probleme double lecture

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Bonjour,
je suis nouveau en perl, mon souci cest que j'ai un premier programme qui me donne des valeurs de positions de blast(aligenement de sequence)
Par exemple prenoms pour la premiere sequence:
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 $seq1=24 54 92 137 235 275 324 $seq2=65 137 14
Je dois a partir de ces donnees verifier si chaque lettre est bein positionne avec l'autre, je m'explique prenons que jai une lettre qui est en position 54 est en face d'une lettre de l'autre sequence 65 donc cest bon, je dois renvoyer les deux positions.

Voici , le fichier que je dois verfier, query etant la premiere sequence et sbjct etant la deuxieme, donc le plus plus facil cest tout dabord recuperer les deux valeurs dentree 61 car ca nous donne linformation sur la premiere de lettre de chaque sequence.
Ensuite mon souci cest la lecture de chauqe sequence et verfier si jai la position dans $seq.
Code:

1 2 3 4 Query: 61 PVFRAQFHAMCANIGVDPLASNKGVWAQVLGFGDFYYELGVQIVEACLASRSLNGGLMDM 120 P FRAQFH MCAN+GVDPLASNKG++AQ+LG GDFYY+LGVQI+EACLA+R+ NGG++++ Sbjct: 61 PTFRAQFHVMCANVGVDPLASNKGMFAQLLGIGDFYYQLGVQIIEACLATRTHNGGMIEL 120
Voici le debut de mon code:
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 #!/usr/local/bin/perl use strict; use warnings; open my $blast_file, '<', "out.bl" or die; my $query_seq = ''; my $sbjct_seq = ''; while (my $line = <$blast_file>){ if ($line =~ m/Query: \d+ ([A-Z]+)/){ $query_seq .= $1 } elsif ($line =~ m/Sbjct: \d+ ([A-Z]+)/){ $sbjct_seq .= $1 } }
Merci

15/03/2011, 11h57
Dimitry.e

On pourrait avoir un exemple plus détaillé ?

Essaie de te relire, également : ce n'est pas vraiment facile à lire, là.

Oui, desole je reprend on pars de ceci:
$seq1=
24
48
54
92
137
235
275
324

$seq2=
64
137
14

Si j'ai un alignement du sorte
Code:

1 2 3 4 Query: 45 PVFRAQFHAMCANIGVDPLASNKGVWAQVLGFGDFYYELGVQIVEACLASRSLNGGLMDM 120 P FRAQFH MCAN+GVDPLASNKG++AQ+LG GDFYY+LGVQI+EACLA+R+ NGG++++ Sbjct: 61 PTFRAQFHVMCANVGVDPLASNKGMFAQLLGIGDFYYQLGVQIIEACLATRTHNGGMIEL 120
La sequence 1 est Query et sequence deux est sbjct
je recupere les index pour seq une qui est 45 ce qui signifie que P est a 45 et pour seq 2 P qui est a 61, ensuite je dois continuer la lecture des deux sequences en simultanee et je verfie si pour chaque lettre des deux sequences si ils ne sont pas alignes , par exemple dans la seq 1 jai la lettre 48 est bein aligne avec la lettre 64.
EN fait je pense quil faut partir des valeurs des deux sequences et verifier si a chaque position ils sont bien alignes.

Voci le code jai change en mettant dans un tableau:
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 #!/usr/local/bin/perl use strict; use warnings; open my $blast_file, '<', "out.bl" or die; my @seq1=(24,48,54,92); my @seq2=(64,137,14); while (<$blast_file>){ if ($_ =~ /^Query:\s(\d+)\s+(.+)\s+\d+$/){ # if (/Query: \d+ ([A-Z]+)/){ #print $1." : ".$2."\n"; # $query_seq .= $1; # my @tab1 = split(//,$query_seq); } elsif ($_ =~ /^Sbjct:\s(\d+)\s+(.+)\s+\d+$/){ #print $1." : ".$2."\n"; #$sbjct_seq .= $1; my @tab2 = split(//,$2); foreach my $i(@tab2) { foreach my $j(@seq2){ if $i==$j; } } } }
J'ai modifie mon code , mais le souci cest que je recupere les qury et subjetc d'un coup or je devrais faire ca bloc par bloc , ainsi faire l'aligenemt (verifier si il existe dans la table), ensuite passer a l'autre ligne.
Mon souci etant a chaque fois au debut de dire a la boucle de commencer par que on commence la lecture par la premiere lettre et quil commence par une position donne par l'index;

merci

Bonjour,la je suis perdu, j'ai fait un petit code pour m'aider mais je n'y arrive pas
voila je pars avec une seule donne de position:
outblast file

