perl Bio::SeqIO=>récupérer la ligne entière

Bonjour,

Comment récupérer la ligne ENTIERE de mon fichier fasta?

exemple:
>eb|xxx|xxx; xxxx xxxxx xxxx xxxxx xxxxx
catgtacgtgtagttagtagtacgtcagtacgtca
catgacgtcatgatcctgatcggatacggta

A l'aide de mon script, je récupère seulement: eb|xxx|xxx;
(je pense que cela est du à l'espace après le point virgule!)
Je voudrais récupérer: eb|xxx|xxx; xxxx xxxxx xxxx xxxxx xxxxx

Merci par avance

Mon script:

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

my $file = 'xxx.fa '; my $in = Bio::SeqIO->new(-file => $file , '-format' => 'fasta'); my %hash; my $nb_seq++;   while ( my $seq = $in->next_seq() ){ $nb_seq++; $hash{$seq->seq} = $seq->primary_id ; } foreach my $seq (keys %hash){ print ">$hash{$seq}\n$seq\n"; }

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Bonjour,

En fait pour Bioperl, l'identifiant fasta est tout ce qui se trouve sur la ligne commençant par ">" jusqu'au premier espace ou retour ligne (accessible via les fonctions primary_id ou display_id). Ensuite, il considère que cela fait partie de la description (avec la fonction desc).

Donc si tu veux récupérer toute la ligne :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13

my $file = 'xxx.fa '; my $in = Bio::SeqIO->new(-file => $file , '-format' => 'fasta'); my %hash; my $nb_seq++;   while ( my $seq = $in->next_seq() ){ $nb_seq++; $hash{$seq->seq} = $seq->display_id.$seq->desc ; } foreach my $seq (keys %hash){ print ">$hash{$seq}\n$seq\n"; }

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Merci beaucoup Beniou, j'ai compris