graphique et relier les points

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Bonjour, je ne suis pas expert en R, j'ai deux jeux de donnees , je voudrais creer deux histogrammes cote a cote sans les superposer, par la suite je veux relier les points des max de chaque histogramme pour chaque colonne.

Je suis bloque, a la partie de mettre deux histogrammes dans la meme fenetre, et relier les points des max:
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 > c = read.table("Cv2") > c[c>1000] = 1000 > png("Cv2.png",height=600,width=800) > hist(c[c!=0],nclass = 20,xlab="Intron size", main="Intron size distribution for Cv2", col="grey") > dev.off() > a = read.table("Aster") > a[a>1000] = 1000 > png("Aster.png",height=600,width=800) > hist(a[a!=0],nclass = 20,xlab="Intron size", main="Intron size distribution for Aster", col="grey") > dev.off()
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 0 94 76 81 106 99 395 454 352 451 243 254 273 366 266 605 550 303 297 1 312 275 313 212 203 241 665 354 506 314 260 0 312 246 185 298 217 255 355 279 345 249 442 214 389 392 334 393 205 669 219 406 0 469 433 558 526 217 203 330 262 196 722 494 357 393 185 233 118 196 304 532 382 233 203 229 319 585 647 332 303 326 175 110 122 86 135 238 109 0 710 286 241 302 280 569 477 157 219 267 118 243 283
Je mets des bouts de mes deux fichiers merci
Code:

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Bonjour,

Pour afficher deux graphiques dans une même fenêtre, il faut avoir recours à la commande :

Code:

par(mfrow=c(i,j))

qui donne une répartition des graphes sur i lignes et j colonnes.

Pour votre cas, cela donnerait par exemple quelquechose du genre :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 png("Monpng.png",height=600,width=800) par(mfrow=c(1,2)) hist(c[c!=0],nclass = 20,xlab="Intron size", main="Intron size distribution for Cv2", col="grey") hist(a[a!=0],nclass = 20,xlab="Intron size", main="Intron size distribution for Aster", col="grey") dev.off()
Ensuite, pour ce qui est de "relier les points des max", je ne suis pas sûre de bien comprendre ce que vous cherchez à faire : relier les points max de chacun des "bâtons" de l'histogramme?

Bonne continuation :)

Cordialement,

A.D.

Bonjour,

Si j'ai bien compris la question, il s'agit de faire une ligne entre deux graphiques (?).
Dans ce cas, il faut faire un peu de gymnastique en faisant des aller-retours entre différents systèmes de coordonnées. Voici un petit exemple qui montre comment s'y prendre :

Code:

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par(mfrow=c(1, 2))

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## Premier histogramme :
bp1 <- hist(rnorm(100))

## Calcul des coordonnées du premier point max
## dans le système naturel ("user") :
y1 <- max(bp1$count)
x1 <- mean(bp1$breaks[(0:1) + which.max(bp1$count)])

## abline(v=x1, col="red")                 # Pour vérification du bon calcul de x.

## Conversion en coordonnées standardisées pour
## la région intérieure (aux marges externes) :
y1nic <- grconvertY(y1, "user", "nic")
x1nic <- grconvertX(x1, "user", "nic")

##################################################
## Second histogramme :
bp2 <- hist(rnorm(100), ylim=c(0, 50))

## Calcul des coordonnées du second point max
## dans le système naturel ("user") :
y2 <- max(bp2$count)
x2 <- mean(bp2$breaks[(0:1) + which.max(bp2$count)])

## Conversion des coordonnées standardisées du premier point
## vers le nouveau système de coordonnées "user" :
y1user <- grconvertY(y1nic, "nic", "user")
x1user <- grconvertX(x1nic, "nic", "user")

## On trace la ligne :
lines(c(x1user, x2), c(y1user, y2),
      xpd=NA,                           # Pour pouvoir tracer en dehors de la zone graphique.
      col="red")

07/04/2011, 18h53
shadow19c

Bonjour,
en fait ce que j'obtiens de mon premier programme ce sont les deux images qui sont en pièces jointes.
Ce que je voudrais c'est tracer dans la même fenêtre graphique les points qui passent sur les max de chaque bar avec deux couleurs différentes pour Cv et aster pour avoir un visuel de l'évolution des deux dans la même fenêtre.

