Lecture visualisation de fichiers he5

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21/02/2011, 16h27
Merel

Lecture visualisation de fichiers he5
Bonjour à tous,

En ce moment, je travaille sur des données sat provenant de la NASA. L'ennui, c'est que ces données sont au format hdf5. Enfin, c'est ce qui est indiqué sur le site mais les fichiers ont une extension en .he5

J'ai essayé de retrouver ces données pour les avoir dans le workspace sans succès.

En utilisant hdf5info, j'arrive bien à avoir la table de structure du fichier mais je n'arrive pas à voir où sont les données. :aie:

Comme ce fichier fait ~130 Mo, elles doivent bien être quelque part...
Code:

1 2 3 4 5 6 7 fileinfo = Filename: 'OMI2006m0602.he5' LibVersion: '1.6.2' Offset: 0 FileSize: 153972427 GroupHierarchy: [1x1 struct]
Je me suis amusé à parcourir l'ensemble de la structure GroupHierarchy en vain. Aucune trace de ces données.

Si quelqu'un à une idée pour visualiser tout ca...

voici le lien pour récupérer un exemple de fichier he5.

données he5
21/02/2011, 18h54
Jean Dumoncel

Bonjour,

As-tu essayé avec la fonction hdf5read?
22/02/2011, 13h21
Merel

Oui, j'ai bien sur essayé avec hdf5info et hdf5read comme indiqué dans l'help. Je récupère bien les champs mais pas de données. Impossible de voir où elles sont...

J'ai également regardé du côté du FEX. Il y a quelques fonctions mais elles ne prennent pas en compte le format he5. Enfin j'avais plein d'erreur.

hdf5info et read ne me retournent pas d'erreur. En fait, j'ai l'impression que la structure du fichier est bien ouverte mais sans les données. Une sorte de coquille vide.

N'étant absolument pas du domaine, je vais peut être dire une bêtise mais il y a bien des valeurs dans ce fichier :

Code:

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>> f = hdf5info('OMI-Aura_L2G-OMSO2G_2006m0601_v003-2008m0306t034747.he5')
 
f = 
 
          Filename: 'OMI-Aura_L2G-OMSO2G_2006m0601_v003-2008m0306t034747.he5'
        LibVersion: '1.8.1'
            Offset: 0
          FileSize: 152139885
    GroupHierarchy: [1x1 struct]
 
>> f.GroupHierarchy.Groups(1).Groups(1).Groups.Attributes(3)
 
ans = 
 
    Filename: 'OMI-Aura_L2G-OMSO2G_2006m0601_v003-2008m0306t034747.he5'
        Name: '/HDFEOS/ADDITIONAL/FILE_ATTRIBUTES/LastLineInOrbit'
       Value: [16x1 int32]
 
>> f.GroupHierarchy.Groups(1).Groups(1).Groups.Attributes(3).Value
 
ans =
 
         670
  -200000000
        1566
        1560
        1569
        1567
        1572
        1566
        1566
        1555
        1565
        1562
        1562
        1558
        1557
        1569

Non ?

23/02/2011, 14h47
Merel

En effet, il y a bien des valeurs. Je n'étais pas descendu assez loin dans l'arborescence des structures :oops:.

En fait, je ne suis pas familier pour travailler avec des structures et je n'avais pas pigé le truc "Groups(1)" ou Groups(2). Je mettais juste Groups. J'avais donc la description du champ mais sans atteindre les valeurs.

Merci beaucoup pour cette aide.

Juste pour donner des infos complémentaires, les données ne sont pas accessibles via les structures.

Pour reprendre ton exemple Dut, je crois que les données que tu as pu avoir étaient un coup de bol.

Il faut bien utiliser hdf5info pour récupérer le nom du champ que l'on veut et ensuite utiliser hdf5read avec ce champ pour récupérer les valeurs. C'est bien ce qui est marqué dans l'help mais c'est pas très clair...

Exemple pour récupérer les valeurs de latitude :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 >> u=f.GroupHierarchy.Groups(1).Groups(2).Groups.Groups(1).Datasets(16) u = Filename: 'OMI2006m0602.he5' Name: [1x62 char] Rank: 3 Datatype: [1x1 struct] Dims: [8 1440 2880] MaxDims: [8 1440 2880] Layout: 'chunked' Attributes: [1x8 struct] Links: [] Chunksize: [] FillValue: 0 >>u.Name ans = /HDFEOS/GRIDS/OMI Total Column Amount SO2/Data Fields/Latitude
et pour avoir les données :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 lat=hdf5read(u); whos lat Name Size Bytes Class lat 1440x2880x8 132710400 single array Grand total is 33177600 elements using 132710400 bytes