problème avec la fonction latex() du package R Hmisc

Bonjour à tous,
Je rencontre des problèmes concernant la réalisation de document latex en utilisant R et Latex.
Je suis très novice en Latex.
Voilà, j’ai téléchargé les logiciels suivants pour pourvoir utiliser Latex :

MIKTEX version 2.9 (basic-miktex-2.9.3972.exe)
GhostScript (gs901w32.exe)
Ghost Viewer (gsv49w32.exe)
Texmaker (texmakerwin32_install.exe)

Ensuite, j’utilise la fonction latex() du package « Hmisc » de R
Dans R :

Code:

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>library(Hmisc)
>getHdata(prostate)
>prostate<-upData(prostate,moveUnits=TRUE,units=c(wt="",hg="g/100*ml"),stage=factor(stage,labels=c("Stage 3","Stage 4")),labels=c(stage="Stage",wt="Weight Index = wt(kg)-ht(cm)+200"))
>s6<-summary(stage ~ rx + age + wt + pf + hx + sbp + dbp + ekg + hg + sz + sg + ap + bm, method="reverse", overall=TRUE, test=TRUE, data=prostate)
>options(digits=2)
>w<-latex(s6,file="D:/Test/test.tex",size="smaller[3]",outer.size="smaller",Nsize="smaller",long=TRUE,prmsd=TRUE,msdsize="smaller",middle.bold=TRUE,ctable=TRUE)

J’utilise la version R 2.12.2 de R.
Mon fichier .tex s’est bien crée dans le dossier “Test” et je l’ouvre avec Texmaker.
Voilà ce que j’obtiens :

Code:

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% latex.default(cstats, title = title, caption = caption, rowlabel = rowlabel, col.just = col.just, numeric.dollar = FALSE, insert.bottom = legend, rowname = lab, dcolumn = dcolumn, extracolheads = extracolheads, extracolsize = Nsize, ...) 
%
{\smaller[3] \ctable[ caption={Descriptive Statistics by Stage}, label=s6, pos=!tbp, ]{lrcccc} {\tnote[]{\noindent {\smaller $a$\ }{\bf $b$\ }{\smaller $c$\ } represent the lower quartile $a$, the median $b$, and the upper quartile $c$\ for continuous variables.~~$x\pm s$ represents $\bar{X}\pm 1$ SD.}\tnote[]{$N$\ is the number of non--missing values.}\tnote[]{Numbers after percents are frequencies.}\tnote[]{\indent Tests used:}\tnote[]{\textsuperscript{\normalfont 1}Pearson test; \textsuperscript{\normalfont 2}Wilcoxon test}} {\FL\multicolumn{1}{l}{}&\multicolumn{1}{c}{N}&\multicolumn{1}{c}{Stage 3}&\multicolumn{1}{c}{Stage 4}&\multicolumn{1}{c}{Combined}&\multicolumn{1}{c}{Test Statistic}\NN
&&\multicolumn{1}{c}{{\smaller $N=289$}}&\multicolumn{1}{c}{{\smaller $N=213$}}&\multicolumn{1}{c}{{\smaller $N=502$}}&\NN
\ML
rx&502&&&&$ \chi^{2}_{3}=0.22 ,~ P=0.97 ^{1} $\NN
~~~~placebo&&26\%~{\scriptsize~(~74)}&25\%~{\scriptsize~(~53)}&25\%~{\scriptsize~(127)}&\NN
~~~~0.2~mg~estrogen&&25\%~{\scriptsize~(~73)}&24\%~{\scriptsize~(~51)}&25\%~{\scriptsize~(124)}&\NN
~~~~1.0~mg~estrogen&&25\%~{\scriptsize~(~71)}&26\%~{\scriptsize~(~55)}&25\%~{\scriptsize~(126)}&\NN
~~~~5.0~mg~estrogen&&25\%~{\scriptsize~(~71)}&25\%~{\scriptsize~(~54)}&25\%~{\scriptsize~(125)}&\NN
Age~in~Years&501&{\smaller 70.0~}{\bf 73.0 }{\smaller 76.0} ~{\smaller(71.8$\pm$ 6.7)}&{\smaller 69.0~}{\bf 73.0 }{\smaller 76.0} ~{\smaller(71.0$\pm$ 7.6)}&{\smaller 70.0~}{\bf 73.0 }{\smaller 76.0} ~{\smaller(71.5$\pm$ 7.1)}&$ F_{1,499}=0.2 ,~ P=0.66 ^{2} $\NN
Weight~Index~=~wt(kg)-ht(cm)+200&500&{\smaller 91~}{\bf 99 }{\smaller 109} ~{\smaller(100$\pm$ 13)}&{\smaller 89~}{\bf 97 }{\smaller 105} ~{\smaller( 97$\pm$ 14)}&{\smaller 90~}{\bf 98 }{\smaller 107} ~{\smaller( 99$\pm$ 13)}&$ F_{1,498}=5.4 ,~ P=0.021 ^{2} $\NN
pf&502&&&&$ \chi^{2}_{3}=11 ,~ P=0.012 ^{1} $\NN
~~~~normal~activity&&93\%~{\scriptsize~(268)}&85\%~{\scriptsize~(182)}&90\%~{\scriptsize~(450)}&\NN
~~~~in~bed~$<$~50\%~daytime&&~6\%~{\scriptsize~(~18)}&~9\%~{\scriptsize~(~19)}&~7\%~{\scriptsize~(~37)}&\NN
~~~~in~bed~$>$~50\%~daytime&&~1\%~{\scriptsize~(~~3)}&~5\%~{\scriptsize~(~10)}&~3\%~{\scriptsize~(~13)}&\NN
~~~~confined~to~bed&&~0\%~{\scriptsize~(~~0)}&~1\%~{\scriptsize~(~~2)}&~0\%~{\scriptsize~(~~2)}&\NN
History~of~Cardiovascular~Disease&502&46\%~{\scriptsize~(134)}&37\%~{\scriptsize~(~79)}&42\%~{\scriptsize~(213)}&$ \chi^{2}_{1}=4.3 ,~ P=0.038 ^{1} $\NN
Systolic~Blood~Pressure/10&502&{\smaller 13.0~}{\bf 14.0 }{\smaller 16.0} ~{\smaller(14.4$\pm$ 2.6)}&{\smaller 13.0~}{\bf 14.0 }{\smaller 16.0} ~{\smaller(14.3$\pm$ 2.2)}&{\smaller 13.0~}{\bf 14.0 }{\smaller 16.0} ~{\smaller(14.4$\pm$ 2.4)}&$ F_{1,500}=0.01 ,~ P=0.9 ^{2} $\NN
Diastolic~Blood~Pressure/10&502&{\smaller 7.0~}{\bf 8.0 }{\smaller 9.0} ~{\smaller(8.2$\pm$1.6)}&{\smaller 7.0~}{\bf 8.0 }{\smaller 9.0} ~{\smaller(8.1$\pm$1.3)}&{\smaller 7.0~}{\bf 8.0 }{\smaller 9.0} ~{\smaller(8.1$\pm$1.5)}&$ F_{1,500}=0.43 ,~ P=0.51 ^{2} $\NN
ekg&494&&&&$ \chi^{2}_{6}=6.7 ,~ P=0.35 ^{1} $\NN
~~~~normal&&35\%~{\scriptsize~(~98)}&33\%~{\scriptsize~(~70)}&34\%~{\scriptsize~(168)}&\NN
~~~~benign&&~5\%~{\scriptsize~(~14)}&~4\%~{\scriptsize~(~~9)}&~5\%~{\scriptsize~(~23)}&\NN
~~~~rhythmic~disturb~\&~electrolyte~ch&&~8\%~{\scriptsize~(~22)}&14\%~{\scriptsize~(~29)}&10\%~{\scriptsize~(~51)}&\NN
~~~~heart~block~or~conduction~def&&~6\%~{\scriptsize~(~17)}&~4\%~{\scriptsize~(~~9)}&~5\%~{\scriptsize~(~26)}&\NN
~~~~heart~strain&&30\%~{\scriptsize~(~85)}&31\%~{\scriptsize~(~65)}&30\%~{\scriptsize~(150)}&\NN
~~~~old~MI&&17\%~{\scriptsize~(~47)}&13\%~{\scriptsize~(~28)}&15\%~{\scriptsize~(~75)}&\NN
~~~~recent~MI&&~0\%~{\scriptsize~(~~1)}&~0\%~{\scriptsize~(~~0)}&~0\%~{\scriptsize~(~~1)}&\NN
