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#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
typedef struct {
char *identifiant;
char *sequence;
} proteine;
typedef struct {
proteine *content;
int size;
int alloc_size;
} table_prot;
table_prot *create_table() {
table_prot *table = malloc(sizeof(table_prot));
#define INITIAL_SIZE 10
table->content = (proteine *)malloc(INITIAL_SIZE*sizeof(proteine));
table->size = 0;
table->alloc_size = INITIAL_SIZE;
return table;
}
void ajout_proteine( table_prot *table, proteine prot ) {
// Check enough space
if(table->size == table->alloc_size) {
// Augmente la taille allouée
table->alloc_size += INITIAL_SIZE;
table->content=realloc(table->content,(table->alloc_size)*sizeof(proteine));
}
// Initialise le nouvel élement
table->content[table->size]=prot;
// Enregistre le fait qu'on ait un de plus
table->size++;
}
// Récupère le ième élement
proteine *get_proteine(table_prot *table, int i) {
if(i<table->size) {
fprintf(stderr,"Error, out of bound : %d\n",i);
exit(-1);
}
return &(table->content[i]);
}
table_prot *read_prot( char *filename ) {
FILE *fp = fopen(filename,"r");
if(!fp) {
perror("impossible de lire le fichier");
exit(-1);
}
// Crée une table
table_prot *table = create_table();
proteine current_prot;
current_prot.identifiant = NULL;
current_prot.sequence = NULL;
#define BUF_SIZE 65000
char buffer[BUF_SIZE];
while(buffer == fgets(buffer,BUF_SIZE,fp)) {
#define ID_PATTERN "> identifiant "
if(strncmp(buffer,ID_PATTERN,strlen(ID_PATTERN)) == 0) {
// Cette ligne est un identifiant
if(current_prot.identifiant!=NULL) {
fprintf(stderr,"Erreur, proteine non terminé !\n");
exit(-1);
}
// Nouvelle proteine avec un nouvel identifiant
current_prot.identifiant = malloc(strlen(buffer)-strlen(ID_PATTERN));
current_prot.sequence = NULL;
strcpy(current_prot.identifiant, buffer+strlen(ID_PATTERN));
} else {
// On devrait avoir lu un identifiant !
if(current_prot.identifiant==NULL) {
fprintf(stderr,"Erreur, identifiant manquant !\n");
exit(-1);
}
// Taille initiale = 0
current_prot.sequence = malloc(1);
current_prot.sequence[0] = '\0';
// Cette ligne est une (partie de) sequence
char *c = buffer;
// Cherche la fin de la chaine
while(*c!='*' && *c !='\0') {
while(*c!='\n' && *c!='*' && *c !='\0') {
c++;
}
// Longueur de la sequence (sur la ligne en cours)
int length = c-buffer;
// Gère la mémoire
current_prot.sequence = realloc(current_prot.sequence,strlen(current_prot.sequence)+length+1);
// Copy la séquence
strncat(current_prot.sequence,buffer,length);
// Si fin de ligne, passe à la suivante
if(*c!='\n') {
fgets(buffer,BUF_SIZE,fp); // FIXME check error
c = buffer;
}
}
if(*c=='\0') {
fprintf(stderr,"Erreur tampon trop petit");
}
// Fin de séquence, on l'ajoute à la table
ajout_proteine( table, current_prot );
// Réinitialise
current_prot.identifiant = NULL;
current_prot.sequence = NULL;
}
}
return table;
}
int main() {
table_prot *table = read_prot("blabla.txt");
return 0;
} |