Merci
08/04/2011, 09h48
pitipoisson

Il faudrait être plus précis dans la description de ce que tu souhaites obtenir. Je ne comprends pas ce que veut dire

Citation:

Envoyé par shadow19c

...les points qui passent sur les max de chaque bar avec deux couleurs différentes...

Est-ce la courbe qui se superpose à l'histogramme ? (Mais quel intérêt dans ce cas ?)

Une petite image de démo construite à partir de tes deux exemples peut-être ? Ça pourrait nous aider...
08/04/2011, 11h00
shadow19c

1 pièce(s) jointe(s)

Bonjour, oui je mets en piece jointe une image que j'ai faite à la main.

merci
08/04/2011, 11h09
pitipoisson

Donc au final, tu ne veux pas les histogrammes mais justes les deux courbes de densité sur un même graphique, c'est bien ça ?
08/04/2011, 11h17
shadow19c

1 pièce(s) jointe(s)

Je pense que c'est le mieux, car au début je voulais faire comme l'image que je mets en pièce jointe, mais je ne sais pas si les deux seront visibles.

Merci.
08/04/2011, 11h21
pitipoisson

Citation:

Envoyé par shadow19c

...mais je ne sais pas si les deux seront visibles.

Je pense que c'est parfaitement possible à faire, mais ce n'est effectivement pas une question triviale.
Je me penche dessus dès que je trouve un peu de temps.
08/04/2011, 11h26
shadow19c

Ok merci, mais sinon si ça vous prend du temps je préfère la courbe de densité.

Merci en tout cas.

Bonjour,

Je dois avouer que moi aussi j'avais un peu de mal à comprendre ce que vous cherchiez à faire. Si j'ai bien compris cette fois ;) , voici un exemple de ce qui est faisable (il faut peut-être encore ajuster certains paramêtres) :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 x<-rnorm(100) y<-rnorm(100)-1 hx<-hist(x) hy<-hist(y) v<-c(hx$breaks,hy$breaks) v<-v[order(v)] z<-c(hx$counts,hy$counts) z<-z[order(z)] hist(x,border="red",xlim=range(v),ylim=range(z)) hist(y,border="blue",add=TRUE)
Bonne continuation :)

Cordialement,

A.D.

08/04/2011, 11h48
shadow19c

Bonjour, oui ca marche bien mais j'ai pas compris comment vous lisez le fichier au début, je pense que la courbe de densité est pas mal.

Merci
08/04/2011, 12h16
A. D.
Citation:

Envoyé par shadow19c

mais j'ai pas compris comment vous lisez le fichier au début

Dans l'exemple que j'ai donné, je ne lis aucun fichier, j'ai généré deux vecteurs aléatoires x et y pour me servir de données.
Si vous souhaitez reprendre mon code avec vos données, il vous suffit de remplacer par exemple comme suit :
Code:

1 2 x<-read.table("Cv2") y<-read.table("Aster")
et éventuellement adapter le code à vos données.

Bonne continuation :)

Cordialement,

A.D.
08/04/2011, 12h28
A. D.
Sur le même principe que mon exemple précédent, pour obtenir les courbes de densité, on peut par exemple faire :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 x<-rnorm(100) y<-rnorm(100)-1 dx<-density(x) dy<-density(y) v<-c(dx$x,dy$x) z<-c(dx$y,dy$y) plot(dx,xlim=range(v),ylim=range(z),type="l",col="red") lines(dy,col="blue")
En espérant que cela réponde à votre question :)

Cordialement,

A.D.

Bonjour,
j'ai un petit soucis, j'ai fait
Code:

1 2 3 4 5 x<-read.table("Cv2") > y<-read.table("Aster") > dx<-density(x) Erreur dans density.default(x) : l'argument 'x' doit être numérique
Je comprends pas l'erreur.

Merci

Citation:

Envoyé par shadow19c

Code:

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x<-read.table("Cv2")
> y<-read.table("Aster")
> dx<-density(x)
Erreur dans density.default(x) : l'argument 'x' doit être numérique

Je comprends pas l'erreur.

C'est que x n'est probablement pas un vecteur après obtention par

Code:

read.table(...)

Citation:

Envoyé par A. D.