Code:

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35
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37
38
39
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46
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48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
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83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
 
Query= lcl|C169v2-06337 jgi|Coc_C169_1|67012|estExt_Genemark1.C_120368
         (728 letters)
 
 
 
>lcl|Aster-03202 geneId:"fgenesh1_pg.00067_#_97" protId:"38715"
           coord:[scaffold_00067;strand="+";exons="1001085..1001276
           ,1001343..1001407,1001644..1001734,1001900..1002040,
           1002292..1002453,1002520..1002649,1002929..1003095,
           1003825..1003897,1004217..1004404,1005008..1005196,
           1005549..1005743,1006263..1006406,1006686..1006781,
           1007364..1007516,1008285..1008624,1009037..1009798,
           1010020..1010603,1011111..1011497"]
          Length = 1352
 
 Score = 62.8 bits (151), Expect = 1e-13
 Identities = 59/248 (23%), Positives = 101/248 (40%), Gaps = 20/248 (8%)
 
Query: 160 DSVIAAMSKRGQDRLHHVIRILAEKGHVKELATAFYGNYTVQDLLDATHXXXXXXXXXXX 219
           +  I A+ ++   +L  V+ IL E G V EL T ++GNY++QDL++A             
Sbjct: 264 EQAINALQRKSYQKLTRVVDILIESGKVPELVTHYFGNYSIQDLMEACFKLRKSFEKQGR 323
 
Query: 220 XXXXXSQDIERMLGFSDGQDSLGRMARGIAGAMPEGAMHKQGIYVVLKLLEVGDCADILP 279
                 Q        +   D  GRM + +   +PE   H  G +V+ KLL+     +++ 
Sbjct: 324 KADDAVQYF-----LNPDTDPFGRMFQEVLKTVPESIKHTAGAFVMQKLLQWLTPQEVVT 378
 
Query: 280 LASKLFPGGPKLTTDLHSPEAWRGVKIMTGLVDAMSELAHQGGHMSAAAMGLLDSLCGLY 339
           L      G   +T  +      +G+  M  L       + Q     AA    L ++C  Y
Sbjct: 379 L------GKVSVTHVMDLANDTKGLHFMLKLSQISLTNSEQDYVKDAAQQ--LHAICHQY 430
 
Query: 340 LKDEQAVIKLAQHKNY-GPMLVDAASAGLPRPK----CKQVKSWTNQ--PSPAFGASLVW 392
           L         +   ++ G MLV+A +  +P P        +  W+++    P    S  W
Sbjct: 431 LSSITGSALPSWATSFAGQMLVEAIAGSMPLPSSCTLANNIAGWSSKLLQLPLKDKSTPW 490
 
Query: 393 KILQRLDD 400
            +L++L D
Sbjct: 491 LMLEQLYD 498
 
 
 
 Score = 51.2 bits (121), Expect = 3e-10
 Identities = 34/144 (23%), Positives = 51/144 (35%), Gaps = 13/144 (9%)
 
Query: 10  GTADAGIKCPFCRQFVEGYFPINDGAGKGNXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXHD 69
           G A +G++CP+CR  V GY P++                                   H 
Sbjct: 63  GQASSGVRCPWCRALVGGYEPMDPSHANDELREANRSARLSALRDIAPMQRQDPALRAH- 121
 
Query: 70  VLPPS-----DWECAKCQNINFSARSKCNKCGQPGPKGAPAIIHGAPSGDVLKCTDKELR 124
             PP      DW C +C+  N   R+ C +C    P             + +  T +++ 
Sbjct: 122 -APPDHRGADDWTCPRCRFDNKPNRATCRECKAKKPDAV------RKDQNYMAATAEDVY 174
 
