problème avec le module BioPerl-Run

Bonjour,

J'ai installé avec l'aide de Philou (encore merci) le module BioPerl-Run.
Seulement quand j'essaie de l'utiliser dans mon script :

Code:

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use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;

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J'obtiens :

Citation:

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Can't locate Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm in @INC

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Pourtant cela fonctionne très bien quand j'utilise le script sous Windows et ici je suis sur ubuntu via VirtualBox, savez-vous pourquoi?


Merci

As-tu suivi les recommandations d'usage de la documentation ?

Au fait, sous Ubuntu, tu pouvais aussi installer Bioperl et Bioperl-run par l'intermédiaire du gestionnaire de paquet Ubuntu.

J'ai donc procédé à l'installation de Bioperl et Bioperl-run sur ma version Virtualbox/Ubuntu depuis Synaptic, et je n'ai pas de problème avec

Code:

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perl -e 'use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;'

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Merci d'avoir testé ça chez toi.

Je n'arrive pas à créer la variable d'environnement (clustalw2 est le répertoire contenant l'exécutable)

Citation:

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export CLUSTALDIR /home/user/Programmes/clustalw2

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Citation:

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'/home/user/Programmes/clustalw2' not a valid identifier

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As-tu une idée de la raison?

Installe le module à l'aide du packet Bioperl-run sous Synaptic. Tu ne devrais pas avoir de problème, comme pour moi.

J'ai suivi les conseils de http://doc.ubuntu-fr.org/synaptic

Mais dans Système, je n'ai que KPackages, cela peut-il m'aider?

Tu es sous Kubuntu ou Ubuntu ?
Si tu es sous Ubuntu, tu vas dans Système->Synaptic et tu cherche Bioperl-run pour l'installer

Quand le lance VirtualBox, il est indiqué 'Ubuntu-vm Sun-xVM VirtualBox'

Mais mon module de recherche est Konqueror et la majorité des applications commencent par un K, donc je ne sais pas trop ce que j'utilise


Merci

Tu ne trouves pas Synaptic dans le menu Systeme ?

Si tu as un menu K en haut de ton écran, alors tu utilises Adept que tu trouves normalement dans le menu K → Poste de travail → Adept Installer

J'espère pour toi que quelqu'un pourra t'aider, car je pars maintenant en week-end.
A+

Je vais y regarder, merci et bon weekend

Voici l'interface

http://img413.imageshack.us/img413/3214/30300763.png

Visiblement, il faut que tu utilises KPackage, que malheureusement, je ne connais pas. Cela dit, il ne doit pas différer de trop de Synaptic.

Merci pour ton aide


Est-il possible que je n'ai pas accès à BioPerl-run?

http://img255.imageshack.us/img255/4946/73464766.png


nb : même écran pour l'onglet 'All'

Etrange... je vais essayer de m'installer une Kubuntu pour voir.

J'ai créé une machine virtuelle Kubuntu (10.04), et je n'ai aucun problème pour trouver Bioperl-Run :
http://dl.free.fr/jyJTsTX9Z/K-bioperl-run.jpg
http://dl.free.fr/jcjuiKzwv/k-pkg-config1.jpg
http://dl.free.fr/qT7Q2aa95/k-pkg-config2.jpg