Probleme de test

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Probleme de test

Bonjour,

je voudrais demander comment puis je faire pour sauter les lignes,exemple:
je prends les Id a a chaque fois par exemple la premiere ligne "32_1_CBOZ_CBPA", et si je retrouve cet id je saute la ligne et je prends un autre qui differe, je ne sais pas je voulais faire un hash mais je ne sais pas ou mettre le test dans mon code? merci

Code:

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#!/usr/local/bin/perl
my %done = 1;
my %hash=();
my %hash2=();
 
open (DESC2, "output_cv2");
while(<DESC2>){
	chomp;
	my ($id,$coord1,$coord2)=(split/\t/)[9,-1,-3];
	$done=$id;
	my @exon1=();
	my @blocsize1=();
	foreach my $exon (split/,/,$coord2){
		 my ($s)=split(/\,/,$exon);
		 push @exon1,($s);
		 }
	foreach my $blocsize (split/,/,$coord1){
		  my ($L)=split(/\,/,$blocsize);
		  push @blocsize1,($L);
		 }
	for (my $i =0; $i<$#blocsize1; $i++){
		my $e=$exon1[$i]+ $blocsize1[$i];
		$hash{$id}=$e;
		$hash2{$id}=$s;
		}
	print $id,"\t",$hash{$id}-$hash2{$id},"\n";
 
 
 
 
}

Code:

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3459	0	0	0	0	0	17	2500	-	32_1_CBOZ_CBPA	3459	0	3459	C169-scaffold_4	2986206	2937909	2943868	18	52,49,80,253,77,209,85,1175,211,144,143,149,155,98,191,68,157,163	0,52,101,181,434,511,720,805,1980,2191,2335,2478,2627,2782,2880,3071,3139,3296	2937909,2938112,2938302,2938459,2938807,2938997,2939313,2939526,2940879,2941234,2941502,2941803,2942057,2942325,2942581,2942897,2943102,2943705,
2650	0	0	0	0	0	7	1511	+	34_2_CBOZ_CBPA	2650	0	2650	C169-scaffold_7	2484457	1251713	1255874	8	362,214,176,270,1348,116,145,19	0,362,576,752,1022,2370,2486,2631	1251713,1252387,1252724,1253180,1253742,1255202,1255459,1255855,
2519	0	0	0	0	0	9	3883	-	46_3_CBOZ_CBPA	2519	0	2519	C169-scaffold_8	1964347	1172240	1178642	10	897,179,208,164,220,154,155,255,192,95	0,897,1076,1284,1448,1668,1822,1977,2232,2424	1172240,1173512,1174129,1174643,1175214,1175752,1176302,1176714,1177222,1178547,
2327	0	0	0	0	0	7	2195	-	108_4_CBOZ_CBPA	2327	0	2327	C169-scaffold_15	1434801	1007548	1012070	8	157,171,100,188,144,185,102,1280	0,157,328,428,616,760,945,1047	1007548,1008029,1008488,1008853,1009441,1009941,1010385,1010790,
2291	0	0	0	0	0	7	1129	-	51_1_CBOZ_CBPA	2291	0	2291	C169-scaffold_22	985987	948089	951509	8	300,151,176,150,99,117,153,1145	0,300,451,627,777,876,993,1146	948089,948749,948985,949313,949572,949799,950039,950364,
2193	6	0	0	1	12	13	6015	+	29_1_CBOZ_CBPA	2211	0	2211	C169-scaffold_19	1345290	317921	326135	14	304,146,36,97,121,146,215,160,120,149,175,184,61,285	0,304,450,486,583,704,850,1065,1225,1345,1494,1669,1853,1926	317921,318593,319051,319265,319958,320700,321351,322148,322684,323378,323923,324696,325364,325850,
2060	0	0	0	0	0	8	1651	+	134_1_CBOZ_CBPA	2060	0	2060	C169-scaffold_16	1433446	531474	535185	9	78,17,76,124,85,219,943,154,364	0,78,95,171,295,380,599,1542,1696	531474,531641,531772,531999,532235,532697,533260,534475,534821,

Je dirai :

Code:

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my %hashId;
while (my $l = <DESC2>) {
  my @champs = split("\t", $l);
  next if defined($hashId{$champs[9]});
  $hashId{$champs[9]} = 1;
  ...
}