Query: 125 DCALEKMHPNFQQAFQEAGTPAQT 148
               +K+HP    AFQ AG P  T
Sbjct: 175 TWCTQKLHPALDGAFQAAGVPITT 198
 
 
 
 Score = 40.0 bits (92), Expect = 8e-07
 Identities = 21/86 (24%), Positives = 47/86 (54%), Gaps = 3/86 (3%)
 
Query: 393 KILQRLDDEDENSWVKSIVNELFKCLGSIQSQLKALDMLSDAL-CLKGVPDHAVASHMQM 451
           K++ RLD+++E  WV+ I+ +L   +  +     A D++ + L C+  + D ++ ++ ++
Sbjct: 553 KLILRLDEQEEKEWVQHIMEDLTSSMQKLFKVTHARDVVLEGLTCVHSIDDDSLNTYFEV 612
 
Query: 452 LHDVL--GDARAEEMLKNVERQRGAK 475
           +   L  GD R + ++  +   R AK
Sbjct: 613 ITRQLGKGDMRWQSIMVKIRAARDAK 638
 
 
Lambda     K      H
   0.318    0.135    0.417 
 
Gapped
Lambda     K      H
   0.267   0.0410    0.140 
 
 
Matrix: BLOSUM62
Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 2709
Number of extensions: 169
Number of successful extensions: 6
Number of sequences better than 1.0e-05: 1
Number of HSP's better than  0.0 without gapping: 1
Number of HSP's gapped: 4
Number of HSP's successfully gapped: 3
Length of query: 728
Length of database: 1352
Length adjustment: 44
Effective length of query: 684
Effective length of database: 1308
Effective search space:   894672
Effective search space used:   894672

Code:

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55
56
 
#!/usr/bin/perl
 
#Variables
my @positions=(24,48,54,92,137,235,275,324); #Liste des positions que tu souhaites verifier
my @positions2=(26,65,145,189);
my $query_seq='';
my $sbjct_seq='';
my ($depart_bloc,$fin_bloc)=(0,0);
my ($query_trouve,$sbjct_trouve,$numero_bloc)=(0,0,1);
 
open (BLAST_FILE,"<out.bl") or die ("Impossible de lire out.bl\n");
while(<BLAST_FILE>)
{
	if(/Query: (\d+)\s+(.+)\s+(\d+)/)	#Ajout de \s+ pour gerer s'il y a plus d'un espacement
	{
		$depart_bloc=$1;  #Index de depart du bloc
		$query_seq=$2;    #Sequence Query
		$fin_bloc=$3;     #Index de fin du bloc
		$query_trouve=1;  #Booleen pour indiquer qu'une sequence a ete trouvee
	}
	elsif(/Sbjct: \d+\s+(.+)/)
	{
		$sbjct_seq=$1;   #Sequence Sbjct
		$sbjct_trouve=1; #Booleen pour indiquer qu'une sequence a ete trouvee		
	}
        #Si les deux sequences "Query" et "Sbjct" ont ete trouvees, on a un nouveau bloc:
	if(($query_trouve==1)&&($sbjct_trouve==1))
	{
                #Separation des caracteres des sequences dans un tableau
		my @tab1 = split(//,$query_seq);
		my @tab2 = split(//,$sbjct_seq);
 
                #Creation des 2 tableaux contenant chacun "$depart_bloc" elements
		my @query=(1..$depart_bloc);
		my @sbjct=(1..$depart_bloc);
                #Ajout de la sequence a la fin de ces tableaux 
                #(ainsi les indices du tableau correspondent aux positions)
		push(@query,@tab1);    
		push(@sbjct,@tab2);
 
 
 
		for (my $i=$depart_bloc,my $j=$depart_bloc;$i<@query,$j<@sbjct;$i++,$j++){
		my $c=$i;
		my $d=$j;
		foreach my $a(@positions){
			if($c eq $a){my $k=1};
			else {my $k=0}
		}
		foreach my $b(@positions2){		
			if($d eq $b){my $q=1};
			else {my $q=0};
		}
		if(($k||$q)==0){next};
		if(($k&&$q)==1){print $d,$c)}}

En fait j'arrive pas a lui dire si j'ai deux couples de positions daller verfier si ils sont allignes , en plus la cest que j'ai fait cest la comparaison de lettre mais cest pas ca ce que je dois faire, cest plus verfier pour chaque position si ils sont alignes.

