appel à ClustalW2 me semble assez étrange. Il s'agit de la référence d'une liste (donc, apriori, la liste des références de chaque élément de la liste).

N'aurais-tu pas voulu écrire :

Code:

&ClustalW2 ($out_file, [ $seq->seq, $sequences_ref{$gene}] );

(je précise que je n'ai pas vérifier le prototype de ClustalW2).

Voici, un script qui fonctionne
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 my @params = ( 'gapopen' => 15, 'ktuple' => 4, 'type' => 'dna', 'outfile' => $fich_msf, 'format' => 'Fasta', 'outorder' => 'aligned', ); # Bio::Perl : reads an array of sequences my @seq_array = read_all_sequences($file,'fasta'); # and pass the factory a reference to that array my $seq_array_ref = \@seq_array; my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params); $factory->executable("C:/ClustalW2/clustalw2.exe"); # $factory->executable("C:/ClustalW/clustalw.exe"); my $aln = $factory->align($seq_array_ref); # création du fichier fasta my $in_msf = Bio::AlignIO->new(-file => $fich_msf , -format => 'msf'); my $out_fsa = Bio::AlignIO->new(-file => ">".$fich_fsa , -format => 'fasta'); while ( my $aln = $in_msf->next_aln() ) { $out_fsa->write_aln($aln); }
@seq_array contient une liste de séquences. J'aimerais qu'elle contienne mes deux séquences qui ne proviennent pas d'un fichier.

Avec

Code:

&ClustalW2 ($out_file, [ $seq->seq, $sequences_ref{$gene}] );

J'obtiens :

Citation:

MSG: Bad input data (sequences need an id ) or less than 2 sequences in ARRAY(0x228795c)

Probablement parcequ'il faut passer deux objets de séquences et non deux séquences. Je vais regarder de ce côté là.

08/04/2011, 12h14
Jasmine80

oui, c'est bien ça : de la doc

Citation:

# where @seq_array is an array of Bio::Seq objects
$aln = $factory->align($seq_array_ref);

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#!/usr/bin/perl
 
 
use strict;
use warnings;
 
use Bio::SeqIO;
use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;
use FileHandle;
 
 
 
my $file = 'P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/all_contigs.txt';
my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => $file , '-format' => 'fasta');
 
# GAG = E104	CTG = R164	GGT = G238
my $TEM_ref = 'AACTCGGTCGCCGCATACACTATTCTCAGAATGACTTGGTTGAGTACTCACCAGTCACAGAAAAGCATCTTACGGATGGCATGACAGTAAGAGAATTATGCAGTGCTGCCATAACCATGAGTGATAACACTGCGGCCAACTTACTTCTGACAACGATCGGAGGACCGAAGGAGCTAACCGCTTTTTTGCACAACATGGGGGATCATGTAACTCGCCTTGATCGTTGGGAACCGGAGCTGAATGAAGCCATACCAAACGACGAGCGTGACACCACGATGCCTGCAGCAATGGCAACAACGTTGCGCAAACTATTAACTGGCGAACTACTTACTCTAGCTTCCCGGCAACAATTAATAGACTGGATGGAGGCGGATAAAGTTGCAGGACCACTTCTGCGCTCGGCCCTTCCGGCTGGCTGGTTTATTGCTGATAAATCTGGAGCCGGTGAGCGTGGGTCTCGCGGTATCATTGCAGCACTGGGGCCAGATGGTAAGCCCTCC';
 
# AGC = S130	GAC = D179	GGC = G238	GAG ou GAA = E240
my $SHV_ref = 'TCTGTGCCGCCGTCATTACCATGAGCGATAACAGCGCCGCCAATCTGCTGCTGGCCACCGTCGGCGGCCCCGCAGGATTGACTGCCTTTTTGCGCCAGATCGACGACAACGTCACCCGCCTTGACCGCTGGGAAACGGAACTGAATGAGGCGCTTCCCGGCGACGCCCGCGACACCACTACCCCGGCCAGCATGGCCGCGACCCTGCGCAAGCTGCTGACCAGCCAGCGTCTGAGCGCCCGTTCGCAACGGCAGCTGCTGCAGTGGATGGTGGACGATCGGGTCGCCGGACCGTTGATCCGCTCCGTGCTGCCGGCGGGCTGGTTTATCGCCGATAAGACCGGAGCTGGCGAGCGGGGTGCGCGCGGGATTGTCGCCCTGCTTGGCCCGAATAACAAAG';
 