04/04/2011, 13h32
shadow19c

OK je pense que c'est bon, merci .
comme d' habitude vous maitrisez

Par contre , j'ai un petit souci je voulais pas ouvrir un topic pour cela,
je voudrais a chaque fois faire la soustraction de couple, par exemple:
pour L'id: 32_1_CBOZ_CBPA je recupere les deux champs -1 et -3.
Je mets dans deux tableaux differents, ensuite je fais

Code:

my $e=$exon1[$i]+ $blocsize1[$i];

pour obtenir e, par la suite ce qui va me permettre de faire e-s, mais c'est la que j'ai mon souci, car:
Code:

1 2 2937909,2938112,2938302,2938459,2938807,2938997,2939313,2939526,2940879,2941234,2941502,2941803,2942057,2942325,2942581,2942897,2943102,2943705,
je voudrais pour chaque e obtenue faire la soustraction avec le s suivant:
cest a dire pour le premier e je voudrais faire e-2938112.
Si je resume:
au debut je fais Ex=Sx+Lx ~ Ex=2937909+52
ce que je veux faire par la suite C'est Ex-Sy~Ex-2938112 et ainsi de suite pour chaque fois, en faisant attention que le dernier e calcule , je ne peux pas faire de e-s car il n'existe pas de s.

Merci
Code:

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J'ai trouve mon erreur, sauf que j'ai des abberations lorsque j'ai un couple seul, en plus j'ai fait le calcul a la main je trouve pour le premier 151 , alors que mon programme me donne 157:

Code:

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#!/usr/local/bin/perl
my %done = 1;
my %hash=();
my %hash2=();
my %hashId=();
open (DESC2, "output_cv2");
while(<DESC2>){
	chomp;
	my %hashId;
	my @champs = split("\t", $l);
  	next if defined($hashId{$champs[9]});
  	$hashId{$champs[9]} = 1;
	my ($id,$coord1,$coord2)=(split/\t/)[9,-1,-3];
	my @exon1=();
	my @blocsize1=();
	foreach my $exon (split/,/,$coord2){
		 my ($s)=split(/\,/,$exon);
		 push @exon1,($s);
		 }
	foreach my $blocsize (split/,/,$coord1){
		  my ($L)=split(/\,/,$blocsize);
		  push @blocsize1,($L);
		 }
	for (my $i =0; $i<$#blocsize1; $i++){
		my $e=$exon1[$i]+ $blocsize1[$i];
		$hash{$id}=$e;
 
		}
 
	for (my $i =1; $i<$#blocsize1; $i++){
		$hash2{$id}=$blocsize1[$i];
 
 
		}
		print join("\t",$id,abs($hash2{$id}-$hash{$id}))."\n";
		}

PS: je viens de m'apercevoir qu'il me fait que pour le premier et il ne continu pas pour la suite pour un id donne...

04/04/2011, 14h34
shadow19c

Je me rexxplique je pense que je me suis pas tres bien explique:
le split -3 me permet d'avoir Sx,Sy,Sz qui sont des start de segements, ensuite le split-1 Lx,Ly,Lz qui sont des longueurs par exemple, ensuite pour avoir la fin du segment je fais Ex=Sx+Lx ,ainsi de suite pour les autres,et a la fin ce que je veux faire c'est connaitre la longueur qui separe deux segemnts.
Donc je veux faire a la fin Sy-Ex et Sz-Ey.

Voila

merci

Voici mon nouveau code, mais j'ai un souci il perd des elements dans le tableau:

Code:

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#!/usr/local/bin/perl
my %done = 1;
my %hash=();
my %hash2=();
my %hashId=();
open (DESC2, "output_cv2");
while(<DESC2>){
	chomp;
	my %hashId;
	my @champs = split("\t", $l);
  	next if defined($hashId{$champs[9]});
  	$hashId{$champs[9]} = 1;
	my ($id,$coordL,$coordE)=(split/\t/)[9,-3,-1];
	my @exon1=();
	my @blocsize1=();
 
	foreach my $blocsize (split/,/,$coordL){
		  my ($L)=split(/\,/,$blocsize);
		  push @blocsize1,($L);
		 }
 
 
 
	foreach my $exon (split/,/,$coordE){
		 my ($s)=split(/\,/,$exon);
 
		 push @exon1,($s);
		 }
 
	for (my $i =1; $i<$#exon1; $i++){
		my $e=$exon1[$i-1]+ $blocsize1[$i-1];
		#print $id,"\t",$exon1[$i],"\n";
		print $id,"\t",$exon1[$i],"\t",$exon1[$i]-$e,"\n";
		}

Merci