j'en ai pas sous la main, mais c'est pas compliqué
en .NET tu écrit dans la sortie standard, tu lit depuis l'entrée standard
en java, tu fais pareil sur les input/ouputStream de l'objet Process que tu obtien en lançant l'application .NET
Et c'est parti, t'as un flux binaire à double sens entre les deux application, reste plus qu'à l'utiliser
C'est quelque chose de très courant en tout cas sous linux de faire ce genre de chose pour réutiliser une application existante