Code:

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x<-rnorm(100)
y<-rnorm(100)-1
 
hx<-hist(x)
hy<-hist(y)
 
v<-c(hx$breaks,hy$breaks)
v<-v[order(v)]
 
z<-c(hx$counts,hy$counts)
z<-z[order(z)]
 
hist(x,border="red",xlim=range(v),ylim=range(z))
hist(y,border="blue",add=TRUE)

Oui, c'est l'idée pour les histogrammes, mais il reste un problème majeur : la sur-impression de classes plus abondantes qui cachent les anciennes.

Le problème peut être contourné en utilisant des transparences (je le donne pour info si ça intéresse quelqu'un) :

Code:

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x1 <- rnorm(300, 20, 6)
x2 <- rnorm(300, 10, 5)

## Histogrammes non-imprimés :
bp1 <- hist(x1, plot=FALSE, nclass=20)  # 20 classes...
bp2 <- hist(x2, plot=FALSE, nclass=20)  #

## Calcul de minima/maxima :
hlims <- range(c(bp1$breaks, bp2$breaks))
vlims <- range(c(bp1$counts, bp2$counts))

## Couleurs de remplissage, dont une avec ajout de transparence :
histcol <- sapply(apply(rbind(col2rgb(c("orangered2", "lightblue"))/255,
                              alpha = c(1, 0.5)), # Première couleur opaque, 50% de transparence pour la seconde.
                        2, as.list),
                  do.call, what = rgb)

## Création du graphique :
hist(x1, border="darkred", xlim=hlims, ylim=vlims,
     nclass=20,                         # 20 classes...
     col=histcol[1])

hist(x2, border="darkblue", add=TRUE,
     breaks=seq(from=min(hlims), to=max(hlims), by=diff(bp1$breaks[1:2])), # ...largeur de classes égale à celle
                                                                           # du précédent graphique
     col=histcol[2])      # Couleur transparente (en sur-impression).

08/04/2011, 14h17
A. D.

Citation:

Envoyé par pitipoisson

Oui, c'est l'idée pour les histogrammes, mais il reste un problème majeur : la sur-impression de classes plus abondantes qui cachent les anciennes.

Bien vu, je n'avais pas pensé à cela.
Votre astuce est fort intéressante :)

Cordialement,

A.D.
08/04/2011, 15h15
shadow19c

Bonjour, comment peut on modifier pour les valeurs car je ne comprends pas pourquoi ca ne marche pas pour cette fois ci.
J'ai toujours un problème de valeurs numériques.

Merci
08/04/2011, 15h45
pitipoisson
En reprenant ton premier exemple de fichier et en le chargeant comme tu l'indiques, j'obtiens :
Code:

1 2 > class(x) [1] "data.frame"
x n'est donc pas un vecteur.

Mais tu sélectionnais les valeurs différentes de zéro et
Code:

1 2 3 4 5 > class(x[x!=0]) [1] "integer" > is.vector(x[x!=0]) [1] TRUE
C'est pour ça que la fonction hist fonctionnait. Mais ce qui se passe ici (changement de classe d'objet) est tellement implicite que je déconseille d'y avoir recours. D'autant que ce type d'indice pour une data.frame est pour le moins douteux (dans le sens "pas clair").

Le mieux est d'explicitement ne conserver que la première et unique colonne de x comme un vecteur d'entiers :

Code:

> x <- x[ , 1]

et ensuite faire comme A.D. l'a indiqué pour les densités ou bien utiliser la dernière solution "histogramme".

Bonjour, j'ai essayé votre méthode mais j'ai un problème à la ligne

Code:

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 > x=read.table("Cv2")
>  y=read.table("Aster")
> x[x>1000]=1000
> y[y>1000]=1000
> hist(x[x!=0],nclass = 20,xlab="Intron size", main="Intron size
+ + distribution for Cv2", col="grey")
> hist(y[y!=0],border="blue",add=TRUE)
> x=read.table("Cv2")
>  y=read.table("Aster")
> x[x>1000]=1000
>  y=read.table("Aster")
> x[x>1000]=1000
> y[y>1000]=1000
> hist(x[x!=0],nclass = 20,xlab="Intron size", main="Intron size
+ + distribution for Cv2", col="grey")
> hist(y[y!=0],col="blue",add=TRUE)
> x=read.table("Cv2")
>  y=read.table("Aster")
> x[x>1000]=1000
> y[y>1000]=1000
> bp1=hist(x[x!=0],plot=FALSE,nclass=20)
> bp2=hist(y[y!=0],plot=FALSE,nclass=20)
> hlims=range(c(bp1$breaks,bp2$breaks))
> vlims=range(c(bp1$counts,bp2$counts))
> histcol=sapply(apply(rbind(col2rgb(c("orangered2","lightblue"))/255,alpha=c(1,0.5)),2,as.list),do.call,what=rgb)
> hist(x[x!=0],border="darkred",xlims=hlims,ylim=vlims,nclass=20,col=histcol[1])
Messages d'avis :
1: In title(main = main, sub = sub, xlab = xlab, ylab = ylab, ...) :
  "xlims" n'est pas un paramètre graphique
2: In axis(1, ...) : "xlims" n'est pas un paramètre graphique
3: In axis(2, ...) : "xlims" n'est pas un paramètre graphique
> hist(y[y!=0],border="darkblue",add=TRUE,breaks=seq(from=min(hlims),by=diff(bp1$breaks[1:2])),col=histcol[2])
Erreur dans hist.default(y[y != 0], border = "darkblue", add = TRUE, breaks = seq(from = min(hlims),  : 
  nombre de 'breaks' incorrect
> hist(y[y!=0],border="darkblue",add=TRUE,breaks=seq(from=min(hlims),by=diff(bp2$breaks[1:2])),col=histcol[2])
Erreur dans hist.default(y[y != 0], border = "darkblue", add = TRUE, breaks = seq(from = min(hlims),  : 
  nombre de 'breaks' incorrect
> hist(y[y!=0],border="darkblue",add=TRUE,breaks=seq(from=min(hlims),by=diff(bp1$breaks[1:3])),col=histcol[2])
Erreur dans hist.default(y[y != 0], border = "darkblue", add = TRUE, breaks = seq(from = min(hlims),  : 
  des valeurs de 'x' n'ont pas été comptées ; peut-être 'breaks' ne couvrent pas l'étendue de 'x'

J'ai un nombre de breaks incorrect , j'ai le premier graphique qui se dessine en orange.

Merci

Bonjour,

Déjà, il serait bon de jeter un oeil aux messages d'erreur fournis par R.
Code:

1 2 3 4 5 6 > hist(x[x!=0],border="darkred",xlims=hlims,ylim=vlims,nclass=20,col=histcol[1]) Messages d'avis : 1: In title(main = main, sub = sub, xlab = xlab, ylab = ylab, ...) : "xlims" n'est pas un paramètre graphique 2: In axis(1, ...) : "xlims" n'est pas un paramètre graphique 3: In axis(2, ...) : "xlims" n'est pas un paramètre graphique
Ici, tout est dit : vous avez ajouté un "s" en trop à la fin du paramètre "xlim".

Pour ce qui est du problème des "breaks", je ne sais pas exactement à quoi correspond ce paramètre ni ce que vous cherchez à faire, mais quand je tape la commande que vous indiquez

Code:

seq(from=min(hlims),by=diff(bp1$breaks[1:2]))

, j'obtiens uniquement la valeur zéro.

Bonne continuation :)

Cordialement,

A.D.

12/04/2011, 11h42
pitipoisson

Bonjour,

Citation:

Envoyé par A. D.

Pour ce qui est du problème des "breaks", je ne sais pas exactement à quoi correspond ce paramètre ni ce que vous cherchez à faire, mais quand je tape la commande que vous indiquez

Code:

seq(from=min(hlims),by=diff(bp1$breaks[1:2]))

, j'obtiens uniquement la valeur zéro.

C'est tiré du dernier exemple que j'avais donné, mais il manque effectivement le

Code:

..., to=max(hlims),...

sans lequel la fonction seq ne sait pas jusqu'à quelle valeur doit aller la séquence (et fait donc par défaut une séquence de longueur 1) !
12/04/2011, 11h49
A. D.

Ah oui, je n'avais pas rejeté un oeil à votre code.

Bref, en fait donc il n'y a pas de problème, mis à part les petites étourderies qu'il a commise, le code fonctionne :)

Cordialement,

A.D.