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#include <string>
#include <fstream>
#include <iostream>
#include <sstream>
#include <vector>
#include <set>
#include <numeric>
#include <exception>
#include <map>
using namespace std;
//Fonction pour faire la somme des éléments d'un map.
template <class R, class A1, class A2>
struct map_value_adder
{
R operator()(R prev, const std::pair<A1,A2>& value)
{
return prev + value.second;
}
};
template <class A1, class A2>
struct map_value_adder<typename std::vector<A2>::value_type, A1, std::vector<A2> >
{
typedef typename std::vector<A2>::value_type result_type;
result_type operator()(result_type prev, const std::pair<A1,A2>& value)
{
std::vector<A2> & v = value.second;
return std::accumulate(v.begin(), v.end(), prev);
}
};
int main ()
{
// Creer mon tableau contenant les noms des èspéces et l'inserer dans un vecteur.
const char* espece[] =
{ "homo_sapiens", "pan_troglodytes", "gorilla_gorilla", "pongo_pygmaeus",
"macaca_mulatta", "callithrix_jacchus", "mus_musculus", "rattus_norvegicus",
"canis_familiaris", "bos_taurus", "sus_scrofa", "equus_caballus" };
set<string> especes;
especes.insert (espece, espece + 12);
ofstream fichier3 ("Alignement12Espces.txt", ios::out | ios::trunc); // Fichier pour recuperer tous les alignements dans lesquels les 12 éspèces sont présentes.
ifstream fichier ("Compara.12_eutherian_mammals_EPO.chr10_1.emf"); // ouvrir un fichier en lecture
ofstream fichier2 ("information.txt", ios::out | ios::trunc); // ouverture en écriture avec effacement du fichier ouvert
if(not fichier)
{
// ce test échoue si le fichier n'est pas ouvert
cerr << "fichier n'a pas pu être ouvert." << endl;
throw exception();
}
map<string, vector<int> > tailles_marqueurs;
map<string, map<string, int> > chromosome_sizes;
//map<string, vector<int> > tailles_marqueurs;
int n=0;//TODO Compteur de lignes
// On saute les six premières lignes
string part; // variable contenant chaque partie lue
for(unsigned i=0; i<6; ++i)
getline(fichier, part);
while( getline(fichier, part, '/') )
{
if(part=="")
continue;
fichier2 << part << endl;
fichier2 << "TOTO" << endl;
stringstream partSS (part);
string ligne; // variable contenant chaque ligne lue
while( getline(partSS, ligne) )
{
// {TODO
++n;
//cout << "ligne " << n << " : " << ligne << endl;
// TODO}
if(ligne.substr(0,3) == "SEQ")
{
stringstream ligneSS (ligne);
string espece;
string id_chromosome;
int debut_marqueur;
int fin_marqueur;
int sens;
string taille_chr_string;
int taille_chr;
ligneSS >> espece; // "SEQ"
ligneSS >> espece;
ligneSS >> id_chromosome;
ligneSS >> debut_marqueur;
ligneSS >> fin_marqueur;
ligneSS >> sens;
ligneSS >> taille_chr_string;
stringstream taille_chr_strstream (taille_chr_string.substr(12, taille_chr_string.size()-13));
taille_chr_strstream >> taille_chr;
int taille_marqueur = fin_marqueur - debut_marqueur;
tailles_marqueurs[espece].push_back(taille_marqueur);
chromosome_sizes[espece][id_chromosome] = taille_chr;
}
}
}
cout << "Il y a " << tailles_marqueurs["homo_sapiens"].size() << " marqueurs pour l'homme. Les tailles sont :" << endl;
for(vector<int>::iterator m = tailles_marqueurs["homo_sapiens"].begin(); m != tailles_marqueurs["homo_sapiens"].end(); ++m)
fichier2 << *m << " \t";
int first_value = 0;
int result = accumulate(
tailles_marqueurs.begin(),
tailles_marqueurs.end(),
first_value,
map_value_adder<int, string, vector<int> >()
)
fichier2 << result << endl;
}
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