Exemple:si jai pour la sequence une my @positions=(24,48,54,92,137,235,275,324);
et sequence deux my @positions=(26,65,145,189);

Je dois par exemple si je suis a la position 24 de la premiere sequence je verifie a quelle position je suis dans l'autre sequence si par exemple je suis a une position qui n'est pas dans la collection my @positions=(26,65,145,189); ben je passe a la position suivante pour les deux sequences jusqua ce que , si je suis a la position 65 seq 1 et qu'en face je sois a la position 145 , cest bon je renvoi les deux positions et ainsi de suite
Je pense qu'il faut que je fasse deux foreach pour chaque table de position?
merci

PS: il faut que je fasse attention aux gaps, si il y en a je dois sauter

Voici un code qu'on m'avait aider mais qui repond pas a mon probleme

Code:

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58
59
 
#!/usr/bin/perl
 
#Variables
my @positions=(24,48,54,92,137,235,275,324); #Liste des positions que tu souhaites verifier
my $query_seq='';
my $sbjct_seq='';
my ($depart_bloc,$fin_bloc)=(0,0);
my ($query_trouve,$sbjct_trouve,$numero_bloc)=(0,0,1);
 
open (BLAST_FILE,"<out.bl") or die ("Impossible de lire out.bl\n");
while(<BLAST_FILE>)
{
	if(/Query: (\d+)\s+([A-Z]+)\s+(\d+)/)	#Ajout de \s+ pour gerer s'il y a plus d'un espacement
	{
		$depart_bloc=$1;  #Index de depart du bloc
		$query_seq=$2;    #Sequence Query
		$fin_bloc=$3;     #Index de fin du bloc
		$query_trouve=1;  #Booleen pour indiquer qu'une sequence a ete trouvee
	}
	elsif(/Sbjct: \d+\s+([A-Z]+)/)
	{
		$sbjct_seq=$1;   #Sequence Sbjct
		$sbjct_trouve=1; #Booleen pour indiquer qu'une sequence a ete trouvee		
	}
        #Si les deux sequences "Query" et "Sbjct" ont ete trouvees, on a un nouveau bloc:
	if(($query_trouve==1)&&($sbjct_trouve==1))
	{
                #Separation des caracteres des sequences dans un tableau
		my @tab1 = split(//,$query_seq);
		my @tab2 = split(//,$sbjct_seq);
 
                #Creation des 2 tableaux contenant chacun "$depart_bloc" elements
		my @query=(1..$depart_bloc);
		my @sbjct=(1..$depart_bloc);
                #Ajout de la sequence a la fin de ces tableaux 
                #(ainsi les indices du tableau correspondent aux positions)
		push(@query,@tab1);    
		push(@sbjct,@tab2);
 
                #Analyse des sequences
		foreach my $i (@positions)
		{
			if(($i<=$fin_bloc)&& ($i>=$depart_bloc)){print "Verification position $i (dans bloc No $numero_bloc):\n"}
			if(($query[$i] eq $sbjct[$i]) && ($i<=$fin_bloc)&& ($i>=$depart_bloc))
			{
				if($query[$i] ne 'X'){print "Les lettres sont identiques (i=$i...$query[$i])\n"}
			}
			elsif(($query[$i] ne $sbjct[$i]) && ($i<=$fin_bloc)&& ($i>=$depart_bloc))
			{
				if($query[$i] ne 'X'){print "Les lettres sont differentes ($query[$i] et $sbjct[$i])\n"}
			}
		}
		$numero_bloc++;   #On peut passer au bloc suivant
		$query_trouve=0;
		$sbjct_trouve=0;
	}
}
close BLAST_FILE;

Bonjour, voila j'aio reussi a faire une exemple:

Code:

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#!usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
 
my $query_seq = 'DSVIAAMSKRGQDRLHHVIRILAEKGHVKELATAFYGNYTVQDLLDATHXXXXXXXXXXX';
my $sbjct_seq = 'EQAINALQRKSYQKLTRVVDILIESGKVPELVTHYFGNYSIQDLMEACFKLRKSFEKQGR';
my $q_start = 160;
my $s_start = 264;
my @q_pos = (20, 125, 133, 172, 185, 255);
my @s_pos = (20, 5, 133, 255, 276);
 
my $length = length($query_seq);
 
foreach my $l (@q_pos) {
    next if $l < $q_start;
    last if $l >= $q_start + $length; # ou $l > $q_end si on récupère $q_end dans le fichier
    my $c = substr($query_seq, $l - $q_start, 1); #On récupère le caractère a la position dans la chaine $query_seq
    my $d = substr($sbjct_seq, $l - $q_start, 1); #On récupère le caractère a la position dans la chaine $sbjct_seq
    next if ($c =~ m/[-X]/ or $d =~ m/[-X]/);
    my $k = $l - $q_start + $s_start;
    if (grep {$_ eq $k} @s_pos) {
    print "Found: positions ($l, $k) values ($c, $d) \n" ;
    }
 
 }

Mais je voudrais le faire pour un grand fichier en automatisant

Code:

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80
81
82
83
84
85
86
87
88
 
 
Query= lcl|C169v2-07976
jgi|Coc_C169_1|31081|estExt_Genewise1Plus.C_180171
         (496 letters)
 
 
 
>lcl|Aster-02713 geneId:"fgenesh1_pm.00062_#_9" protId:"34758"
           coord:[scaffold_00062;strand="-";exons="306631..306824,
           307298..307463,308024..308124,308464..308611,
           309202..309470,309945..310082,310729..310896,
           311202..311356,313500..313555,315381..315410"]
          Length = 474
 
 Score =  439 bits (1129), Expect = e-127
 Identities = 224/319 (70%), Positives = 248/319 (77%), Gaps = 9/319 (2%)
 
Query: 186 KRADGRIVATPYAKKLAKDLGIDLATIGGSGPNGRITASDVEALK---------NGGXXX 236
           KR DGR+VATPYAKKLAKDLG+DL  + GSGP GRITASD+EA K         NG    
Sbjct: 155 KRTDGRVVATPYAKKLAKDLGVDLNNVAGSGPAGRITASDIEAFKKGPAAPPSTNGAAAA 214
 
Query: 237 XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXGTTVSELRGTTVPFTSLQSAVSRNMIESLKVP 296
                                       GTTV+ELRGTT PFTSLQSAVS+NM+ESLKVP
Sbjct: 215 PTKPAPPPPGPSAAPASAAAPAPAAGTAGTTVAELRGTTQPFTSLQSAVSKNMVESLKVP 274
 
Query: 297 EFRVSYTITTDKFDALYKKLKPKGVTLTALLAKACGVALASHPLLYASCTADGNGVTYNE 356
           EFRV+YT+TTD+ +AL KKLKPKGVT+TALLAKA  VAL  HPLLYA CT D  G+TYNE
Sbjct: 275 EFRVAYTVTTDQLEALAKKLKPKGVTMTALLAKAAAVALEKHPLLYAVCTPDAKGITYNE 334
 
Query: 357 RINVALAVAMPDGGLITPVIKDADSTDIYQISRNWADLVKRARSKQLAPDEFQSGTFTIS 416
            +NVALAV MPDGGLITPV+KDAD TDIYQ+SRNWADLVKRARSKQLAPDEF SGTFTIS
Sbjct: 335 HVNVALAVTMPDGGLITPVLKDADKTDIYQLSRNWADLVKRARSKQLAPDEFNSGTFTIS 394
 
Query: 417 NLGNFGADIFDAILPPGTAAILAVGGSKPTVTADKNGRIGVEKQMQVNLTCDHRIVYGAQ 476
           N+G +G D FDAILPPGTAAILAV GSKPTVTAD  GRIGVE+QM++NLTCDHRIVYG+Q
Sbjct: 395 NMGMYGPDAFDAILPPGTAAILAVAGSKPTVTADNQGRIGVERQMRINLTCDHRIVYGSQ 454
 
Query: 477 AAEFLVTLKQVIEDPDQLT 495
           AAEF+ TLK V+E PDQLT
Sbjct: 455 AAEFMQTLKAVLESPDQLT 473
 
 
 