 
=h
CTX-1	CTX-2	Pyro
Subgroup CTX-M
AAAAAATCTGACCTGG	GGTGACTATGGCA	1A
AAAAAATCTGACCTGG	GGTGGCTATGGCA	1B
AAAAAATCTGACCTTG	GGTGGCTATGGCA	1C
AAAAAATCTGACCTTG	GGTGACTATGGCA	1D
AAAAAATCTGACTTGG	GGTGACTATGGCA	1E
AAAAAATCTGACCTGG	GGTGACTATGGTA	1F
AAAAAATCTGACCTGG	GGTGGCTATGGTA	1G
AAAAAATCTGACCTGG	TGTGACTATGGTA	1H
AAGAAGAGCGACCTGG	GGAGATTATGGCA	2A
AGAGCAAGCGACCTGG	GGAGATTATGGCA	2B
AAGGCGAGCGACCTGG	GGAGATTATGGCA	2C
AAGCCTGCCGATCTGG	GGCGGCTACGGCA	9A
AAGCCTGCCGATCTGG	GGCGACTACGGCA	9B
AAATCCTCGGACCTGA	GGTGATTATGGTA	8A
AAATCTTCAGACCTGA	GGTGATTATGGTA	8B
AAGCCCTCAGACTTGA	GGCGGTTATGGTA	25A
AAGCCCTCAGACTTGA	GGCGATTATGGTA	25B
AAGCCCTCAGACTTGG	GGCGGTTATGGTA	25C
=cut
 
my $CTX1_ref = 'ATGTGCAGCACCAGTAAAGTGATGGCCGTGGCCGCGGTGCTGAAGAAAAGTGAAAGCGAACCGAATCTGTTAAATCAGCGAGTTGAGATCAAAAAATCTGACTTGGTTAACTATAATCCGATTGCGGAAAAGCACGTCGATGGGACGATGTCACTGGCTGAGCTTAGCGCGGCCGCGCTACAGTACAGCGATAACGTGGCGATGAATAAGCTGATTTCTCA';
my $CTX2_ref = 'TGGTGACATGGATGAAAGGCAATACCACCGGTGCAGCGAGCATTCAGGCTGGACTGCCTGCTTCCTGGGTTGTGGGGGATAAAACCGGCAGCGGTGACTATGGCACCACCAACGATATCGCGGTGATCTGGCCAAAAGATCGTGCGCCGCTGATTCTGGTCACTTACTTCACCCA';
 
my %sequences_ref = (
 
	TEM => $TEM_ref,
	SHV => $SHV_ref,
	'CTX-1' => $CTX1_ref,
	'CTX-2' => $CTX2_ref,
 
);
 
while ( my $seq = $in->next_seq() ) {
 
	my ($gene, $bact) = $seq->primary_id =~ m/([A-Z\d-]+)_(\w+)/i;
 
 
	# on aligne le contig à notre séquence de référence
 
	if (! exists $sequences_ref{$gene}){
		print "PROBLEME DE REFERENCE POUR $gene\t$bact\n";
	}
 
	else {
 
		my $seqobj_ref = Bio::Seq->new( -display_id => $gene.'_ref',
						-seq => $sequences_ref{$gene});
 
		&ClustalW2 ([ $seq, $seqobj_ref], $seq->primary_id );
	}	
 
	print $sequences_ref{$gene}."\n";
 
}
 
 
 
sub ClustalW2 {
 
	my $seq_array_ref = $_[0];
	my $id = $_[1];
 
	my $fich_fsa = '>P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.fsa';
	my $fich_msf = '>P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.msf';
 
 
	my @params = (	
 
		'gapopen' => 15,
		'PAIRGAP' => 0,
		'ktuple' => 4, 
		'type' => 'dna', 
		'outfile' => $fich_msf, 
		'format' => 'Fasta',
		'outorder' => 'aligned',
	);
 
	# and pass the factory a reference to that array
	my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
	$factory->executable("C:/ClustalW2/clustalw2.exe");
 
 
	my $aln = $factory->align($seq_array_ref);
 
	# création du fichier fasta
	my $in_msf  = Bio::AlignIO->new(-file => $fich_msf , -format => 'msf');
	my $out_fsa = Bio::AlignIO->new(-file => ">".$fich_fsa , -format => 'fasta');
 
	while ( $aln = $in_msf->next_aln() ) {
	    $out_fsa->write_aln($aln);
	}
}

Voila, j'ai une autre erreur.

Citation:

------------- EXCEPTION -------------
MSG: ClustalW call (C:/ClustalW2/clustalw2.exe align -infile=D:\DOCUME~1\Minguet\LOCALS~1\Temp\KrCks9W6pi\1LjSFiqE7h -output=gcg -outfile=>P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/SHV_souche_A.msf -outorder=aligned -ktuple=4 -type=dna -pairgap=0 -gapopen=15 2>&1) crashed: 256
STACK Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw::_run C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm:767
STACK Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw::align C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm:515
STACK main::ClustalW2 Bio_SeqIO_ref_compare.pl:108
STACK toplevel Bio_SeqIO_ref_compare.pl:74
-------------------------------------

08/04/2011, 14h53
Jasmine80

le problème venait du fichier de sortie

Code:

'outfile' => $fich_msf,
09/04/2011, 21h32
Philou67430

J'avais visé juste dans ma première réponse ;)

Coucou,

je viens de reprendre le programme, et j'ai immédiatement trouvé l'erreur. Comme quoi, quand on est trop dedans, on ne voit plus ses fautes.
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 my $fich_fsa = '>P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.fsa'; my $fich_msf = '>P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.msf'; # plus bas my $out_fsa = Bio::AlignIO->new(-file => ">".$fich_fsa , -format => 'fasta');
=> j'ai donc deux fois le '>' d'ouverture :) ... comme quoi, une bête erreur peut nous tracasser longtemps !