Serum~Hemoglobin~\hfill\tiny{g/100~ml}&502&{\smaller 12.5~}{\bf 13.8 }{\smaller 14.9} ~{\smaller(13.7$\pm$ 1.8)}&{\smaller 11.8~}{\bf 13.4 }{\smaller 14.6} ~{\smaller(13.1$\pm$ 2.1)}&{\smaller 12.3~}{\bf 13.7 }{\smaller 14.7} ~{\smaller(13.4$\pm$ 2.0)}&$ F_{1,500}=11 ,~ P<0.001 ^{2} $\NN
Size~of~Primary~Tumor~\hfill\tiny{cm$^{2}$}&497&{\smaller 4~}{\bf 8 }{\smaller 16} ~{\smaller(12$\pm$11)}&{\smaller 7~}{\bf 17 }{\smaller 26} ~{\smaller(18$\pm$13)}&{\smaller 5~}{\bf 11 }{\smaller 21} ~{\smaller(15$\pm$12)}&$ F_{1,495}=39 ,~ P<0.001 ^{2} $\NN
Combined~Index~of~Stage~and~Hist.~Grade&491&{\smaller 8.0~}{\bf 9.0 }{\smaller 9.0} ~{\smaller( 9.1$\pm$ 1.3)}&{\smaller 11.0~}{\bf 12.0 }{\smaller 13.0} ~{\smaller(12.0$\pm$ 1.5)}&{\smaller 9.0~}{\bf 10.0 }{\smaller 11.0} ~{\smaller(10.3$\pm$ 2.0)}&$ F_{1,489}=605 ,~ P<0.001 ^{2} $\NN
Serum~Prostatic~Acid~Phosphatase&502&{\smaller 0.40~}{\bf 0.50 }{\smaller 0.70} ~{\smaller( 0.66$\pm$ 1.75)}&{\smaller 1.60~}{\bf 4.20 }{\smaller 20.00} ~{\smaller(27.80$\pm$93.29)}&{\smaller 0.50~}{\bf 0.70 }{\smaller 2.97} ~{\smaller(12.18$\pm$62.17)}&$ F_{1,500}=802 ,~ P<0.001 ^{2} $\NN
Bone~Metastases&502&~~0\%~{\scriptsize~(~~1)}&~38\%~{\scriptsize~(~81)}&~16\%~{\scriptsize~(~82)}&$ \chi^{2}_{1}=127 ,~ P<0.001 ^{1} $\NN
\LL
}
}

Quand je compile le texte (F1) j’ai de nombreux messages d’erreur.
D’ailleurs quand je regarde le code ci dessus , il n’y a pas de \begin{document} ce qui est très bizarre.

Ensuite je remarque qu'un fichier .tex temporaire s'est aussi créée dans mon dossier de fichiers temporaires.

Dans R, quand je tape "w" voilà le message que j'obtiens:

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>w
This is pdfTeX, Version 3.1415926-1.40.11 (MiKTeX 2.9)
entering extended mode
(C:/DOCUME~1/ADMINI~1/LOCALS~1/Temp/Rtmpn25NIz/file441d29a9.tex
LaTeX2e <2009/09/24>
Babel <v3.8l> and hyphenation patterns for english, afrikaans, ancientgreek, ar
abic, armenian, assamese, basque, bengali, bokmal, bulgarian, catalan, coptic, 
croatian, czech, danish, dutch, esperanto, estonian, farsi, finnish, french, ga
lician, german, german-x-2009-06-19, greek, gujarati, hindi, hungarian, iceland
ic, indonesian, interlingua, irish, italian, kannada, kurmanji, lao, latin, lat
vian, lithuanian, malayalam, marathi, mongolian, mongolianlmc, monogreek, ngerm
an, ngerman-x-2009-06-19, nynorsk, oriya, panjabi, pinyin, polish, portuguese, 
romanian, russian, sanskrit, serbian, slovak, slovenian, spanish, swedish, swis
sgerman, tamil, telugu, turkish, turkmen, ukenglish, ukrainian, uppersorbian, u
senglishmax, welsh, loaded.
("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex/latex\base\report.cls"
Document Class: report 2007/10/19 v1.4h Standard LaTeX document class
("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex/latex\base\size10.clo"))
("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex/latex\geometry\geometry.sty"
("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex/latex\graphics\keyval.sty")
("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex/generic\oberdiek\ifpdf.sty")
("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex/generic\oberdiek\ifvtex.sty")
("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex/generic\ifxetex\ifxetex.sty")
("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex/latex\geometry\geometry.cfg"))
No file file441d29a9.aux.
*geometry* driver: auto-detecting
*geometry* detected driver: dvips
[1] (C:\DOCUME~1\ADMINI~1\LOCALS~1\Temp\Rtmpn25NIz\file441d29a9.aux) )
Output written on file441d29a9.dvi (1 page, 504 bytes).
Transcript written on file441d29a9.log.

Dans le dossier temporaire "Rtmpn25NIz",les fichiers : file441d29a9.texfile441d29a9.log, file441d29a9.dvi, file441d29a9.aux ont été créées.

Je ne comprends pas ce qui se passe.
Est-ce quelqu’un aurait une idée de ce qu’il se passe svp et me dire comment envoyer ces fichiers dans le dossier que je veux avec le nom que je veux.

Merci d’avance pour toute aide !

Bonne journée
naïma

Ps : j'ai bien vérifié que le path de mes logiciels R, Miktex était spécifié dans la variable d'environnement.