 Score =  100 bits (249), Expect = 1e-25
 Identities = 53/77 (68%), Positives = 55/77 (71%)
 
Query: 37  NAVKEIFMPALSSTMTEGKIVSWLKGPXXXXXXXXXXXXXXXXXADMDVESFNDGILGAI 96
           NAVKEIFMPALSSTMTEGKIVSWLK                   ADMDVESF DGILGAI
Sbjct: 30  NAVKEIFMPALSSTMTEGKIVSWLKTEGDKITKGESVVVVESDKADMDVESFQDGILGAI 89
 
Query: 97  VIPEGGVANVGDPIAFI 113
           VI EGG ANVG+PIAF+
Sbjct: 90  VIQEGGTANVGEPIAFV 106
 
 
Lambda     K      H
   0.316    0.133    0.379 
 
Gapped
Lambda     K      H
   0.267   0.0410    0.140 
 
 
Matrix: BLOSUM62
Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 647
Number of extensions: 20
Number of successful extensions: 4
Number of sequences better than 1.0e-05: 1
Number of HSP's better than  0.0 without gapping: 1
Number of HSP's gapped: 3
Number of HSP's successfully gapped: 3
Length of query: 496
Length of database: 474
Length adjustment: 34
Effective length of query: 462
Effective length of database: 440
Effective search space:   203280
Effective search space used:   203280
Neighboring words threshold: 11
Window for multiple hits: 40
X1: 16 ( 7.3 bits)
X2: 38 (14.6 bits)
X3: 64 (24.7 bits)
S1: 41 (21.6 bits)
S2: 77 (34.3 bits)

Voici un debut du code mais je me suis pris dans l'algo, si vous pouvez m'aider

Code:

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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
 
#Variables
my @positions=(24,48,54,92,137,235,275,324); #Liste des positions que tu souhaites verifier
my @positions2=(26,65,145,189);
my $query_seq;
my $sbjct_seq;
my ($depart_bloc,$fin_bloc)=(0,0);
my ($depart_bloc2,$fin_bloc2)=(0,0);
my $numero_bloc = 1;
 
open (BLAST_FILE,"<out.bl") or die ("Impossible de lire blast.txt\n");
while(<BLAST_FILE>)
{
	if(/Query: (\d+)\s+(.+)\s+(\d+)/)	#Ajout de \s+ pour gerer s'il y a plus d'un espacement
	{
		$depart_bloc=$1;  #Index de depart du bloc
		$query_seq=$2;    #Sequence Query
		$fin_bloc=$3;     #Index de fin du bloc
 
	}
	elsif(/Sbjct: \d+\s+(.+)/)
	{		
		$depart_bloc2=$1;
		print $sbjct_seq=$2;   #Sequence Sbjct	
	}
 
        #Si les deux sequences "Query" et "Sbjct" ont ete trouvees, on a un nouveau bloc:
	if((defined $query_seq) && (defined $sbjct_seq) && ($query_seq =~ m/\w/) && ($sbjct_seq =~ m/\w/))
	{
                #Separation des caracteres des sequences dans un tableau
		my @tab1 = split(//,$query_seq);
		my @tab2 = split(//,$sbjct_seq);
 
		my $length = length(@tab1);
 
		 my $r = $depart_bloc;
		 my $s = $depart_bloc2;
 
		foreach my $l (@positions) {
   			 next if $l < $r ;
   			 last if $l >= $s  + $length; # ou $l > $q_end si on récupère $q_end dans le fichier
   			 my $c = substr($query_seq, $l - $r, 1); #On récupère le caractère a la position dans la chaine $query_seq
    			 my $d = substr($sbjct_seq, $l - $r, 1); #On récupère le caractère a la position dans la chaine $sbjct_seq
   			next if ($c =~ m/[-X]/ or $d =~ m/[-X]/);
    			my $k = $l - $r + $$s;
   			 if (grep {$_ eq $k} @positions2) {
    				print "Found: positions ($l, $k) values ($c, $d) \n" ;
   			 }
 
 }
 
		# on vide les variables
		$query_seq = '';
		$sbjct_seq = '';
 
 
	}
 
}